비사업용 토지의 세율과 장기보유특별공제 : 11년 보유한 나대지 양도사례

“빈 땅을 10년 넘게 보유하다가 팔려고 합니다. 비사업용 토지면 장기보유특별공제를 아예 받지 못하고 양도소득세도 크게 늘어나나요?”

결론부터 말씀드리면, 비사업용 토지라는 이유만으로 장기보유특별공제를 배제하지는 않습니다. 2026년 현재 3년 이상 보유한 등기 토지는 일반적인 공제요건을 충족하면 보유기간별 공제율을 적용합니다. 다만 세율은 기본세율에 10%포인트를 더하므로 같은 과세표준에서도 납부세액은 커집니다.

여기서 먼저 확정해야 하는 것은 나대지의 비사업용 토지 해당 여부입니다. 지목이나 보유기간만으로 곧바로 결론을 내리는 것이 아니라, 토지 유형별 법정 요건과 실제 사업 사용기간을 함께 확인합니다.

1. 실무사례 : 2015년에 산 나대지를 2026년에 9억원에 양도합니다

다음은 토지를 오래 보유한 개인 납세자 A씨의 가상사례입니다. A씨는 2015년 1월 15일 일반 나대지를 5억원에 취득했고 2026년 10월 21일 9억원에 양도합니다. 취득세·등기비용·양도 중개보수 중 양도소득세상 인정되는 필요경비 합계는 2,000만원입니다.

이 토지는 취득 후 양도할 때까지 실제 사업에 사용하지 않았고 임대한 사실도 없으며, 사용을 금지하거나 제한하는 취득 후 법령상 사유 및 별도의 비사업용 토지 제외 사유도 없다고 가정합니다. 양도 당시 법령상 지정지역 추가중과의 대상도 아니고, A씨는 해당 연도 다른 양도소득이 없어 기본공제 250만원을 모두 사용할 수 있습니다. 취득·양도 등기는 완료했고 별도 감면과 기납부세액은 없습니다.

2. 법령상 판단 : 나대지라는 명칭보다 실제 사용상태와 과세구분이 중요합니다

「소득세법」 제104조의3 제1항은 비사업용 토지의 범위를 정하면서 농지·임야·목장용지 및 그 밖의 토지를 구분합니다. 농지는 재촌·자경 여부, 임야는 소재지 거주 등 별도 요건, 그 밖의 토지는 재산세 과세구분과 실제 사업에 사용한 상황 등이 판단에 영향을 줍니다.

따라서 등기사항증명서 또는 토지대장에 적힌 지목이 “대”라는 사정만으로 사업용인지 비사업용인지 확정되지 않습니다. 토지를 실제로 건축물 부속토지로 사용했는지, 주차장 등 법령에서 정한 사업용 사용기준을 충족했는지, 재산세 과세대상 구분이 어떠한지 등 관련 요건을 살펴봐야 합니다.

이번 A씨의 토지는 가정상 전 기간 공터로 방치되어 있었고, 인정되는 사업 사용이나 비사업용 제외 사유가 없습니다. 이 경우에는 뒤에서 설명하는 기간요건도 충족하므로 비사업용 토지로 계산합니다.

3. 기간기준 : 보유기간이 5년 이상이면 세 구간을 함께 계산합니다

「소득세법 시행령」 제168조의6 제1호는 토지를 5년 이상 소유한 경우 비사업용 상태였던 기간이 다음 세 가지 조건에 모두 해당하는지 확인하도록 규정합니다. 기간은 일수로 계산하며, 법령은 “이상”이 아니라 기준기간을 “초과”했는지를 요구합니다.

A씨는 2015년부터 2026년까지 전 기간을 비사업용 상태로 보유했다는 가정이므로 최근 5년·최근 3년·전체 보유기간의 세 기준을 모두 충족합니다. 반대로 이전에는 나대지였더라도 양도 직전 수년간 법에서 인정하는 사업용으로 사용했다면, 최근 기간요건 중 일부가 충족되지 않아 비사업용 토지 판정이 달라질 수 있습니다.

사업을 위한 형식적인 사업자등록만으로 사업용 토지가 되는 것은 아닙니다. 실제 사용내역이 각 토지 유형에 적용되는 법정 인정기준에 맞아야 합니다.

4. 예외 확인 : 법령상 사용제한 기간은 어떻게 처리하나요?

「소득세법」 제104조의3 제2항과 시행령 제168조의14 제1항 제1호는 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 제한된 경우, 해당 제한기간을 비사업용 토지 판정에서 달리 취급하도록 규정합니다. 그 기간은 원칙적으로 비사업용 상태였던 기간으로 보지 않고 기간요건을 다시 계산합니다.

예를 들어 취득 후 새로 설정된 법적 행위제한으로 실제 이용할 수 없었던 기간이 있다면, 해당 기간과 제한의 법적 근거를 확인합니다. 반대로 토지 취득 당시부터 있었던 일반적인 개발제한이나 단순한 건축계획 부재를 취득 후 법령상 사용금지와 같게 취급할 수는 없습니다. A씨의 가상사례에는 그러한 제한기간이 없으므로 비사업용 판정을 그대로 유지합니다.

5. 장기보유특별공제 : 비사업용 토지도 11년 보유했다면 22%를 공제합니다

「소득세법」 제95조 제2항은 일정한 장기보유 토지·건물의 양도차익에 보유기간별 장기보유특별공제율을 적용하도록 규정합니다. 이번 A씨의 토지는 3년 이상 보유한 등기 토지이며 특별공제 배제사유를 가정하지 않았습니다. 따라서 비사업용 토지라 하더라도 보유기간 11년 이상 12년 미만에 해당하는 일반 공제율 22%를 적용합니다.

중요한 차이는 장기보유특별공제의 적용 여부가 아니라 그다음 단계의 세율입니다. 양도차익에서 장기보유특별공제액을 차감하고 기본공제를 반영해 과세표준을 확정한 뒤, 비사업용 토지 세율을 적용합니다.

A씨의 전체 양도차익은 9억원에서 취득가액 5억원과 인정 필요경비 2,000만원을 뺀 3억8,000만원입니다. 여기에 22%를 곱하면 장기보유특별공제액은 8,360만원이고, 양도소득금액은 2억9,640만원입니다. 기본공제 250만원까지 차감한 과세표준은 2억9,390만원입니다.

6. 세액 비교 : 사업용 토지와 비사업용 토지는 3,232만9,000원 차이입니다

세율 차이를 쉽게 확인하기 위해, 취득가액·양도가액·필요경비·보유기간과 다른 공제조건이 동일하면서 토지의 세법상 사업용 여부만 다르게 확정된 두 가지 가정을 비교하겠습니다. 두 경우의 과세표준은 2억9,390만원으로 같습니다.

사업용 토지라면 2026년 일반 누진세율에 따라 1억5,000만원 초과 3억원 이하 구간의 한계세율 38%를 적용하고 누진공제액 1,994만원을 차감합니다. 국세 양도소득세는 9,174만2,000원입니다.

비사업용 토지에는 「소득세법」 제104조 제1항 제8호에 따라 같은 구간의 일반세율보다 10%포인트 높은 48%를 적용합니다. 따라서 국세는 같은 과세표준에 48%를 곱하고 누진공제액 1,994만원을 차감한 1억2,113만2,000원입니다. 과세표준 전체에 적용되는 추가 세율 효과는 2,939만원입니다.

개인지방소득세는 같은 과세표준과 해당 지방소득세율을 적용하면 국세 계산액의 10%에 해당하는 금액으로 산정됩니다. 사업용 토지의 합계는 1억91만6,200원, 비사업용 토지의 합계는 1억3,324만5,200원입니다. 차이는 3,232만9,000원입니다.

여기서 10%포인트 가산은 양도가액 9억원의 10%나 산출세액의 10%를 추가한다는 뜻이 아닙니다. 비교표처럼 동일한 양도소득 과세표준에 적용하는 누진세율 구간을 높이는 방식입니다.

7. 계산기 활용 : 토지의 비사업용 여부는 증빙으로 먼저 확정합니다

호원 홈페이지의 양도소득세 간편 계산기에서는 일반 토지와 비사업용 토지에 대한 예상세액을 비교할 수 있습니다. 다만 계산기는 사용자가 선택한 비사업용 토지 구분에 따라 세율을 계산하는 보조 도구이며, 토지의 실제 사용내역에 따른 비사업용 해당 여부 자체를 자동 판정하지는 않습니다.

호원 양도소득세 간편 계산기 : 토지 양도 조건별 예상세액 확인하기

8. 준비서류와 신고기한 : 지목·사용내역·재산세 과세자료를 함께 확보합니다

취득 당시와 양도 당시의 매매계약서, 잔금 지급·수령 내역, 취득세·등기비용 및 공인중개사 보수 영수증을 기본으로 준비합니다. 취득일과 양도일, 필요경비는 세액계산과 장기보유특별공제율에 직접 영향을 줍니다.

비사업용 토지 판단을 위해서는 토지대장, 등기사항증명서, 토지이용계획확인원, 연도별 재산세 과세내역 및 실제 이용상태를 확인할 수 있는 자료를 준비합니다. 사업용으로 사용한 기간이 있다면 임대차계약서, 사업자등록·허가자료, 시설 사진 및 운영 내역으로 그 기간과 법정 인정요건을 설명해야 합니다. 취득 후 법령상 사용제한이 있었다면 제한 고시·허가 반려 등 법적 근거와 해당 기간 자료를 함께 정리합니다.

A씨가 2026년 10월 21일 토지를 양도했다면 국세 양도소득세 예정신고·납부기한은 2026년 12월 31일입니다. 개인지방소득세는 국세 예정신고기한에 2개월을 더한 기한을 적용하며, 이 사례는 휴일 연장으로 2027년 3월 2일까지 신고·납부합니다.

결론 : 공제 배제보다 먼저 토지의 기간·사용요건과 세율을 구분합니다

2026년 현재 비사업용 토지는 원칙적으로 일반 누진세율보다 10%포인트 높은 세율로 양도소득세를 계산합니다. 그러나 3년 이상 보유한 등기 토지의 장기보유특별공제까지 일률적으로 배제되지는 않습니다.

2015년에 취득한 나대지를 2026년에 9억원에 양도하는 위 가상사례는 장기보유특별공제 22%를 적용한 뒤 비사업용 토지 세율로 계산한 결과, 국세·개인지방소득세 합계가 1억3,324만5,200원입니다. 같은 과세표준을 일반 사업용 토지 세율로 계산한 경우와 3,232만9,000원 차이가 납니다.

따라서 실제 신고에서는 토지의 이용내역을 연도별로 정리하여 비사업용 여부를 확정한 다음 장기보유특별공제·세율·예정신고기한을 적용하시면 됩니다.