2026년 종합부동산세 합산배제·과세특례, 9월 30일까지 신청하세요

1. 신고 기간과 반영 시기

국세청은 합산배제·과세특례 적용이 예상되는 납세자 약 4만 8천 명에게 모바일 안내문을 9월 9일 발송했고, 서면 안내문은 9월 14일부터 발송한다고 밝혔습니다.

안내문을 받지 않았더라도 요건을 충족하면 신고·신청할 수 있고, 안내문을 받았더라도 실제 요건 충족 여부는 직접 확인해야 합니다. 이번 절차는 11월 종합부동산세 정기고지 전에 적용 요건을 미리 반영하기 위한 것입니다.

이번 신고·신청 기간과 세금 납부기간은 다릅니다. 2026년 정기분 종합부동산세 납부기간은 12월 1일부터 12월 15일까지입니다.

2. 합산배제 대상은 무엇인가요?

합산배제는 일정한 요건을 갖춘 주택 등을 종합부동산세 과세표준 계산을 위한 합산 대상에서 제외하는 제도입니다. 대표적으로 다음 유형이 있습니다.

• 임대주택: 지방자치단체와 세무서 등록, 의무임대기간, 임대료 증액 상한 등 유형별 요건을 확인해야 합니다.
• 사원용 주택: 공시가격 또는 면적, 임대보증금 등 정해진 기준을 충족해야 합니다.
• 주택건설 목적 주택·토지: 철거 예정 주택은 취득일부터 3년 이내 철거, 주택건설용 토지는 취득일부터 5년 이내 사업계획 승인 등 기한 요건이 적용됩니다.

2026년에는 세무서 사업자등록의 주택임대업 업종 요건이 삭제됐습니다. 다만 지방자치단체 임대등록과 세무서 사업자등록 자체가 면제되는 것은 아닙니다.

일반적인 민간임대주택은 임대료 증가율이 5%를 넘지 않아야 하고, 계약 체결 또는 직전 증액 후 1년 이내에는 다시 증액할 수 없습니다. 최초 계약서와 갱신 계약서를 함께 확인해 주세요.

3. 1세대 1주택자 과세특례는 ‘주택 제외’가 아닙니다

일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택을 보유한 경우 일정 요건을 갖추면 1세대 1주택자 계산 방식을 신청할 수 있습니다. 이 특례는 해당 주택을 과세대상에서 빼는 제도가 아니라, 기본공제와 고령자·장기보유 세액공제를 적용할 때 1세대 1주택자로 보는 제도입니다.

• 일시적 2주택: 신규주택 취득일부터 3년 이내 종전주택을 양도해야 합니다.
• 상속주택: 과세기준일 현재 상속일부터 5년이 지나지 않았거나, 지분율 40% 이하 또는 지분에 상당하는 공시가격이 수도권 6억 원·비수도권 3억 원 이하인 경우 등 요건을 확인합니다.
• 지방 저가주택: 공시가격 4억 원 이하인 주택 1채가 대상이며, 소재지 요건도 충족해야 합니다.

특례 주택의 공시가격도 합산합니다. 고령자·장기보유 세액공제는 특례 주택에 해당하는 세액을 제외한 부분에 적용합니다. 종부세 특례를 적용받는다고 양도소득세까지 자동으로 비과세되는 것은 아닙니다.

부부 공동명의 1주택은 2026년 선택 범위가 달라졌습니다

부부 모두 거주자이고 세대원에게 다른 주택이 없는 등 공동명의 1주택 특례 요건을 갖췄다면, 2026년부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의해 특례 적용 시 납세자를 선택할 수 있습니다. 특례를 신청하면 선택한 1인이 12억 원 기본공제와 고령자·장기보유 세액공제를 적용받을 수 있고, 신청하지 않으면 부부가 각자 9억 원 기본공제를 적용받습니다.

보유 지분, 연령, 보유기간에 따라 특례 신청이 오히려 불리할 수도 있으므로 홈택스·손택스의 간이세액계산으로 비교한 뒤 결정하는 것이 좋습니다.

재건축·배우자 상속주택, 보유기간을 놓치지 마세요

6월 1일 현재 1세대 1주택자 등 적용 요건을 갖췄다면 보유기간 계산 특례를 확인해 주세요. 본인이 보유하던 집이 멸실돼 재건축·재개발됐다면 종전주택 취득일부터, 배우자로부터 상속받았다면 사망한 배우자의 취득일부터 계산할 수 있습니다. 처음 적용받는 경우에는 9월 16일부터 30일까지 해당 특례를 신청해야 합니다.

부모·자녀에게서 상속받은 주택, 멸실 후 입주권을 사서 완공된 주택, 이미 완공된 재건축 주택을 매입한 경우에는 위 보유기간 특례가 적용되지 않습니다.

장기보유 세액공제율은 5년 이상 10년 미만 20%, 10년 이상 15년 미만 40%, 15년 이상 50%입니다. 재건축 전 취득자료와 배우자의 취득·상속 자료를 함께 준비해 주세요.

4. 주택 수 산정 제외 특례도 따로 확인하세요

일정한 소형 신축주택, 비수도권 준공 후 미분양주택, 인구감소지역주택, 인구감소관심지역주택은 요건을 충족하면 종합부동산세 세율 적용을 위한 주택 수 산정에서 제외될 수 있습니다.

이 특례 역시 주택 자체를 과세대상에서 제외하는 것은 아닙니다. 주택 유형마다 면적·가액·소재지·취득시기 요건이 다르므로, 국세청 자가진단과 취득계약서·공시가격 자료를 함께 확인해야 합니다.

수도권 밖 준공 후 미분양주택은 전용면적 85㎡ 이하 등 요건을 갖춰야 합니다. 취득가액 기준은 2026년 2월 27일 이후 취득분은 7억 원 이하, 그 전 취득분은 6억 원 이하입니다. 대상 취득기간은 2024년 1월 10일부터 2026년 12월 31일까지이며, 최초 분양계약과 관할 지방자치단체의 미분양 확인도 필요합니다.

인구감소지역의 세율 적용 특례는 2026년 1월 1일 이후 취득분부터 확인합니다. 취득일 기준시가와 6월 1일 공시가격, 소재지와 기존 보유주택의 위치까지 대조해야 합니다. 1세대 1주택자 판단 특례와는 취득기간 등 요건이 다르므로 별도로 확인해 주세요.

공익법인·공공주택사업자 등 법령에서 정한 법인은 일반 누진세율 적용 특례도 확인할 수 있습니다. 모든 법인이 대상은 아니므로 법인 유형과 주택 보유 목적을 먼저 살펴야 합니다.

5. 작년에 신청했다면 다시 제출해야 하나요?

기존 신고·신청 내용에 변동이 없다면 다시 제출할 필요가 없습니다. 다만 소유권이나 면적이 달라졌거나, 임대 등록 말소 등으로 적용 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동 내용을 신고해야 합니다.

특례 대상 주택을 처분했거나 새로 취득했다면 올해 6월 1일 현재 보유 현황을 기준으로 다시 확인해 주세요.

6. 홈택스에서 확인하는 방법

홈택스에 로그인한 뒤 화면 하단의 ‘세무 업무 가이드맵(Map)’에서 ‘종합부동산세’를 선택하면 신고·신청 화면과 자가진단, 간이세액계산을 이용할 수 있습니다.

국세청이 제공하는 미리채움 자료는 신고 편의를 위한 정보이므로, 실제 주택 종류와 등록 상태, 취득·상속일, 공시가격을 증빙자료와 대조해 주세요.

신고를 놓쳤거나 요건 위반을 뒤늦게 알았다면

신청서를 빠뜨린 경우와 등록·임대기간 등 적용 요건을 갖추지 못한 경우를 나누어 확인해야 합니다. 기존 신청 내역, 임대등록 자료와 계약서를 준비해 관할 세무서에 적용 가능 여부와 필요한 신고·정정 절차를 확인해 주세요. 뒤늦게 신청서를 제출한다고 등록기한이나 의무임대기간 위반까지 해소되는 것은 아닙니다.

임대료 증액 제한 위반이나 의무임대기간 내 양도, 일시적 2주택의 종전주택 처분기한 미준수 등이 있다면 경감받은 세금의 추징 여부를 확인해야 합니다. 주택 유형과 위반 내용에 따라 추가 납부 대상과 계산이 달라집니다.

7. 신청 전 체크리스트

합산배제와 과세특례는 같은 이름 아래에서도 적용 효과가 다릅니다. 여러 주택 유형이 겹치거나 작년 이후 변동이 있다면 주택별 요건과 증빙을 나누어 확인하는 것이 좋습니다.