일회성 주식처분이익까지 영업권에 넣어 비상장주식을 평가하나요?

비상장주식을 특수관계인에게 처음 산 가격 그대로 넘겼는데, 세무서가 몇 년간의 투자주식 처분이익을 영업권으로 보태 주식가치를 크게 올렸다면 그 평가가 그대로 유지될까요? 결론부터 말씀드리면 그렇지 않을 수 있습니다. 최근 3년 손익에 비정상 항목이 포함되었다는 시행규칙상 사유가 확인되면, 단지 그 이익이 회사의 통상 사업에서 생겼다는 이유만으로 과거 손익 가중평균을 계속 사용할 수 없습니다. 추정이익을 적법하게 마련하지 못했다는 사정도 왜곡된 과거 손익을 되살리는 근거가 되지는 않습니다.

누가 누구에게 무엇을 얼마에 이전했는가

대법원 판결문에 따르면 원고 법인은 2016년 4월 4일 비상장 투자회사 발행주식 전부 20,000주를 500만원, 즉 1주당 250원에 취득했습니다. 그리고 2019년 11월 21일 원고 최대주주의 며느리인 특수관계인에게 같은 500만원에 전부 양도했습니다. 원고는 취득가액과 양도가액이 같으므로 2020년 3월 31일 양도차익이 없는 것으로 2019사업연도 법인세를 신고했습니다.

서울지방국세청은 주식의 시가를 1주당 48,400원으로 평가했습니다. 20,000주 전체 평가액은 9억6,800만원이고 실제 양도가액 500만원과의 차이는 9억6,300만원입니다. 이 산식은 판결문에 적힌 조사결과의 익금산입액과 정확히 맞습니다. 과세관청은 법인이 특수관계인에게 자산을 시가보다 낮게 양도해 조세부담을 부당하게 줄였다고 보아 법인세법상 부당행위계산부인을 적용했습니다. 2021년 11월 19일 가산세를 포함한 법인세 34,972,790원을 고지하고, 같은 달 25일 수익자인 양수인에게 963,000,000원이 귀속된다는 소득금액변동통지를 했습니다.

여기서 이 사건의 과세대상은 주식을 산 개인의 증여세 자체가 아니라, 주식을 판 법인의 2019사업연도 소득금액과 법인세입니다. 법인이 누구에게 어떤 자산을 얼마에 넘겼는지, 그 상대방이 특수관계인인지, 거래가격과 세법상 시가가 얼마나 다른지가 부당행위계산부인의 출발점입니다. 주식의 시가가 낮아지면 익금산입액도 달라지므로, 주식 평가에 들어간 영업권이 적법하게 계산되었는지가 중심 쟁점이 됐습니다.

중심 쟁점은 ‘우발성’이 아니라 시행규칙의 객관적 요건입니다

비상장주식은 객관적인 매매사례가액 등이 없다면 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 준용해 시가를 구합니다. 사건 당시 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조는 원칙적으로 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2로 가중평균하고, 그 금액이 순자산가치의 80%보다 낮으면 80% 상당액을 하한으로 삼았습니다. 순손익가치는 최근 3년의 1주당 순손익을 최근연도부터 3·2·1의 가중치로 계산한 뒤 법정 이자율로 나누는 구조였습니다.

순자산가액에는 일정한 요건의 영업권 평가액이 더해질 수 있습니다. 구 시행령 제59조 제3항은 영업권을 평가할 때도 최근 3년 순손익액 계산에 제56조를 준용했습니다. 따라서 비상장주식의 순손익가치뿐 아니라 순자산가액에 더하는 영업권에도 최근 3년 손익이 정상적인 미래 수익력을 나타내는지 점검해야 합니다.

당시 시행규칙 제17조의3 제1항 제6호는 유가증권·유형자산 처분손익과 자산수증이익 등의 최근 3년 가중평균액이 법인세 차감 전 손익의 최근 3년 가중평균액의 50%를 초과하는 경우를 열거했습니다. 이는 과거 손익이 비정상적일 가능성을 수치로 포착하는 규정입니다. 과세관청은 시행령 문구의 ‘일시적이고 우발적인 사건’도 별도로 충족해야 한다는 취지로 주장했습니다. 즉 투자회사가 유가증권을 처분한 것은 본래 사업이므로 일시·우발적 사건이 아니어서 통상 가중평균을 사용할 수 있다는 논리였습니다.

대법원은 이 문구를 독립된 추가요건으로 보지 않았습니다. ‘일시적이고 우발적인 사건’이라는 표현은 하위 규칙에 위임할 사유의 성격을 대표적으로 보여주는 예시이고, 시행규칙 각 호가 정한 객관적 요건을 충족하는지를 보면 충분하다고 판단했습니다. 제6호의 50% 기준을 넘었다면 다시 그 원인이 우발적이었는지를 덧붙여 심사하지 않는다는 뜻입니다.

추정이익이 없으면 과거 손익으로 돌아가도 되는가

납세자 입장에서 중요한 다음 질문은 “그렇다면 두 개 평가기관의 추정이익을 거래 전에 마련하지 못했을 때 어떻게 하느냐”입니다. 대법원은 추정이익을 적용할 요건을 갖추지 못했거나 실제 추정이익이 산정되지 않았더라도, 과거 3년 손익이 불합리하다는 사실이 사라지지는 않는다고 보았습니다. 왜곡된 과거 손익을 기계적으로 다시 쓰는 대신, 순자산가치만으로 평가하는 방법 등 세법이 마련한 보충적 방법 중 객관적이고 합리적인 방법을 준용해야 합니다.

다만 시행규칙의 비정상 사유가 있어도 과거 3년 손익이 미래 기대수익을 적정하게 반영한다는 특별한 사정이 증명되면 기존 방식이 다시 사용될 여지는 있습니다. 그 증명책임은 비정상 사유에도 불구하고 과거 손익 방식의 적용을 주장하는 쪽이 부담합니다. 단순히 “유가증권 매매가 우리 회사의 목적사업이다”라고 말하는 것으로는 부족하고, 평가기준일 이후에도 같은 규모·주기·수익구조의 거래가 계속될 사업계획과 실행자료가 필요합니다.

실제 사실을 법률요건에 대입한 법원의 논증

원심과 대법원이 주목한 사실은 네 단계로 연결됩니다. 첫째, 대상 회사는 부실채권 매입·추심과 유가증권 투자를 목적으로 했지만 자본잠식 등을 겪어 2012년부터 채권을 모두 매각하고 채권추심업을 하지 않았습니다. 둘째, 2016년부터 2020년까지 자산총액의 80% 이상이 유가증권이었고 유가증권 처분 외 다른 매출이 없었습니다. 셋째, 2013년 이후 보유 상장주식을 계속 줄여 2016~2018사업연도 뒤에는 2,168,000주만 남았습니다. 넷째, 거래일 뒤 남은 주식을 2021년 7월 16일까지 모두 처분하고 7월 19일 폐업한 뒤 2022년 4월 26일 청산했습니다.

이 흐름은 과거 처분이익이 반복될 계속기업의 수익이라기보다 기존 자산을 정리하는 과정에서 생긴 이익이라는 판단을 뒷받침합니다. 실제로 시행규칙상 50% 기준도 충족했습니다. 과거 3년과 비슷한 규모의 유가증권을 다시 취득·매각해 비슷한 수익을 창출할 가능성이 있었다고 보기 어려웠으므로, 과거 손익이 미래 기대수익을 나타낸다는 특별한 사정도 인정되지 않았습니다. 대법원은 과세관청의 상고를 기각했고, 납세자에게 유리한 원심 결론이 확정됐습니다.

구법과 2026년 현행법은 어떻게 구분해야 하나

이 거래는 2019년 11월 21일에 이루어졌으므로 판결은 2020년 2월 11일 대통령령 제30391호 개정 전 시행령을 적용했습니다. 시행규칙도 2026년 1월 2일 재정경제부령 제1호 개정 전 규정으로 특정했습니다. 2026년 10월 22일 확인한 현행 시행령 제54조·제56조·제59조와 현행 시행규칙 제17조의3에도 비상장주식 보충평가, 추정이익, 영업권 준용, 50% 기준의 핵심 구조가 이어집니다. 다만 평가기준일에 따라 적용되는 조문 문언·이자율·기관 명칭과 부칙이 달라질 수 있으므로 현재 거래에 판결 당시 산식만 복사해서는 안 됩니다.

판결의 핵심은 특정 숫자를 영구히 고정한 것이 아니라, 법령이 과거 손익의 비정상성을 판정하도록 둔 객관적 문턱을 지났다면 미래 수익력이라는 평가 목적에 맞는 다른 방법을 찾아야 한다는 데 있습니다. 2019년 거래에는 구법, 2026년 이후 평가에는 평가기준일 현재 법령과 시행규칙을 각각 적용해야 합니다.

숫자로 확인하는 실무 예시

실제 사건 계산을 다시 적으면 48,400원 × 20,000주 = 968,000,000원이고, 여기서 실제 양도가액 5,000,000원을 빼면 963,000,000원입니다. 이 금액이 조사 단계의 익금산입 및 소득금액변동통지액입니다. 그러나 963,000,000원에 법인세율을 단순히 곱해 판결의 고지세액을 재현하면 안 됩니다. 법인의 기존 과세표준, 세율구간, 세액공제, 중간예납, 가산세가 함께 작용하기 때문입니다.

가상으로 평가대상 회사의 최근 3년 1주당 순손익이 오래된 연도부터 100원, 400원, 1,300원이라고 하면 통상 가중평균은 (100×1 + 400×2 + 1,300×3) ÷ 6 = 800원입니다. 그런데 최근연도 1,300원 중 1,000원이 보유주식 일회성 처분이익이고 시행규칙의 50% 기준을 넘는다면, 800원을 곧바로 미래 수익력으로 볼 수 있는지가 문제입니다. 이때 추정이익 요건을 갖추지 못했다는 이유만으로 800원을 자동 채택하는 것이 이번 판결과 충돌합니다. 순자산가치 등 객관적 대체방법과, 과거 손익이 반복될 특별한 사정의 증거를 함께 검토해야 합니다.

계약·평가·자금·신고 증빙을 거래 전에 맞춰야 합니다

특수관계인과 비상장주식을 거래한다면 먼저 최근 3년 재무제표의 영업손익, 유가증권·유형자산 처분손익, 자산수증이익을 분리한 조정표를 만드십시오. 시행규칙 각 호의 비정상 사유와 50% 기준을 계산하고, 기준을 넘으면 평가방법 선택 메모를 남겨야 합니다. 추정이익 방식을 검토한다면 법정 평가기관 수, 산정시점과 제출요건을 거래일 전에 확인해야 합니다.

계약서에는 주식 수, 양도일, 대금, 결제조건과 가격결정 근거를 적고, 이사회·주주총회 의사록, 특수관계인 판단표, 주금 흐름, 주주명부, 법인세 세무조정계산서, 평가보고서를 하나의 파일로 연결하는 것이 좋습니다. 자산정리 중인 회사라면 보유자산 매각계획, 폐업·청산계획, 거래 후 사업계획이 과거 이익의 반복 가능성을 판단하는 핵심 증거가 됩니다. 법인의 양도손익은 해당 사업연도 법인세 신고기한에 반영하고, 세무조정과 소득처분 가능성까지 함께 점검해야 합니다.

결론: 평가의 목적은 과거 숫자 복제가 아니라 미래 수익력의 합리적 추정입니다

이번 판결은 비상장주식 저가양도라는 결론을 거래가격만으로 정한 것이 아닙니다. 과세관청이 만든 시가의 구성요소인 영업권이 과거 3년의 비정상 손익에 기대고 있었고, 시행규칙의 객관적 배제사유가 충족되었으며, 그 과거 이익이 미래에도 반복될 특별한 사정도 증명되지 않았기 때문에 기존 평가를 유지할 수 없다고 본 것입니다.

현재 거래를 준비 중이라면 ① 특수관계와 시가 자료, ② 최근 3년 비경상손익 비율, ③ 추정이익 요건, ④ 순자산가치 등 대체평가, ⑤ 거래 후 사업계획을 같은 기준일로 맞춰 검토해야 합니다. 이미 고지를 받았다면 조사청 평가표에서 영업권·순손익가치·순자산가치가 각각 얼마인지, 시행규칙의 비정상 사유 검토가 빠졌는지부터 확인하는 것이 다음 조치입니다.