수익사업의 개별비용과 공통손금을 나누어 과세소득을 계산하는 방법

예를 들어 이런 질문이 있습니다. “장학사업 통장과 책 판매 통장을 따로 만들었습니다. 같은 사무실의 임차료는 책 판매 통장에서 냈으니 전부 출판사업 비용으로 넣어도 되나요?” 비영리법인 전문 세무사를 찾으실 때에는 통장 개수보다 실제로 어느 사업을 위해 썼는지 설명할 수 있는지가 중요합니다.

돈을 낸 계좌와 비용이 속하는 사업은 다를 수 있습니다

법인세법 제113조 제1항의 구분경리는 수익사업에 속하는 자산·부채·손익과 그 밖의 사업에 속하는 것을 다른 회계로 기록하는 의무입니다. 출판 매출을 별도 통장으로 받는 것은 도움이 되지만, 그 통장에서 나간 돈이 모두 출판사업의 세무상 비용이 되지는 않습니다. 장학사업 전용 물품을 샀다면 출판 통장으로 결제했어도 장학사업에 귀속시켜야 합니다.

민법상 비영리법인이라는 설립 형태와 법인세상 수익사업 여부는 다른 질문입니다. 유상으로 도서를 계속 판매하는 출판사업은 해당 수익사업의 소득을 계산하고, 대가 없이 출연받은 재원으로 수행하는 장학사업은 그 사업 자체의 귀속을 따로 관리합니다. 또한 비영리법인이라고 자동으로 세법상 공익법인이나 기부금 대상 단체가 되는 것은 아닙니다. 아래 사례는 민법상 비영리 재단법인인 비영리내국법인을 전제로 합니다.

비용 구분은 두 단계입니다. 먼저 출판 원가처럼 특정 사업에 직접 속하는 비용을 떼어냅니다. 남은 비용이 실제 두 사업에 공통으로 쓰인 경우에만 공통손금 안분기준을 적용합니다. 급여도 직원이 한 일에 따라 구분할 수 있는 부분은 근로제공내용을 확인해 직접 나누고, 단지 한 사람이 두 사업을 맡았다는 이유로 급여 전액을 임의 비율로 처리하지 않습니다.

법적 기준 : 공통비용을 무조건 매출비율로 나누지는 않습니다

법인세법 시행규칙 제76조 제6항은 공통익금은 수입금액·매출액에 비례해 안분하고, 공통손금은 두 사업의 업종이 같으면 수입금액·매출액, 업종이 다르면 개별 손금액에 비례해 나누도록 정합니다. 제7항에 따라 공통익금은 과세표준이 되는 소득에 한하며 공통손금은 익금에 대응하는 비용에 한합니다. 기부금 통장 입금액까지 모두 매출처럼 합쳐 비율을 만드는 것은 이 구분을 건너뛴 계산입니다.

개별손금이 없거나 기본 안분방법을 적용할 수 없거나 불합리한 경우에는 같은 항 단서의 작업시간·사용시간·사용면적 등 비용항목에 맞는 기준을 따로 검토합니다. 사무실 면적표가 있다는 이유만으로 언제나 면적비율을 우선하는 것도 아닙니다. 기본 기준을 적용하지 못하는 이유와 대체 기준이 해당 비용에 맞는 근거를 남겨야 합니다.

실무사례 : 공통비용 2,000만원 중 출판사업 몫은 1,200만원입니다

가상의 나눔재단은 2026년 1월 1일부터 12월 31일까지 유상 출판사업과 무상 장학지원사업을 운영합니다. 두 사업은 업종이 다르고, 직접 귀속을 먼저 구분한 뒤 남은 공통 관리비용 2,000만원에는 개별비용 비율을 적용하는 것이 합리적이라고 가정합니다. 금액은 매입세액 등 회계처리를 마친 손익금액이며, 사업별 개별비용에는 업무내역에 따라 직접 배분된 인건비도 포함됩니다.

출판사업 과세소득 계산은 1억2,000만원 − 6,000만원 − 1,200만원 = 4,800만원입니다. 출연재원 8,000만원은 이 가정에서 출판 매출에 합산하지 않고, 장학사업 개별비용 4,000만원과 그 사업 몫 공통비용 800만원도 출판 비용으로 공제하지 않습니다. 출판 통장에서 공통비용을 모두 지급했더라도 그 귀속 결과는 같습니다.

공통비용 전액을 처음 출판비용으로 기록했다면 결산 때 그중 800만원을 기타사업으로 재분류합니다. 사업별 보조부에서 출판사업 비용 2,000만원이 1,200만원으로 줄고 장학사업 비용 800만원이 생기는 방식입니다. 한 법인 내부의 계좌 이동을 별도 매출로 만들지 말고, 자산·부채와 사업별 손익이 전체 장부와 맞는지 함께 대조합니다.

세금까지 계산하면 : 비용 800만원과 세금 800만원은 다릅니다

이 사례에서는 고유목적사업준비금을 설정하지 않으며 이월결손금·다른 세무조정·세액공제·감면·중간예납·원천징수세액이 없다고 가정합니다. 법인세법 제60조의2 제1항 제1호의 별도 세율 대상도 아니고, 지방세는 표준세율을 적용합니다. 2026년 개시 사업연도이므로 일반 법인의 2억원 이하 과세표준에는 국세 10%, 지방세 1%를 적용합니다.

기납부세액과 공제가 0원이어서 산출세액이 그대로 납부세액입니다. 전액 비용 처리 때보다 증가하는 88만원은 잘못된 비용 귀속을 바로잡은 결과이며, 기타사업으로 옮긴 비용 800만원 자체가 세금은 아닙니다. 준비금 설정을 선택하는 실제 법인은 그 요건·한도·사후 사용의무를 별도로 반영해 결산합니다. 위 비교는 준비금 미설정이라는 동일 전제에서 비용 귀속의 차이만 보여줍니다.

결론 : 직접 귀속을 먼저, 남은 공통비용은 그다음에 정리합니다

통장 분리는 출발점이고 구분경리의 완성은 사업별 자산·부채·손익이 근거자료와 연결되는 데 있습니다. 나눔재단은 공통비용 2,000만원 중 출판 1,200만원·장학 800만원으로 나누고 이 가정에서 국세·지방세 합계 528만원을 계산합니다. 계약서·도서판매 자료·목적사업 지출내역·직원 업무자료와 공통비용 증빙을 결산 전에 모아 주세요.

12월 말 결산인 이 사례의 일반 신고기한은 법인세 2027년 3월 31일, 법인지방소득세 2027년 4월 30일입니다. 잘못 안분해 이미 신고했다면 사업별 근거와 실제 과소·과대신고 여부에 따라 수정신고 또는 경정청구를 구분합니다. 이 글의 안분은 법인세 과세소득 계산 기준이므로 부가가치세 공통매입세액 안분에 같은 비율을 그대로 옮기지 않습니다.