과세이연한 자본잉여금으로 무상주를 주면 의제배당인가요?

법인이 다른 회사 주식을 포괄적 교환으로 넘기고 받은 이익을 세법상 과세이연한 뒤 그 금액을 자본에 전입하여 무상주를 발행했다면, 주주도 배당소득세 없이 넘어갈 수 있을까요. 대법원 2026두30733 판결은 그렇지 않다고 판단했습니다. 회사 단계의 주식양도차익 과세이연과 주주 단계의 의제배당은 납세의무자, 과세대상 거래, 과세시기가 서로 다릅니다. 회사가 장부와 상법상 잉여금을 자본에 전입하여 주주에게 신주를 교부했다면, 소득세법이 제외한 자본준비금에 해당하지 않는 한 주주는 그 주식 가액을 배당받은 것으로 볼 수 있습니다.

회사가 무엇을 누구에게 넘기고 무엇을 받았는지부터 봅니다

사건의 회사는 2010년 10월 보유하던 B회사 주식 전부를 A회사에 이전했습니다. 대가는 현금이 아니라 A회사가 새로 발행한 주식이었고, 회사는 교환 뒤 A회사의 약 9.3% 지분을 보유하게 되었습니다. 포괄적 주식교환 과정에서 발생한 주식양도차익은 27,789,292,268원이었습니다. 당시 조세특례제한법 제38조의 요건에 따라 이 양도차익에 대한 법인세 과세가 이연되었고, 회사는 그 금액을 자본잉여금으로 회계처리했습니다.

그로부터 약 5년 뒤인 2015년 10월 회사는 그 자본잉여금 중 24,039,071,206원을 자본금에 전입했습니다. 회사는 현금을 지급하지 않고 기존 주주들에게 무상주를 교부했습니다. 이때 세법이 바라본 거래는 두 단계입니다. 첫 단계는 2010년 회사가 B회사 주식을 A회사에 넘기고 A회사 신주를 받은 거래입니다. 둘째 단계는 2015년 회사가 자신의 잉여금을 자본으로 바꾸어 기존 주주에게 자기 회사의 신주를 무상 교부한 거래입니다. 첫 거래의 납세의무자는 주식을 양도한 회사이고, 둘째 거래의 소득 귀속자는 무상주를 받은 주주입니다.

과세관청은 2020년 6월 8일 회사에 2015년 귀속 원천징수 배당소득세 3,502,580,910원을 고지했습니다. 이 금액에는 가산세가 포함되어 있습니다. 이어 6월 9일에는 지급명세서 미제출과 관련한 법인세 가산세 100,000,000원을 부과했습니다. 회사가 주주에게 의제배당을 지급하면서 원천징수와 지급명세서 제출 의무를 이행하지 않았다는 것이 처분 구조입니다.

쟁점은 “세법상 과세되지 않은 잉여금도 잉여금인가”였습니다

회사는 2010년 양도차익이 적격 주식교환 특례로 과세이연되었으므로, 그것을 재원으로 한 무상주도 과세대상 배당으로 볼 수 없다는 취지로 다투었습니다. 세법상 소득으로 현실화되지 않은 금액을 자본에 옮겼을 뿐인데 주주에게 배당한 것으로 보는 것은 이중과세라는 논리도 연결됩니다. 반면 과세관청은 소득세법 제17조 제2항 제2호의 “법인의 잉여금”이 법인세 과세가 끝난 금액만을 뜻하지 않으며, 상법·회계상 실제로 잉여금이 존재하고 이를 자본에 전입해 주주가 신주를 취득했다면 의제배당 요건이 충족된다고 보았습니다.

대법원은 과세관청의 해석을 받아들였습니다. 의제배당 규정의 문언은 “법인의 잉여금의 전부 또는 일부를 자본 또는 출자에 전입함으로써 취득하는 주식 또는 출자지분의 가액”입니다. 여기서 잉여금을 세무조정 후 법인세가 확정된 과세소득으로 한정하는 문구는 없습니다. 상법과 회계에 따라 자본잉여금으로 계상된 금액이 존재하고 회사가 이를 자본금으로 전환하여 주주에게 무상주를 교부했다면, 주주는 자신의 지분에 비례한 신주라는 경제적 이익을 취득합니다.

다만 모든 잉여금 자본전입이 과세되는 것은 아닙니다. 소득세법은 상법 제459조 제1항의 자본준비금 중 대통령령으로 정한 것과 일부 재평가적립금 등의 자본전입을 예외로 둡니다. 그러므로 계정과목 이름이 “자본잉여금”이라는 사실만으로 결론을 내리면 안 됩니다. 그 잉여금이 어떤 거래에서 생겼는지, 상법상 어떤 준비금인지, 소득세법과 시행령의 제외 범위에 들어가는지까지 확인해야 합니다. 이 사건에서 회사가 사용한 주식교환차익은 그러한 비과세 자본전입 예외에 해당하지 않는다고 판단되었습니다.

회사의 과세이연은 주주의 배당소득 비과세 약속이 아닙니다

과세이연은 과세대상 소득이 없다는 뜻이 아니라, 법률이 정한 사후관리 요건 아래 회사 단계의 세금 납부시점을 뒤로 미루는 제도입니다. 2010년 특례는 주식을 양도한 회사의 양도차익을 대상으로 합니다. 2015년 의제배당은 자본전입으로 주식을 받은 주주가 대상입니다. 두 납세의무는 인적 범위부터 다릅니다.

과세시기도 다릅니다. 회사의 주식교환차익은 교환이 이루어진 2010년 거래에서 발생했고 특례에 따라 이연되었습니다. 주주의 의제배당은 회사가 잉여금을 자본에 전입하고 무상주를 교부한 2015년에 발생합니다. 과세대상도 전자는 B회사 주식을 이전하고 받은 A회사 주식 대가에서 생긴 회사의 양도차익이고, 후자는 기존 주주가 회사로부터 무상 취득한 신주의 가액입니다. 따라서 첫 단계의 특례가 둘째 단계까지 자동으로 따라간다고 볼 수 없습니다.

이 결론은 같은 경제적 재원에서 두 세금이 나온다는 이유만으로 이중과세가 되는 것은 아니라는 점도 보여줍니다. 회사의 법인세와 주주의 배당소득세는 별개의 담세력과 별개의 납세의무를 포착합니다. 현금배당에서도 회사가 벌어들인 이익에 법인세가 부과된 뒤 주주가 받은 배당에 소득세가 부과될 수 있습니다. 다만 구체적 주주에게 배당가산·배당세액공제 또는 법인주주 수입배당금 익금불산입이 적용되는지는 주주의 지위와 당시 법령을 따로 검토해야 합니다. 이 판결만으로 모든 주주의 최종 종합소득세를 계산할 수는 없습니다.

대법원은 “잉여금”을 회계·상법상 개념으로 보았습니다

판결의 실질적 이유를 단계별로 대입하면 이렇습니다. 첫째, 회사 장부에는 포괄적 주식교환에서 생긴 자본잉여금이 실제로 계상되어 있었습니다. 둘째, 회사는 그 가운데 24,039,071,206원을 2015년 10월 자본금으로 전입했습니다. 셋째, 자본전입의 직접 결과로 주주들은 추가 출자 없이 무상주를 받았습니다. 넷째, 해당 재원은 소득세법이 의제배당에서 명시적으로 제외한 자본준비금 등에 해당하지 않았습니다. 다섯째, 2010년 회사의 과세이연은 2015년 주주의 소득을 배제한다는 특례가 아니었습니다. 이 다섯 요소가 결합되어 의제배당이 성립합니다.

반대 구조라면 결론이 달라질 수 있습니다. 회사가 자본에 전입한 금액이 소득세법 제17조 제2항 제2호 단서와 시행령이 정한 비과세 자본준비금에 해당한다면, 그 자본전입으로 받은 주식은 같은 이유로 의제배당에서 제외될 수 있습니다. 신주가 실제로 주주에게 귀속되지 않았거나 자본전입 결의가 무효인 경우에도 취득 사실과 시점을 다시 판단해야 합니다. 또한 주주가 개인인지 내국법인인지, 비거주자·외국법인인지에 따라 적용 세법, 원천징수와 조세조약, 지급명세서가 달라집니다. 회사 단계의 과세이연 요건을 사후에 위반해 법인세가 추징되는 문제와 주주 단계 의제배당은 별도로 관리해야 합니다.

현행법도 자본전입 무상주의 의제배당 구조를 유지합니다

사건의 주주 소득은 2015년에 발생했으므로 당시 소득세법과 조세특례제한법을 적용합니다. 대법원은 당시 소득세법 제17조 제2항 제2호의 “잉여금”을 세법상 과세된 잉여금에 한정하지 않았습니다. 포괄적 주식교환 특례의 사후관리와 과세이연 규정은 회사 단계에 적용했습니다.

2026년 1월 1일 시행 현행 소득세법 제17조 제1항도 의제배당을 배당소득으로 규정하고, 제2항 제2호는 법인의 잉여금을 자본 또는 출자에 전입하여 취득하는 주식·출자지분의 가액을 의제배당으로 봅니다. 상법 제459조 제1항의 자본준비금으로서 대통령령이 정한 것 등은 단서에서 제외합니다. 즉 사건 이후에도 기본 구조는 이어집니다. 다만 2015년 사건에 2026년 개정 문언이나 시행령을 소급하여 적용할 수는 없습니다. 현재 자본전입을 계획한다면 2026년 현행 소득세법·시행령, 법인세법상 법인주주 규정, 조세특례제한법의 현재 특례와 각 부칙을 기준으로 새로 검토해야 합니다.

원천징수의무도 분리해야 합니다. 개인 주주에게 국내 배당소득을 지급하는 내국법인은 소득세법 제127조에 따른 원천징수의무를 확인하고, 제128조가 정한 납부기한과 지급명세서 의무를 관리합니다. 통상 원천징수세액은 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하는 구조이나, 반기납부 승인 여부, 주주의 거주자·비거주자 구분, 법인주주 여부와 실제 지급시기 등 구체적 조건을 확인해야 합니다. 무상주는 현금유출이 없기 때문에 원천징수 재원을 어떻게 받을지도 이사회·주주 안내 단계에서 정해야 합니다.

가상사례에서는 “자본전입액 × 지분율”부터 검산합니다

회사가 의제배당 대상 잉여금 24억원을 자본금에 전입하고, 기존 지분율대로 무상주를 배정한다고 가정하겠습니다. 지분율 10%인 개인주주가 취득하는 주식 가액은 24억원 × 10% = 2억4천만원입니다. 이 2억4천만원은 법정 요건을 충족하는 경우 주주의 의제배당 금액을 출발점으로 삼는 숫자입니다. 회사 전체의 24억원과 주주 한 명의 2억4천만원을 혼동해서는 안 됩니다.

이 예시에서 곧바로 최종 납부세액을 확정할 수는 없습니다. 주주의 다른 금융소득, 배당가산과 세액공제 대상, 보유주식의 성격, 지방소득세, 원천징수 당시 세율과 신고방식이 필요하기 때문입니다. 더구나 실제 판결의 3,502,580,910원은 여러 주주에 관한 원천징수세액과 가산세가 포함된 고지액입니다. 이를 24,039,071,206원으로 나눈 비율을 “세율”로 역산하면 가산세와 주주별 조건을 무시하는 잘못이 됩니다.

회계처리도 세무결론과 구분합니다. 회사는 자본잉여금을 감소시키고 자본금을 증가시키는 자본 내부 대체를 기록할 수 있지만, 그 분개가 손익계산서 비용을 만들지 않는다고 해서 주주 단계의 소득세가 사라지는 것은 아닙니다. 주주별 무상주 배정명세와 취득가액, 주식수, 단주처리, 자본전입 재원의 법적 성격을 보조부에 남겨야 원천징수와 향후 양도소득 계산을 연결할 수 있습니다.

이사회 결의 전에 확보해야 할 증빙과 신고 일정입니다

첫째, 잉여금 발생원인을 계정별로 추적합니다. 주식교환계약서, 교환비율 산정자료, 주식 이전일과 신주 교부일, 당시 과세이연 신청서, 법인세 신고서와 세무조정계산서, 자본잉여금 보조부를 연결합니다. 둘째, 자본전입 재원이 상법상 자본준비금인지, 소득세법·시행령의 제외대상인지 법적 근거를 메모로 남깁니다. 계정명만으로 판단하지 않습니다.

셋째, 주주명부와 자본전입 기준일 현재의 지분율을 확정하고, 이사회·주주총회 의사록, 신주배정표, 증자등기, 주권 또는 전자등록 자료를 갖춥니다. 넷째, 개인·법인·비거주자별 원천징수와 지급명세서 서식을 구분합니다. 현금 없는 무상주 배당에서 주주로부터 원천세를 징수할 방법과 납부재원을 사전에 합의해야 합니다. 다섯째, 원천세 신고·납부일, 지급명세서 제출일, 법인세 신고 때의 자본변동상황명세를 일정표로 관리합니다. 법정기한은 실제 자본전입일, 의제배당 수입시기, 납세자 유형과 그해 시행 법령으로 최종 확인해야 합니다.

결론: 과세이연 재원의 꼬리표가 주주에게 자동 승계되지는 않습니다

회사 단계에서 세금을 뒤로 미뤘다는 사실만으로 주주가 받은 무상주까지 비과세가 되지는 않습니다. 2026두30733 판결은 “회사에 아직 법인세가 부과되지 않은 금액”과 “회사 장부에 존재하는 잉여금”을 같은 개념으로 보지 않았습니다. 잉여금이 자본으로 전입되고 주주가 무상주를 취득했으며 법정 제외재원에 해당하지 않으면, 주주 단계 의제배당과 회사의 원천징수·지급명세서 의무가 발생할 수 있습니다.

자본전입을 검토하는 회사는 먼저 재원별로 상법·회계·법인세·소득세 분류표를 만들어야 합니다. 그 다음 주주별 의제배당액, 원천징수 가능 여부, 현금재원, 지급명세서와 등기 일정을 동시에 설계해야 합니다. 이미 무상주를 발행했다면 과세이연 신청서만 볼 것이 아니라 당시 자본전입 결의와 주주별 배정표, 원천세 신고와 지급명세서 제출을 맞대어 누락 여부를 확인하는 것이 다음 조치입니다.