과점주주 간주취득세에서 평가충당금을 장부가액에서 뺄 수 있나요?

회사의 주식을 취득해 과점주주가 된 뒤 회사 보유 부동산에 대한 간주취득세를 신고할 때, 부동산 취득원가에서 평가충당금을 뺀 순장부가액을 과세표준으로 삼을 수 있을까요? 대법원은 장부가액을 기준으로 하되 장부에 적혔다는 이유만으로 모든 평가액을 무조건 받아들이는 것은 아니라고 판단했습니다. 취득의제 당시 장부가액이 출발점이지만, 평가충당금이 실제 취득가격의 감소를 합리적으로 반영한다는 객관적 자료가 없다면 취득원가를 기준으로 과세표준을 산정할 수 있습니다.

과점주주는 주식만 샀지만 법은 법인자산도 취득한 것으로 봅니다

원고는 주식회사로, 쟁점회사의 주식을 취득해 지방세기본법상 과점주주가 됐습니다. 과점주주는 통상 주주 또는 유한책임사원과 특수관계인의 지분 합계가 발행주식 총수의 50%를 초과하면서 권리를 실질적으로 행사하는 집단을 말합니다. 법인의 부동산 등 자산 명의는 그대로여도, 지배력을 취득한 과점주주가 그 법인의 취득세 과세대상 자산을 지분비율만큼 취득한 것으로 의제해 취득세를 부과합니다.

원고는 쟁점회사가 보유한 부동산에 관해 취득원가를 기준으로 간주취득세 과세표준을 신고했습니다. 이후 취득원가에서 평가충당금을 공제한 장부가액이 진정한 과세표준이라며 세액을 줄여 달라고 경정청구했습니다. 김해시장은 이를 거부했고, 원고가 거부처분 취소를 청구했습니다. 공개된 대법원 판결은 부동산의 구체적 취득원가, 평가충당금, 지분율과 고지세액을 적지 않았으므로 실제 금액을 추정해서는 안 됩니다.

중심 쟁점은 ‘장부가액 우선’과 ‘장부의 신빙성’의 관계입니다

당시 구 지방세법 제7조 제5항은 주식 취득으로 과점주주가 되면 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 봤습니다. 구 제10조 제4항은 법인의 부동산 등 총가액을 총 주식수로 나누고 과점주주가 취득한 주식수를 곱한 금액을 과세표준으로 하며, 과점주주가 이를 신고하도록 했습니다. 신고하지 않거나 신고가액이 정당한 과세표준보다 적으면 지방자치단체장이 결산서와 장부에 따른 취득세 과세대상 자산총액을 기초로 부과했습니다.

대법원은 과점주주가 된 날, 즉 취득의제 시점의 법인 자산총액과 장부가액을 기준으로 해야 한다고 재확인했습니다. 이 원칙은 과세관청이 직권 산정하는 경우뿐 아니라 납세자가 자진신고하는 경우에도 같습니다. 자진신고했다고 해서 신고자가 임의로 고른 취득원가나 순액이 정당한 과세표준보다 우선하지 않습니다.

그러나 두 번째 원칙도 있습니다. 법인장부를 취득가격의 증거로 인정하는 이유는 객관화된 조직체인 법인이 거래가액을 조작할 가능성이 상대적으로 낮고, 장부가 실제 취득가격을 반영할 개연성이 있기 때문입니다. 이 전제가 깨지면 장부에 숫자가 있다는 이유만으로 과세표준이 확정되지 않습니다. 간주취득세에서도 장부상 평가충당금이 실제 자산가치 또는 취득가격의 감소를 적정하게 반영하는지 따져야 합니다.

평가충당금은 비용·평가 회계와 취득세 과세표준을 연결하는 증거가 필요합니다

평가충당금은 자산의 예상 손실이나 가치 하락을 회계상 반영하기 위해 설정될 수 있습니다. 그러나 부동산의 취득원가는 실제 취득에 든 대가와 부대비용의 누적이고, 평가충당금은 그 이후 회계적 평가일 수 있습니다. 두 숫자는 생성 원인과 시점이 다릅니다. 따라서 평가충당금을 뺀 순액을 취득세 과세표준으로 사용하려면 충당금 산정방식, 대상자산, 평가기준일과 외부증거가 취득의제 당시 실제 취득가격을 더 정확하게 보여 준다는 점을 설명해야 합니다.

원심은 원고가 주장한 평가충당금의 산정 적정성을 뒷받침할 객관적 자료와 근거가 제출되지 않았다고 판단했습니다. 대법원은 원심이 ‘신고가액이 장부가액보다 원칙적으로 우선한다’고 전제한 부분은 적절하지 않다고 지적했습니다. 하지만 원고 주장을 ‘당초 과다신고를 바로잡아 달라’는 취지로 최대한 선해하더라도, 평가충당금 자체를 신뢰할 수 없으므로 경정청구를 거부한 결론은 옳다고 보았습니다. 잘못된 이유 일부가 있어도 결론에 영향을 미치지 않아 상고는 기각됐습니다.

납세자와 과세관청 주장의 확인 범위

공개 판결에서 확인되는 납세자 주장은 당초 취득원가 기준 신고가 과다했고, 평가충당금을 공제한 장부가액으로 낮춰야 한다는 것입니다. 과세관청은 취득원가를 기준으로 산정한 과세표준이 정당하며, 충당금 공제를 뒷받침할 객관적 근거가 없다고 보았습니다. 대법원은 과세관청의 산식이 신고가액에 단순히 구속된 것이 아니라 정당한 과세표준을 산정한 것으로 이해했습니다.

판결문에는 어떤 감정평가서나 회계정책서가 제출됐는지, 충당금이 재고자산·투자부동산·매출채권 중 무엇과 관련됐는지 자세히 공개되지 않았습니다. 따라서 특정 회계기준에 따른 충당금은 언제나 공제되지 않는다고 일반화할 수 없습니다. 판결의 핵심은 공제 부정 그 자체보다, 장부상 조정액이 실제 취득가격과 맞닿아 있음을 객관적으로 증명하지 못했다는 점입니다.

구법에서 현행법으로 조문 위치가 바뀌었습니다

사건에는 2023년 3월 14일 개정 전 지방세법 제7조 제5항과 2021년 12월 28일 개정 전 제10조 제4항이 적용됐습니다. 주식 취득으로 과점주주가 되면 법인 보유 부동산 등을 취득한 것으로 보고, 법인의 자산총액과 취득 지분을 곱해 과세표준을 정하는 구조였습니다.

2021년 12월 28일 법률 개정은 취득세 과세표준 체계를 제10조부터 제10조의7까지로 나누어 2023년 1월 1일부터 시행했습니다. 2026년 10월 24일 현행 지방세법 제7조 제5항은 과점주주의 취득의제를 유지하고, 제10조의6 제4항은 해당 법인의 결산서와 장부에 따른 부동산 등 총가액을 총 주식수로 나눈 뒤 취득 주식수를 곱하도록 명시합니다. 조문 위치는 달라졌지만 취득의제 시점의 장부와 지분비율을 기준으로 하는 핵심은 이어집니다. 현재 신고는 현행 제10조의6과 시행령·해당 지방자치단체 조례의 신고서식을 확인해야 합니다.

반대 구조라면 평가충당금이 인정될 여지도 있습니다

충당금이 단순한 경영자 추정이 아니라 독립된 감정평가, 훼손·멸실 자료, 법원 판결, 공신력 있는 시장자료와 연결되고, 자산별 계산근거가 일관되며 외부감사에서도 확인됐다면 실제 취득가격과 장부가액의 관계를 다르게 평가할 수 있습니다. 특히 장부의 최초 취득원가 자체가 잘못 계상됐다는 거래증빙이 있다면 당초 신고 오류를 바로잡는 경정청구가 가능합니다.

반대로 결산 직전에 과점주주 취득세를 줄이기 위해 포괄 충당금을 설정했거나, 자산별 명세 없이 총액만 계상했거나, 감정기준일이 취득의제 시점과 멀다면 신빙성이 약합니다. 회계상 손상차손을 인식했다는 사실과 지방세법상 취득당시가액이 줄었다는 결론을 같은 것으로 취급해서는 안 됩니다. 감가상각누계액, 평가충당금, 공정가치평가손익은 각각 성격과 법적 효과가 다르므로 자산별로 나눠야 합니다.

가상 계산으로 보는 차이와 검산

설명을 위해 취득의제 당시 회사가 보유한 취득세 과세대상 부동산의 취득원가가 200억원, 평가충당금이 30억원이고 새 과점주주의 취득지분이 60%라고 가정하겠습니다. 취득원가 기준 과세표준은 200억원×60%=120억원입니다. 충당금 공제 순액을 인정하면 170억원×60%=102억원이 되어 과세표준 차이는 18억원입니다.

여기에 교육 목적상 2%의 단일세율만 가정하면 본세는 각각 2억4,000만원과 2억400만원으로 3,600만원 차이가 납니다. 이 계산은 판결의 실제 금액이나 적용세율이 아닙니다. 실제 세액은 자산 종류별 세율, 농어촌특별세, 지방교육세, 지분 증가분, 기존 과점주주 여부와 감면을 함께 검토해야 합니다. 무엇보다 건물·토지·차량·기계장비의 장부가와 취득세 과세대상 여부를 먼저 분류해야 합니다.

주식계약 전에 확보할 장부와 신고기한

주식양수도계약을 체결하기 전 주주명부, 특수관계인 지분표, 의결권 제한주식, 전환권·신주인수권을 확인해 과점주주가 되는 정확한 날과 지분 증가폭을 계산해야 합니다. 대상 법인의 고정자산대장, 토지·건물별 취득계약서, 취득부대비용, 감가상각누계액, 평가충당금 명세와 외부감사조서를 받아 취득세 과세대상 자산만 추려야 합니다.

간주취득세는 원칙적으로 과점주주가 된 날부터 60일 이내에 물건 소재지 관할 지방자치단체에 신고·납부하는 구조이므로, 여러 지역에 자산이 있으면 관할별 안분과 서식이 필요합니다. 기존 과점주주가 지분을 추가 취득한 경우에는 증가한 지분 범위를 따로 계산합니다. 경정청구를 준비한다면 당초 신고서, 납부서, 결산서뿐 아니라 왜 특정 장부조정액이 실제 취득가격을 더 정확히 나타내는지 자산별 증거를 붙여야 합니다.

실사표에는 장부계정과 지방세 과세대상 분류를 나란히 두는 것이 좋습니다. 예를 들어 ‘투자부동산’ 한 계정에 토지와 건물, 건설중인자산이 섞여 있으면 취득일과 소재지, 취득부대비용을 분리하고, 신탁재산·리스자산·분양재고처럼 법적 소유와 회계분류가 다를 수 있는 항목은 등기부와 계약서로 재확인합니다. 평가충당금도 총액이 아니라 설정일, 환입일, 계산식, 승인권자, 감정평가 여부를 자산별 행으로 연결해야 합니다.

주식 매매가격을 순자산가치로 정했다는 사실도 간주취득세 과세표준을 곧바로 확정하지 않습니다. 주식가격은 영업권, 수익가치, 부채와 우발채무까지 반영할 수 있지만 간주취득세는 법이 정한 취득세 과세대상 자산총액과 취득지분을 봅니다. M&A 가치평가 보고서, 법인장부와 지방세 신고명세가 서로 다른 목적의 숫자라는 점을 조정표에서 명확히 표시해야 합니다.

결론: 장부 숫자의 이름보다 그 숫자가 실제 취득가격을 반영하는지 봅니다

대법원 2026두30758 판결은 과점주주 간주취득세에서 취득의제 당시 법인장부가 과세표준의 중요한 출발점이라고 확인했습니다. 그러나 장부가액이라는 형식만으로 평가충당금 공제가 보장되는 것은 아닙니다. 객관적 자료가 없는 충당금은 실제 취득가격을 반영한다는 신빙성을 인정받기 어렵고, 취득원가 기준 산정이 유지될 수 있습니다.

주식 취득을 앞두고 있다면 ① 특수관계인 합산 지분과 의결권, ② 과점주주 성립일, ③ 법인 보유 취득세 과세대상 자산, ④ 취득의제일 장부가, ⑤ 평가충당금·손상차손의 자산별 근거, ⑥ 관할별 60일 신고기한, ⑦ 감면 가능성을 계약 종결 전에 검토하십시오. 사후에 장부의 순액만 제시하는 것보다, 주식 취득 전에 과세표준 파일을 만들어 매도인과 자료제공 의무를 계약에 넣는 편이 훨씬 안전합니다.