상속지분과 추가 매수지분의 취득가액·보유기간은 따로 계산합니다

“아버지에게 형과 함께 토지를 상속받았습니다. 2020년에 형의 지분을 돈을 주고 사서 제 단독명의로 만들었고, 이번에 토지 전체를 매도했습니다. 지금 제 명의가 100%인데 취득일은 상속받은 날 하나로 계산하면 될까요?”

그렇게 계산하면 안 됩니다. 등기부에 최종적으로 소유자가 한 명만 남아 있다는 사실과, 그 소유자가 각 지분을 언제·어떻게 취득했는지는 별개입니다. 상속받은 50%는 상속개시일과 그 당시의 법정 평가액을, 형에게 산 50%는 실제 매수한 시기와 매매대금을 기준으로 계산합니다. 장기보유특별공제도 각 취득분의 보유기간을 달리 적용합니다.

1. 실무사례 : 공동상속 후 지분을 유상 매수했습니다

다음은 계산방법을 설명하기 위한 가상사례입니다. 부친은 2012년 4월 20일 사망했고, 상속인 A씨와 형 B씨가 일반 토지를 각각 1/2씩 상속받았습니다. 상속세 평가규정에 따른 상속개시 당시 토지 전체의 가액은 4억원이므로 A씨가 상속받은 지분의 취득가액은 2억원이라고 가정합니다.

2020년 7월 15일 A씨는 형 B씨의 1/2 지분을 3억원에 실제 매수하고 잔금을 지급하여 소유권이전등기를 마쳤습니다. 가족 간 거래이지만 정상적인 시가에 따른 유상매매이고, 대금 지급내역도 있습니다. 2026년 10월 16일 A씨는 토지 전체를 제3자에게 12억원에 양도했습니다.

두 지분은 동일한 토지에 붙어 있고 양도계약도 하나이지만, 취득원인이 상속과 매매로 다르다는 점이 핵심입니다. 토지는 등기를 마쳤고 비사업용 토지에 해당하지 않는 일반 과세대상 토지로 가정합니다. 자경농지 감면·수용감면 등 다른 감면, 부당행위계산 및 해당 연도의 다른 양도는 없으며, 기본공제 250만원을 전액 사용할 수 있다고 전제합니다.

2. 취득가액 : 상속 당시 평가액과 형에게 지급한 매매대금은 다릅니다

「소득세법」 제97조 제1항 제1호는 양도차익을 계산할 때 취득가액을 필요경비로 공제하도록 합니다. 상속으로 취득한 토지는 통상적인 매매처럼 매도인에게 지급한 취득대금이 없습니다. 대신 「소득세법 시행령」 제163조 제9항에 따라 상속개시일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정으로 평가한 금액을 양도세 계산상의 취득 당시 실지거래가액으로 봅니다. 세무서장이 상속재산 가액을 결정·경정한 경우에는 법이 정한 그 가액을 확인해야 합니다.

따라서 A씨의 상속지분 1/2은 부친이 오래전에 구입한 원래 취득가격이 아니라, 2012년 상속 당시 토지 전체 평가액 4억원 중 A씨의 1/2에 해당하는 2억원으로 계산합니다. 상속세 신고서가 없다는 이유만으로 상속지분의 취득가액을 0원으로 보거나, 2020년 형에게 지급한 지분매매대금 3억원을 토지 전체의 취득가액으로 사용할 수는 없습니다.

반면 2020년 추가 취득한 1/2은 상속이 아니라 유상매매입니다. 그 지분의 취득가액은 계약서와 이체증빙으로 입증되는 실지 매수대금 3억원입니다. 같은 부동산이라도 취득 경로가 다르면 각각의 원가 자료가 달라집니다. 가족 간 거래가격이 시가보다 현저히 낮은 실제 사례라면 양도세 부당행위계산·증여세 과세 문제를 별도로 살펴야 하지만, 이번 가상사례는 정상가격 거래로 한정합니다.

3. 취득일과 보유기간 : 상속지분은 2012년, 매수지분은 2020년부터 계산합니다

「소득세법」 제98조와 같은 법 시행령 제162조 제1항은 매매에 의한 취득시기를 원칙적으로 대금청산일로 정합니다. 다만 잔금 전에 소유권이전등기를 한 경우 등에는 등기접수일을 적용하는 예외가 있습니다. 상속에 의한 취득은 같은 시행령 제162조 제1항 제5호에 따라 상속이 개시된 날입니다.

이 규정을 A씨에게 적용하면 상속받은 지분은 2012년 4월 20일에 취득했고, 형에게 매수한 지분은 2020년 7월 15일에 취득했습니다. 양도일이 2026년 10월 16일이므로 상속지분의 보유기간은 14년 이상 15년 미만, 매수지분은 6년 이상 7년 미만입니다.

「소득세법」 제95조 제2항의 일반 토지 장기보유특별공제율은 3년 이상 보유한 경우부터 적용되고, 15년 이상이면 최대 30%입니다. 이번 사례에는 상속지분 28%, 매수지분 12%의 서로 다른 공제율이 적용됩니다.

구별할 규정 : 상속받은 자산의 단기보유 세율을 판단할 때 피상속인이 취득한 날을 참조하도록 한 「소득세법」 제104조 제2항 제1호와, 장기보유특별공제의 보유기간을 계산하는 제95조는 적용 목적이 다릅니다. 피상속인의 취득일을 장기보유특별공제에도 그대로 승계하여 계산하지 않습니다.

4. 양도차익 계산 : 양도가액 12억원을 지분별로 배분합니다

A씨는 전체 지분을 같은 매수인에게 12억원에 양도했습니다. 두 취득분의 지분율이 각각 1/2이고 별도로 구분되는 권리의 가치 차이가 없다고 가정했으므로 양도가액 12억원을 각 6억원으로 배분합니다. 실제로 지분별 권리제한이나 대가의 구분이 존재한다면 그 내용에 맞춰 양도가액을 확인해야 합니다.

상속지분과 매수지분의 취득가액, 취득 관련 필요경비를 각각 차감한 뒤 보유기간별 장기보유특별공제를 산정합니다. 공제율 28%와 12%를 단순 평균 내어 전체 차익에 곱하는 방식이 아니라, 각 취득분의 양도차익 × 해당 취득분의 공제율로 계산합니다.

상속지분 양도차익은 6억원−2억원−600만원=3억9,400만원이고, 여기에 28%를 적용한 장기보유특별공제액은 1억1,032만원입니다. 매수지분 양도차익은 6억원−3억원−1,600만원=2억8,400만원이며, 12%를 적용한 공제액은 3,408만원입니다.

따라서 두 지분의 장기보유특별공제액 합계는 1억4,440만원, 공제 후 양도소득금액 합계는 5억3,360만원입니다. 취득일을 잘못 하나로 묶으면 2020년 매수지분에도 14년 보유분의 공제율을 적용하게 되어 세액을 과소신고할 수 있습니다.

5. 국세·개인지방소득세 : 지분별 금액을 합산해 세율을 적용합니다

보유기간이 다르더라도 일반 사업용 토지 양도에 대한 양도소득금액은 같은 과세기간의 같은 과세구분 안에서 합산해 과세표준을 계산합니다. 2026년에 다른 양도가 없다고 가정했으므로 양도소득금액 5억3,360만원에서 「소득세법」 제103조의 기본공제 250만원을 한 번 차감합니다. 기본공제를 상속지분과 매수지분에 각각 250만원씩 적용하지 않습니다.

이 사례의 과세표준은 5억3,110만원입니다. 2026년 현재 일반 누진세율표에서 5억원 초과 10억원 이하 구간은 세율 42%, 누진공제 3,594만원입니다. 국세는 5억3,110만원 × 42%−3,594만원 = 1억8,712만2,000원입니다.

개인지방소득세는 「지방세법」의 해당 세율을 적용하면 1,871만2,200원이며, 국세와 합한 부담세액은 2억583만4,200원입니다. 계산 예시에는 세액감면·기납부세액·가산세를 반영하지 않았습니다.

참고 계산을 원하시면 호원 홈페이지 양도소득세 간편 계산기에서 일반 양도차익의 구조를 확인하실 수 있습니다. 다만 해당 간편 계산기는 부동산 1건의 취득일·취득금액 입력을 전제로 하므로, 이번처럼 취득일이 다른 두 지분의 공제율을 동시에 산정한 결과를 자동 보장하지 않습니다. 지분별 계산과 최종 합산은 별도 계산으로 확인하셔야 합니다.

6. 협의분할·공유물분할과 지분매매 : 등기 명칭보다 실제 거래를 구분합니다

형제의 지분을 가져왔다고 해서 모두 이번 사례와 동일하게 처리되는 것은 아닙니다. A씨가 실제로 형에게 3억원을 지급했고 매매를 원인으로 지분을 이전받았다면, 형이 소유하던 지분을 A씨가 추가 취득한 유상매매입니다. 형은 2020년 해당 지분의 매도인으로서 그 당시 양도소득세 문제를 별도로 판단할 수 있고, A씨에게는 2020년 취득분이 생깁니다.

반면 상속이 개시된 뒤 상속인들이 처음부터 협의분할하여 A씨가 토지 전체를 상속받기로 정한 경우라면, 각 1/2 지분을 확정한 뒤 다시 매매하는 경우와 취득 경위가 다릅니다. 공동상속인 간 공유물분할도 보유지분의 단순한 형태변경인지, 초과 취득분에 대가를 지급하는 별도 이전인지에 따라 세무처리가 달라질 수 있습니다.

따라서 등기원인(상속·협의분할·매매·증여·공유물분할), 최초 상속지분의 확정 여부, 실제 대금 지급과 지분 변동을 순서대로 확인해야 합니다. 지분매매가 아닌 자료라면 이 글의 2억원+3억원 취득가액 및 2012년+2020년 보유기간 예시를 그대로 적용하지 않습니다.

7. 신고 준비와 기한 : 상속평가자료와 추가 매매자료를 따로 확보하세요

상속지분에는 부친의 기본증명서와 상속개시일을 확인할 자료, 상속재산분할협의서, 상속등기 관련 서류, 상속세 신고서의 재산명세·평가자료, 해당 토지의 상속개시일 현재 평가액을 확인할 자료가 필요합니다. 상속세를 신고하지 않았더라도 상속개시 당시 법정 평가방법을 적용한 가액을 확인하여 취득가액을 산정합니다.

추가 매수지분에는 2020년 형과 작성한 매매계약서, 계좌이체 및 잔금 지급자료, 취득세·등기 관련 영수증, 지분이전 등기사항증명서가 필요합니다. 실제 지분매매인지 분할인지 구분할 때 지급증빙과 등기원인이 함께 중요합니다.

2026년 양도분은 전체 토지 매매계약서, 매매대금 수령내역, 중개보수 영수증, 취득 후 자본적 지출이 있다면 그 증빙을 준비합니다. 공통 비용은 관련 지분과 비용의 성격에 맞게 배분하고 중복 공제하지 않아야 합니다. 특히 이번 사례의 취득 필요경비 600만원과 1,600만원은 실제 지출을 증빙할 수 있다고 가정한 금액입니다.

「소득세법」 제105조에 따라 2026년 10월 16일에 양도한 토지의 양도소득세 예정신고·납부기한은 2026년 12월 31일입니다. 개인지방소득세의 법정 신고·납부기한은 국세 예정신고기한에 2개월을 더한 날로, 2027년 2월 말 휴일 및 3월 1일 공휴일을 반영하면 2027년 3월 2일입니다. 이 가상사례는 토지거래허가 선행 여부 등에 따른 별도의 기한 특례가 없는 경우입니다.

결론 : 한 사람 명의의 토지라도 취득 경로가 두 번이면 계산도 나누어야 합니다

형제와 1/2씩 토지를 상속받고 나머지 1/2을 몇 년 뒤 실제 매수했다면, 이후 100%를 한 번에 양도하더라도 두 취득분을 같은 취득일과 취득가액으로 계산하지 않습니다. 상속분은 상속개시일과 상속재산 평가액, 매수분은 유상매매의 취득일과 실제 거래대금에서 출발합니다.

이번 12억원 양도 가상사례에서는 상속지분 28%, 추가 매수지분 12%의 장기보유특별공제율을 각각 적용한 결과, 양도소득금액이 5억3,360만원, 국세와 개인지방소득세 합계가 2억583만4,200원으로 계산됩니다.

계산을 확정할 때는 최초 상속지분과 2020년 지분이전의 법적 성격을 먼저 정리한 후, 각각의 취득가액·비용·취득일을 증빙자료에 맞추어 산정하시면 됩니다. 이 순서를 지키는 것이 단독명의라는 외형만 보고 공제율을 잘못 적용하는 일을 막는 방법입니다.