하도급 공사대금 차액을 돌려받았다면 어느 사업연도의 소득일까요?

건설회사가 협력업체에 지급한 공사비 일부를 다음 해에 돌려받았다면, 반환받은 해에 잡이익을 기록하는 것만으로 세무처리가 끝나는지 문제가 됩니다.

처음부터 공사대금을 부풀리고 차액을 반환받기로 했다면, 해당 차액은 지급 사업연도의 가공손금 문제입니다. 이미 성립한 반환청구채권을 다음 해 회수했다는 이유만으로 새로운 소득이 발생하지는 않습니다.

1. 실무 사례 : 최초 계약부터 공사대금을 과다하게 지급했습니다

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다.

건설회사 A법인은 2025년 9월 협력업체 B법인에 공사를 맡겼습니다. B가 실제 수행하기로 합의한 공사의 공급가액은 1억 원이었지만, 두 회사는 대외적으로는 공급가액 1억4,000만 원의 계약서와 세금계산서를 작성하기로 했습니다. A법인은 2025년 10월에 부가가치세 1,400만 원을 포함한 1억5,400만 원을 B법인 계좌로 송금했습니다.

차액 4,400만 원은 계약 단계에서 이미 되돌려주기로 약정한 돈이었습니다. B법인은 2026년 5월에 그 금액을 A법인에 반환했습니다. 그러나 A법인은 최초 지급연도의 공사원가를 공급가액 1억4,000만 원으로 기록하고 매입세액 1,400만 원을 신고했습니다. 반환금을 받은 2026년에야 잡이익으로 처리하려는 상황입니다.

2026년 세무조사에서 과세관청이 해당 계약·입찰·송금·반환자료를 확보했다면, 최초부터 실질 공사대금이 1억 원에 불과했으므로 2025년 공사원가가 과다 계상되었다고 볼 수 있습니다. 이에 대해 A법인은 현금 반환이 2026년에 이루어졌다는 사정을 들어 2026년의 수익이라고 주장할 수 있습니다. 다음 판례는 이 두 연도 중 어느 해의 과세소득이 문제되는지 구분해 줍니다.

2. 쟁점 : 최초 지급연도와 반환연도 중 언제 소득이 확정됩니까

첫째, 공사업자가 협력업체에 실제 시공대가보다 높게 지급한 금액 전체가 세법상 손금인가 하는 문제입니다. 세금계산서와 계약서에 금액이 적혀 있어도 그 금액이 실제 공급받은 공사의 대가인지 별도로 판단합니다.

둘째, 차액을 돌려받기로 한 권리가 2025년에 이미 확정되었는지, 2026년 현금 반환 시점에 새로운 수익이 발생했는지가 쟁점입니다. 권리확정주의에서는 수령일이 아닌 귀속 원인과 권리의 확정시점을 봅니다.

셋째, 판결의 원래 쟁점인 조세포탈죄에서는 특정 사업연도에 납부할 법인세가 실제로 발생했는지도 따져야 합니다. 반환연도 익금 누락을 전제로 한 형사책임 판단과 최초 지급연도의 가공원가에 대한 세무조정은 서로 다른 문제입니다.

3. 법조문 : 손금 해당성과 귀속사업연도는 구분해야 합니다

법인세법 제14조 제1항 「각 사업연도의 소득」 · 제1항 전체 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. 각 사업연도별 익금과 손금을 구별하여 과세소득을 계산하는 원칙입니다.

법인세법 제19조 제2항 「손금의 범위」 · 제2항 중 해당 부분 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 실제 공사용역의 대가와 처음부터 반환을 약정한 초과지급액을 구분할 기준입니다.

법인세법 제40조 제1항 「손익의 귀속사업연도」 · 제1항 전체 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. 현금 출납일과 관계없이 권리·의무가 확정된 사업연도를 판단합니다.

법인세법 제18조 제2호 「평가이익 등의 익금불산입」 · 제2호 전체 각 사업연도의 소득으로 이미 과세된 소득(이 법과 다른 법률에 따라 비과세되거나 면제되는 소득을 포함한다) 이미 과세 대상으로 귀속된 소득의 후속 회수를 재차 과세하지 않도록 하는 규정입니다.

부가가치세법 제39조 제1항 제2호 「공제하지 아니하는 매입세액」 · 제2호 중 공급가액 불일치 부분 공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다 공급가액을 부풀린 경우 해당 차액에 대응하는 매입세액의 공제를 제한합니다.

4. 판례 : 대법원은 반환연도에 새로운 익금이 발생하지 않는다고 보았습니다

대법원 2020. 5. 28. 선고 2018도16864 판결은 관급공사를 수주한 건설회사가 협력업체와 실제 공사대금을 입찰가로 정하면서, 대외 계약서에는 더 높은 금액을 적어 차액을 현금으로 반환받은 사건입니다. 검사는 공사대금 지급연도가 아니라 반환받은 사업연도에 익금을 누락했다는 취지로 공소사실을 변경했습니다.

대법원은 과다한 계약금액이 가장행위라는 점에 주목했습니다. 실제 공사대금을 초과한 차액은 사업 관련 통상적인 공사원가가 아니므로 처음 공사대금을 지급한 사업연도에 손금으로 인정할 수 없습니다. 또한 하도급계약 체결 당시 반환약정이 이미 있었기 때문에 그 지급연도에 반환받을 권리가 실현 가능성이 높은 정도로 확정되었습니다.

이후 현금이 실제로 입금된 시점에는 기존 반환청구채권이 소멸하고 현금이 증가했을 뿐, 새로운 순자산 증가는 없었습니다. 따라서 반환연도에 차액을 익금으로 누락했다는 전제의 법인세 포탈 책임은 성립하지 않는다고 판단한 것입니다.

원심인 서울고등법원 2018. 10. 12. 선고 2017노2465 판결에 대해 대법원은 피고인 일부 유죄 부분과 법인에 대한 부분을 파기환송하고, 일부 상고는 기각했습니다. 이 판결은 반환연도 익금 문제를 판단한 것으로, 지급연도의 가공손금 자체를 적법한 비용으로 인정한 판결은 아닙니다.

5. 판단 : 공사원가는 지급 사업연도에 바로잡아야 합니다

가상사례의 A법인은 2025년 공사비로 1억4,000만 원을 계상했지만, 실제 수행한 공사의 공급가액은 1억 원입니다. 처음부터 돌려받기로 한 4,000만 원은 공사원가가 아니라 반환받을 채권의 원금에 해당합니다. 따라서 2025사업연도의 과세소득을 4,000만 원 늘리는 방향으로 조정하는 것이 타당합니다.

2025사업연도에 세액공제·감면·기납부세액과 다른 세무조정, 결손금이 없고, 일반 내국법인에 2억 원 이하 구간 세율을 적용하는 것으로 가정하겠습니다. 당초 법인세 과세표준은 8,000만 원입니다. 실제 원가를 적용해 4,000만 원을 추가하면 과세표준은 1억2,000만 원이 됩니다. 법인세율은 2025년 개시 사업연도에 적용되는 9%, 법인지방소득세 표준세율은 0.9%입니다.

법인세 증가액은 360만 원, 법인지방소득세 증가액은 36만 원입니다. 또한 A법인이 실제 공급받은 공사용역에 대응하는 부가가치세는 1,000만 원이므로, 명목상 공사비 초과분의 매입세액 400만 원은 공제에서 제외됩니다. 따라서 추가 본세의 단순 합계는 796만 원입니다. 이는 관련 매출·매입정정의 상호 영향과 공제·가산세·실제 납부액 조정을 별도로 제외한 설명용 계산입니다.

이 거래는 지급액과 실제 원가를 구분해 장부를 바로잡아야 합니다. 실질에 맞춘 최초 거래와 후속 회수를 분개로 나타내면 다음과 같습니다.

실제 장부가 이미 다른 방식으로 마감되었다면 회계기준상 전기오류수정 및 세무조정을 각각 처리해야 합니다. 위 분개는 거래의 경제적 실질을 나타낸 것으로, 허위거래를 그대로 유지하라는 의미가 아닙니다.

반대로 최초 하도급계약이 진정하게 1억4,000만 원의 공사를 대상으로 했고, 2026년 하자보수나 후속 계약변경으로 대금을 4,000만 원 감액하기로 처음 합의했다면 이야기가 달라집니다. 2025년에 실질적으로 제공한 공사의 대가는 1억4,000만 원이고, 대금 감액의 법률관계가 2026년에 새로 성립한 것이므로 그 변경사유와 확정시점에 따라 별도로 회계·세무처리해야 합니다.

이 사건에서 확보해야 할 자료는 최초 입찰금액, 실제 견적서와 시공내역, 본계약·이면약정, 대금이체와 반환내역, 공급가액이 다른 세금계산서, 전표 및 상대방의 정산자료입니다. 그러한 자료로 반환청구권이 당초부터 존재했다는 사실이 확인되면, 최초 지급연도에 공사원가를 바로잡고 해당 과세기간의 법인세·법인지방소득세·부가가치세 신고를 정정하는 것이 타당합니다.

결론적으로 처음부터 반환받기로 한 하도급대금의 차액은 나중에 받은 해의 새로운 소득이 아닙니다. 비용을 과다 계상한 최초 지급 사업연도가 세무조정의 출발점입니다.