이의신청 기각 통지 후 심판청구는 언제까지 해야 하나요?

예를 들어 이런 질문이 있습니다. “세무서에 이의신청을 했는데 기각됐습니다. 이미 세금 고지서를 받은 지 90일이 넘었다면 조세심판원 심판청구도 할 수 없는 건가요?”

아닙니다. 이의신청을 적법하게 거친 경우에는 국세기본법 제68조 제2항이 제61조 제2항을 준용하므로, 원칙적으로 이의신청 결정통지를 받은 날부터 새로 90일 이내에 심판청구할 수 있습니다. 다만 처음부터 이의신청을 거치지 않고 직접 심판청구한다면 고지서 수령일 등을 기준으로 90일을 계산합니다.

이의신청 기각 후 : 심판청구는 두 번째 불복 단계입니다

국세기본법 제55조는 국세 처분에 대한 심사청구·심판청구를 규정하고, 같은 조 제3항은 원칙적으로 그에 앞서 이의신청을 선택할 수 있도록 합니다. 이의신청은 반드시 거쳐야 하는 단계가 아닙니다. 처음부터 조세심판원에 심판청구할 수도 있고, 세무서장 또는 지방국세청장에게 이의신청을 한 뒤 그 결정에 다시 불복할 수도 있습니다.

다만 동일한 처분에 대해 국세청 심사청구와 조세심판원 심판청구를 동시에 제기할 수는 없습니다. 국세기본법 제55조 제9항의 중복 청구 금지에 해당하기 때문입니다. 이의신청 결정서에는 불복 대상 처분, 기각·인용·각하의 주문, 판단 이유를 구분해 확인해야 합니다.

가상 사례 : 고지일부터 계산하는 90일과 결정일부터 계산하는 90일은 다릅니다

아래는 실제 고객 사건이 아닌 2026년 가상 일정입니다. 세무서가 2025년 제2기 부가가치세 매입세액을 부인해 2026년 8월 26일 고지서가 송달됐고, 사업자는 9월 24일 적법하게 이의신청했습니다. 이의신청 기각 결정서는 10월 23일에 받았습니다.

결정서를 받은 2026년 10월 23일 자체를 첫날로 세는 것이 아닙니다. 국세기본법 제4조에 따라 민법의 기간 계산 규정이 적용되어 다음 날부터 계산하므로, 90일째는 2027년 1월 21일 목요일입니다. 기한 말일이 토요일·일요일 또는 공휴일 등인 경우에는 국세기본법 제5조의 기한 특례를 확인합니다.

통지 자체가 없을 때 : 무조건 90일을 기다리는 것은 아닙니다

이의신청 결정을 기간 내에 받지 못했다면 국세기본법 제61조 제2항 제1호와 제68조 제2항에 따라 법정 결정기간이 지난 날부터 90일 안에 심판청구할 수 있습니다. 이의신청의 결정기간은 통상 접수일부터 30일이고, 법정기간 내 처분청 의견서에 항변한 경우 60일입니다(국세기본법 제66조 제7항).

재조사 결정을 받은 사건은 처분청의 재조사 후 처분 및 통지 여부에 따라 별도의 기간 규정이 적용됩니다. 단순한 기각 결정과 재조사 결정은 같은 일정표로 관리하지 않습니다.

무엇을 입증해야 하나요 : 매입세액 분쟁을 예로 들어 봅니다

가상 법인이 사업용 상품을 부가가치세 포함 5,500만원에 매입해 공급가액 5,000만원과 매입세액 500만원을 신고했다고 가정합니다. 세무서는 물품 인도가 확인되지 않는다는 이유로 그 매입세액 500만원을 부인했고, 가상 고지서에 추가 부가가치세 본세 500만원과 그 쟁점에 관련된 가산세 80만원이 적혀 있다고 가정하겠습니다. 가산세 80만원은 법정 세율로 역산한 금액이 아니라 고지서의 기재액을 설명하기 위해 부여한 가상 금액입니다.

적격 세금계산서만으로 거래 실물이 자동 입증되는 것은 아닙니다. 계약서·발주서, 물품 운송장, 수불부·창고 입고기록, 실제 사용·재판매 내역, 대금 이체내역, 거래처 확인자료를 서로 맞춰 “누가, 언제, 어떤 물품을 실제 공급했고 사업에 사용했는지”를 보여줘야 합니다.

실제 재화의 공급과 사업 관련성이 입증되어 쟁점 매입세액 500만원과 이에 연결된 가산세 80만원이 모두 취소된다면, 이 가상 분쟁에서 취소액은 580만원입니다. 반대로 실제 매입을 입증하지 못해 처분이 전부 유지된다면 580만원은 그대로 남습니다. 일부 거래만 입증한 경우 본세와 가산세를 항목별로 다시 계산해야 하며, 가산세를 기계적으로 동일 비율로 줄여서는 안 됩니다.

접수 방법 : 결정서와 증거목록을 하나의 주장으로 연결합니다

심판청구서는 국세기본법 제69조와 시행령 제55조·제50조에 따라 청구인 정보, 처분통지 수령일, 처분내용, 불복 취지와 이유를 적고 증빙을 붙입니다. 국세기본법 시행규칙 별지 제35호서식의 ‘조세심판청구서’를 이용할 수 있습니다. 서식에는 이의신청일과 결정통지 수령일도 기재하도록 되어 있습니다.

실무에서는 고지서, 이의신청서 및 접수증, 이의신청 결정서와 실제 송달일 증빙, 거래 관련 계약서·운송·입고·대금자료, 주장별 증거목록과 대조표를 준비합니다. 조세심판원 홈페이지에서 사이버 심판접수를 하거나 처분한 세무서장 또는 조세심판원장에게 서면으로 제출할 수 있습니다. 서면 접수는 공식 서식 안내상 청구 이유서·증거자료·증거목록을 각 2부 첨부하는 기준을 확인하세요.

제출 후에는 접수번호·접수일을 저장하고, 처분청 답변서가 송부되면 사실관계와 법적 쟁점을 구분하여 추가 항변합니다. 새로 확보한 자료도 기존 증거번호와 연결해 제출하면 심리가 수월합니다.

납부와 행정소송 : 심판청구가 세금을 자동으로 멈추지는 않습니다

이의신청이나 심판청구를 접수했다고 납부기한·징수가 자동으로 멈추지는 않습니다(국세기본법 제57조). 집행정지의 긴급한 필요가 있다면 별도로 신청하고 결정 여부를 확인해야 합니다. 재난·사업상 중대한 손실 등 납부곤란 사유는 국세징수법 제13조에 따른 납부기한등 연장과 구분하여 판단합니다.

이 글의 부가가치세 고지금액에 지방세를 일률적으로 10% 더하지는 않습니다. 국세인 부가가치세 불복과 별도의 지방세 과세처분은 다른 절차와 법률을 따르기 때문입니다. 심판청구에 대한 결정 뒤 행정소송으로 다투는 경우에는 원칙적으로 결정통지를 받은 날부터 90일이라는 별도 기간을 관리합니다(국세기본법 제56조).

정리 : 기각 결정서의 실제 송달일부터 기한을 다시 적으세요

적법한 이의신청의 기각 결정통지를 2026년 10월 23일 받았다면, 이 가상 사례의 심판청구 마감일은 2027년 1월 21일입니다. 고지서의 90일과 결정서의 90일을 혼동하지 않고, 처분별 쟁점·증빙·접수기록을 남기는 것이 중요합니다.