일시적 2주택의 양도세·종부세·취득세 : 2년과 3년을 나누는 계약금 지급일

“8월 20일에 새 아파트를 계약했고 11월에 잔금을 치릅니다. 기존 집은 3년 안에 팔 계획인데, 양도소득세와 취득세에서 똑같이 3년을 인정받을까요?”

같은 집 두 채를 보유하고 있어도 세금의 목적과 적용례가 다릅니다. 양도소득세는 기존 주택을 양도할 때 1세대 1주택 특례를 받을 수 있는지 판단하고, 취득세는 새 주택을 취득할 때 중과세율을 배제할 수 있는지 판단합니다. 종합부동산세는 매년 과세기준일 현재 주택 보유 상태를 기준으로 특례를 적용합니다.

1. 확정 시행령 : 2026년 10월 1일부터 무엇이 바뀌었을까요?

2026년 9월 30일 공포된 소득세법 시행령(대통령령 제36737호), 종합부동산세법 시행령(제36739호), 지방세법 시행령(제36736호)은 모두 2026년 10월 1일부터 시행되었습니다. 일시적 2주택의 처분기간은 두 주택이 모두 조정대상지역인 경우에 2년으로 줄었습니다. 둘 중 하나라도 그 요건에서 벗어나는 일반적인 경우에는 3년 규정이 유지됩니다.

여기서 보호 기준일을 모두 “8월 초”로 기억하시면 안 됩니다. 양도세와 종부세는 8월 3일까지, 취득세는 8월 26일보다 앞서 계약과 계약금 지급 사실이 모두 증명되는지를 구분합니다. 계약서를 쓴 날과 실제로 계약금을 송금한 날을 함께 확인하는 이유입니다.

2. 실무사례 : 8월 20일에 계약했다면 양도세 2년, 취득세 3년입니다

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다. 거주자인 개인 A씨는 2023년 5월 1일 취득한 종전주택을 보유하면서, 2026년 8월 20일 다른 사람에게서 신규주택을 사기로 계약하고 계약금도 같은 날 송금했습니다. 2026년 11월 15일 잔금을 치르고 소유권이전등기를 합니다. 두 주택은 신규주택 취득일 현재 모두 조정대상지역이며, 거주주택의 보유·거주 요건 등 이 쟁점 외 기본 조건은 충족한다고 가정합니다.

먼저 양도소득세입니다. 계약과 계약금 지급이 8월 3일보다 늦고 새집 취득도 8월 4일 이후이므로 종전 3년을 보호하는 부칙을 적용할 수 없습니다. 2029년 6월 30일 기존 집을 양도하면 신규 취득일인 2026년 11월 15일부터 2년이 이미 지났으므로, 이 사례에서는 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택 비과세 특례를 적용할 수 없습니다. 종전주택에 대한 다른 비과세·특례 사유가 있는지는 별도 판단합니다.

반면 신규주택 취득세는 8월 26일 이전인 8월 20일에 계약하고 계약금을 지급했다는 사실이 확인됩니다. 지방세법 시행령 부칙 제2조 제2항이 종전 3년 규정을 보호합니다. 따라서 2029년 6월 30일 기존 주택을 양도하면 2029년 11월 15일 이전 처분이므로 이 가상사례에서는 취득세 일시적 2주택의 처분기간 요건을 충족합니다. 취득세가 자동으로 면제되는 것이 아니라 중과배제 요건에 들어가 일반 취득세율로 처리한다는 의미입니다.

종합부동산세 역시 8월 3일 보호 기준에서 벗어나며, 신규주택 취득 후 2년이 지난 2029년 6월 1일 과세기준일에도 두 주택을 보유하면 이 일시적 2주택 보유기간 특례로 1세대 1주택자 취급을 받을 수 없습니다. 다만 종합부동산세 자체가 실제 발생하는지는 해당 과세기준일의 공시가격과 공제·과세표준으로 계산해야 합니다.

3. 취득세 계산 : 12억원 주택을 샀다면 차이가 얼마나 날까요?

위 A씨 사례에서 새 주택의 취득세 과세표준이 12억원이고, 다른 감면·중과 예외가 없는 일반적인 개인 유상취득이라고 추가 가정하겠습니다. 지방세법 제11조에 따른 9억원 초과 주택 일반 취득세율은 3%이고, 조정대상지역 2주택 중과가 적용되는 경우의 취득세율은 8%입니다. 아래 계산은 비교를 위한 취득세 본세만 표시합니다.

A씨는 8월 20일 계약과 계약금 지급을 입증하고 종전 3년 안에 기존 집을 팔았으므로, 이 가정에서는 새집을 취득할 때 일시적 2주택 중과배제 조건에 맞춰 3,600만원을 기준으로 계산합니다. 지방교육세·농어촌특별세 등 부가세목은 여기서 제외했고, 실제 취득가격에 산입할 항목과 주택 수를 다시 확인한 후 신고합니다.

금액별 예상 취득세를 참고 계산하려면 호원 취득세 계산기에서 일반 주택의 기본 취득가격과 세율을 확인하실 수 있습니다. 계산기는 일시적 2주택의 계약금 경과조치까지 자동 판정하는 기능으로 확인되지 않았으므로, 그 특례는 앞서 설명한 법률 요건과 계약자료를 적용하여 따로 판단합니다.

4. 상생임대주택 : 계약 종료와 세제특례 적용기한을 구분합니다

상생임대주택 특례는 집을 취득한 소유자가 직접 체결한 직전 임대차계약으로 1년 6개월 이상 임대하고, 그 계약 대비 보증금 또는 월세의 증가율을 5% 이내로 제한한 상생임대차계약으로 2년 이상 임대하는 등 소득세법 시행령 제155조의3의 요건을 갖춘 주택에 적용합니다. 상생임대차계약은 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지의 기간 중 계약금 수령이 확인되도록 체결하고 임대를 개시해야 합니다.

이 요건을 갖추면 비과세와 일부 장기보유특별공제 우대에서 필요한 거주기간 제한을 면제하는 특례가 적용됩니다. 다만 실제 거주하지 않은 기간이 실거주기간으로 바뀌는 것은 아니며, 보유·양도 당시 주택 수 등 다른 요건은 그대로 확인합니다. 2026년 10월 개정으로 이제는 상생임대기간의 종료일을 기준으로 양도기한도 맞춰야 합니다.

예를 들어 상생임대기간이 2028년 3월 31일 끝난 경우에는 1년 뒤인 2029년 3월 31일까지 양도합니다. 반대로 2029년 6월 30일 종료된다면 1년 뒤인 2030년 6월 30일이 아니라 상한인 2029년 12월 31일까지 양도해야 합니다. 이 계산은 계약상 기간이 아니라 법령상 인정되는 실제 임대기간 종료일을 사용합니다.

5. 등록임대 아파트 : 중과배제 2027년 말과 거주주택 5년을 혼동하지 않습니다

조정대상지역에 있는 일정한 민간매입임대 아파트가 의무임대기간 종료로 자동말소되는 경우, 종전 등록 유형과 임대기간·임대료 증액·기준시가 등을 충족해야 다주택자 양도소득세 중과배제 대상이 됩니다. 소득세법 시행령 제167조의3의 2026년 개정에서는 해당 유형의 양도기한을 원칙적으로 2027년 12월 31일로 정했습니다.

2027년 1월 1일 현재 의무임대기간이 남아 있다면 등록말소일부터 1년, 2027년 이후 새로 조정대상지역으로 지정됐다면 공고일부터 1년 등의 연장 사유가 있고, 법정 요건을 갖춘 정비사업은 이전고시일을 기준으로 별도 기간을 계산합니다. 해당 주택에 실제로 적용되는 사유들과 법정 기본기한을 대조해 기한을 정해야 합니다.

반면 임대사업자가 자신이 실제 거주하던 다른 집을 양도하는 경우의 거주주택 1세대 1주택 특례는 별도 제도입니다. 그 특례의 등록말소일부터 5년 기준은 이번 매입임대 아파트 중과배제 기본기한과 다릅니다. 임대아파트를 파는지, 거주주택을 파는지를 먼저 구분해야 하는 이유입니다.

6. 비수도권 준공 후 미분양 : 취득기한 연장은 어떤 의미인가요?

2026년 개정은 일정한 비수도권 준공 후 미분양주택을 2027년 12월 31일까지 취득하도록 관련 특례기간을 1년 연장했습니다. 해당 주택은 양도소득세 및 종합부동산세에서 법률이 정한 요건에 따라 주택 수 제외 혜택을 적용받을 수 있습니다. 기업구조조정 부동산투자회사의 대상주택에 관한 종합부동산세 합산배제와 법인세 추가과세 배제의 적용기간도 연장되었습니다.

다만 비수도권 아파트라면 아무 주택이나 해당하는 것은 아닙니다. 준공 후 미분양 여부, 전용면적 85㎡ 이하, 취득가액 7억원 이하, 수도권 밖 소재와 취득시점, 시행규칙상 확인요건을 확인하고, 일반 개인과 부동산투자회사의 특례를 구분해야 합니다. 특히 “주택 수에서 제외”와 “취득세 면제”는 서로 다른 처리이며, 이번 연장만으로 취득세가 없어지는 것은 아닙니다.

7. 자료와 신고 : 계약금 날짜부터 세금별로 정리하세요

일시적 2주택 거래라면 종전주택·신규주택의 등기사항증명서, 매매계약서 원본과 변경계약서, 계약금 이체내역, 잔금 송금 및 등기접수일 자료, 조정대상지역 지정공고 당시 자료를 함께 보관해 두십시오. 양도세에 관해서는 기존 집의 취득계약·실제 거주기간·양도계약과 필요경비도 준비합니다.

취득세를 일시적 2주택 중과배제로 신고한 경우에는 실제 종전주택 처분기한이 끝날 때까지 일정과 이행 증빙을 관리합니다. 기간 내 처분하지 못하면 중과세액과 후속 신고·징수 문제가 생기므로 잔금일과 등기접수일을 조정할 때 그 결과를 함께 계산해야 합니다.

상생임대는 직전·상생 임대차계약서, 갱신내용, 계약금·보증금·월세 입금내역, 실제 임대기간과 종료일을 연결해 정리합니다. 상생임대 특례를 신청할 때에는 양도소득세 신고에 관련 특례적용신고서와 두 임대차계약서를 첨부하는 규정도 확인해야 합니다. 등록임대라면 지자체 임대사업자 등록·말소 이력, 세무서 사업자등록, 공시가격과 임대료 변동기록을 따로 준비합니다.

마무리 : 어느 세금의 2년인지부터 확인한 다음 매도일을 정하세요

2026년 8월 20일 새집을 계약해 계약금을 송금하고 11월 15일 취득한 가상사례에서는 양도소득세·종합부동산세에 2년 기준이 적용되지만, 취득세는 3년 경과조치가 적용될 수 있습니다. 상생임대주택은 임대기간 종료일, 자동말소 매입임대 아파트는 중과배제 기한, 임대사업자의 거주주택은 별도의 5년 특례를 각각 계산해야 합니다.

계약일과 계약금 지급일, 실제 취득·양도일을 한 장의 일정표에 놓고 세목별로 대조하면, 거래가 늦어지는 경우 어떤 세금이 달라지는지 미리 판단할 수 있습니다.