해외 본사 부품을 수입신고한 국내회사가 수입부가세를 공제할 수 있나요?

해외 본사의 장비 부품을 국내 고객에게 무상으로 전달하면서 국내 관계회사가 수입신고인이 되고 수입부가가치세까지 냈다면, 그 세액을 국내 회사의 매입세액으로 공제할 수 있을까요? 수입신고 명의와 납부 사실만으로는 부족합니다. 부품의 판매계약, 대가, 위험과 손익이 해외 판매회사에 귀속되고 국내 회사는 정액 수수료를 받으며 본사의 의무를 보조했다면, 국내 회사는 자기 사업을 위한 실질 수입자가 아니어서 공제가 부인될 수 있습니다.

세 회사 사이에서 무엇이 누구에게 공급되었는가

대법원 판결문상 미국 판매회사는 다른 미국 제조회사가 만든 반도체 제조장비를 국내 반도체 회사들에 판매했습니다. 원고인 국내 관계회사는 판매회사와 서비스계약을 맺고 국내 고객에 대한 판매지원, 장비 설치와 하자보증 업무를 수행했습니다. 장비 공급 과정에서 누락되거나 잘못 장착된 부품을 추가하거나 교체할 필요가 생기면 그 부품을 국내에 무상 반입했습니다.

여기서 ‘무상’은 국내 고객이 부품을 공짜로 얻었다는 단순한 뜻이 아닙니다. 국내 고객은 장비 구매대금에 부품 대금이 이미 포함되어 있다고 보아 원고나 미국 판매회사에 별도 대가를 지급하지 않았습니다. 즉 부품은 미국 판매회사와 국내 고객 사이 장비판매계약을 완성하기 위해 공급됐습니다. 계약상 부품을 국내에 인도할 의무와 그 경제적 비용은 판매회사에 있었습니다.

원고는 통관상 수입신고인이 되어 관세 과세가격과 제세를 합한 금액을 부가가치세 과세표준으로 수입부가가치세를 신고·납부했습니다. 세관장은 원고를 수입자로 하는 수입세금계산서를 발급했고, 원고는 그 세액을 자신의 매출세액에서 공제했습니다. 그러나 원고가 낸 관세·부가가치세 등 비용은 미국 판매회사에 청구해 상환받았습니다.

분당세무서장은 부품 수입거래의 실질 당사자는 원고가 아니라 미국 판매회사와 국내 고객이라고 보았습니다. 이에 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지 수입부가가치세 매입세액 공제를 부인하고, 2021년 7월 1일, 2022년 1월 12일과 4월 5일에 가산세 포함 합계 15,369,712,490원을 경정·고지했습니다. 원고가 취소를 구했지만 원심과 대법원은 모두 처분을 유지했고, 대법원은 원고의 상고를 기각했습니다.

쟁점은 ‘사업 관련성’과 ‘실질 수입자’ 두 갈래입니다

부가가치세법 제37조는 매출세액에서 매입세액을 빼 납부세액을 계산하도록 합니다. 제38조 제1항은 사업자가 자기 사업을 위하여 사용했거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 세액, 자기 사업을 위해 수입하는 재화의 수입부가가치세액을 공제 대상으로 둡니다. 반면 제39조는 사업과 직접 관련 없는 지출과 사실과 다른 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않습니다.

따라서 첫 질문은 부품 수입이 원고 자신의 사업 수행에 필요한 지출인지입니다. 둘째 질문은 수입세금계산서에 수입자로 적힌 원고가 실질적으로도 수입의 효과를 귀속받는 자인지입니다. 이 두 요건은 관련되어 있지만 구분해야 합니다. 서비스업무에 어느 정도 도움이 되었다고 해도 부품 자체의 계약·위험·손익이 다른 회사에 귀속되면 자기 사업을 위한 수입이 아닐 수 있고, 수입신고 명의가 맞아도 실질 수입자가 다르면 세금계산서 기재가 사실과 다를 수 있습니다.

사업 관련성을 판단한 구체적 이유

대법원은 지출의 목적과 경위, 사업 내용에 비추어 사업 수행에 필요한지를 개별적으로 판단해야 한다고 했습니다. 이 사건에서는 부품이 애초 장비판매계약의 목적물에 포함됐고, 그 계약 당사자는 미국 판매회사와 국내 고객이었습니다. 부품을 보충해 장비를 완전하게 인도할 의무도 판매회사에 있었습니다.

판매지원계약은 화물운송, 관세·부가가치세, 보험료와 선적 책임을 판매회사가 단독 부담한다고 정했습니다. 원고는 비용을 먼저 지출했지만 전액 상환받았고, 부품 수입과 인도를 지원했습니다. 2019사업연도 개별기업보고서에도 판매 관련 의사결정은 판매회사가 하고 원고는 중개자 또는 의사전달 창구 역할을 한다는 내용이 확인됐습니다.

원고가 받는 서비스 수수료도 결정적이었습니다. 부품 수입·인도나 설치용역 유무와 관계없이 미리 정해졌고, 부품 수입 때문에 사후 증가하지 않았습니다. 따라서 부품 가치와 거래위험이 원고 수수료나 매출세액으로 전가됐다고 보기 어려웠습니다. 원고가 통관과 현장업무를 실제 수행했다는 사정은 사실이지만, 그것은 판매회사의 채무 이행을 보조한 것이지 원고가 자기 계산과 책임으로 부품을 취득·소비한 사업활동은 아니라고 판단했습니다.

수입세금계산서의 명의가 왜 사실과 달랐는가

부가가치세법 제35조는 세관장이 수입되는 재화에 대해 부가가치세를 징수할 때 ‘수입하는 자’에게 수입세금계산서를 발급하도록 합니다. 대법원은 여기서 수입자는 통관신고서에 이름이 올라간 사람에 그치지 않고 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자라고 보았습니다. 형식상 신고 명의자에게 실질 효과가 귀속되지 않으면 그 사람을 수입자로 적은 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 됩니다.

이 사건 부품의 거래당사자는 장비 거래와 마찬가지로 미국 판매회사와 국내 고객이었습니다. 원고는 판매회사에 종속되어 그 의무를 이행하는 지위였고, 부품 원가와 통관비용을 최종 부담하지 않았으며, 부품의 공급으로 별도 대가를 받지도 않았습니다. 그래서 원고는 실질 수입자가 아니고 원고 명의 수입세금계산서의 매입세액은 공제할 수 없다는 결론이 나왔습니다.

당시 법과 2026년 현행법의 관계

과세기간은 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지이므로 각 과세기간에 시행되던 부가가치세법을 적용해야 합니다. 판결은 제35조, 제37조, 제38조, 제39조의 문언과 기존 대법원 판례를 토대로 판단했습니다. 2026년 10월 22일 확인한 현행 부가가치세법에도 납부세액의 전단계세액공제 구조, 자기 사업을 위한 수입, 실질 수입자에게 발급되는 수입세금계산서, 사실과 다른 세금계산서의 불공제라는 핵심 요건이 유지됩니다.

다만 이후 개정된 수정수입세금계산서, 가산세, 신고기한 관련 조문을 과거 과세기간에 소급할 수는 없습니다. 현재 통관을 설계한다면 2026년 현재 법령과 관세 관련 절차를 적용하고, 과거 경정 사건은 해당 기수별 법령과 부칙을 대조해야 합니다. 이번 판결이 확정한 것은 신고 명의만으로 수입자를 정할 수 없다는 실질 판단 기준입니다.

반대 구조라면 공제가 가능할 수 있습니다

국내 회사가 해외 판매자로부터 부품을 자기 명의·자기 계산으로 매입하고, 가격·수량·운송을 결정하며, 재고 멸실과 하자 위험을 부담하고, 국내 고객에게 부품이나 수리용역을 자기 책임으로 공급한 뒤 그 매출대가에 부품비가 반영된다면 결론이 달라질 수 있습니다. 이 경우 수입효과와 비용이 국내 회사에 귀속되고 자기 사업 매출과의 연결도 강해집니다.

반대로 해외 본사가 고객에 대해 부담한 보증채무를 국내 회사가 대행하고, 비용 전액을 본사에서 상환받으며, 정액 또는 원가가산 서비스 수수료가 부품가치와 무관하다면 이번 사건과 가까워집니다. 계약서 명칭이 ‘판매지원’인지 ‘매매’인지보다 누가 고객에게 무엇을 공급할 법적 의무가 있고, 누가 비용과 재고위험을 부담하며, 누구 매출에 가치가 반영되는지가 중요합니다.

수치로 보는 신고와 회계처리 차이

가상으로 관세 과세가격과 제세를 합한 수입부가가치세 과세표준이 1억원이면 세율 10%에 따른 수입부가가치세는 1,000만원입니다. 국내 회사의 해당 기수 매출세액이 4,000만원이고 다른 공제세액이 없다고 가정하면, 1,000만원을 자기 매입세액으로 공제할 때 납부세액은 3,000만원입니다. 그러나 국내 회사가 실질 수입자가 아니어서 공제가 부인되면 본세 기준 납부세액은 4,000만원으로 1,000만원 증가합니다. 신고·납부불성실 관련 가산세와 납부지연액은 별도입니다.

국내 회사가 그 1,000만원을 해외 판매회사로부터 그대로 상환받기로 했다면 회계에서도 회수 가능한 본사 미수금과 자기 매입세액을 혼동하지 않아야 합니다. 예를 들어 통관 시 본사 대납금으로 처리하고 상환 때 미수금을 소멸시키는 구조가 계약과 실제 자금흐름에 부합할 수 있습니다. 정확한 계정은 적용 회계기준과 계약에 따라 결정하지만, 세금계산서 명의만 보고 ‘부가세대급금’으로 고정하면 실질과 장부가 어긋날 위험이 있습니다.

실제 사건의 15,369,712,490원은 여러 과세기간의 본세와 가산세가 합쳐진 경정고지 총액입니다. 이를 수입액의 10%나 단일 가산세율로 역산하면 안 됩니다. 기수별 공제액, 수정신고, 가산세 종류와 경과일수를 알아야 정확한 계산이 가능합니다.

계약·통관·자금·신고 증빙을 한 흐름으로 맞춥니다

국제 부품거래를 시작하기 전에 장비판매계약, 보증약관, 관계회사 서비스계약, 인코텀스, 수입신고서의 납세의무자, 운송장, 보험증권을 한 표로 연결해야 합니다. 부품 주문권자, 소유권과 위험 이전시점, 무상교체 의무자, 고객 대가에 부품비가 포함되는지, 통관비용 최종 부담자, 비용 상환과 서비스 수수료 산식을 확인하십시오.

회계자료로는 관계회사 미수금·미지급금, 부가세대급금, 매출과 수수료 산정표, 이전가격 문서와 개별기업보고서가 중요합니다. 실제 판결에서도 계약문구뿐 아니라 원고의 개별기업보고서가 역할과 의사결정 주체를 확인하는 증거가 됐습니다. 통관 담당자가 수입신고인을 편의상 국내 회사로 정하기 전에 세무·관세·이전가격 담당자가 실질 수입자 판단을 공동 검토해야 합니다.

수입부가가치세는 수입 시 세관에 신고·납부하지만, 매입세액 공제는 해당 부가가치세 과세기간의 예정·확정신고에 반영됩니다. 법인은 통상 제1기 1월~6월, 제2기 7월~12월을 기준으로 신고자료를 맞추되 예정신고·월별 조기환급 여부에 따라 실제 일정이 달라집니다. 사후에 구조가 잘못됐음을 발견하면 수정수입세금계산서 가능 여부와 부가가치세 수정신고·경정청구를 각 과세기간별로 검토해야 합니다.

결론: 통관 명의보다 계약상 의무와 경제적 귀속을 먼저 봅니다

이번 판결은 수입신고인이 세금을 실제 납부했더라도 자동으로 매입세액 공제권을 얻는 것은 아니라고 확인했습니다. 미국 판매회사가 국내 고객에게 장비와 보충부품을 공급했고, 국내 관계회사는 비용을 상환받으면서 정해진 수수료로 그 의무를 지원했기 때문에 부품 수입은 원고의 자기 사업과 연결되지 않았습니다. 동시에 수입효과가 원고에게 귀속되지 않아 원고 명의 수입세금계산서도 사실과 다른 것으로 판단됐습니다.

현재 유사 구조가 있다면 ① 고객과의 공급계약 당사자, ② 부품대가와 위험 부담자, ③ 통관비용의 최종 부담자, ④ 국내 회사 수수료가 부품가치에 연동되는지, ⑤ 재고·반품·하자 의사결정권자, ⑥ 수입세금계산서 명의를 먼저 점검하십시오. 이미 공제받았다면 과세기간별 수입신고·상환·수수료 자료를 재구성해 본세와 가산세 노출을 별도로 계산하는 것이 다음 조치입니다.