사업인정고시 없는 공익사업 협의취득, 양도세 감면은 가능한가요?

2022년 공익사업용 토지를 협의로 양도한 사건에서 대법원은 사업인정고시가 이후에도 이루어지지 않았다는 이유만으로 구 조세특례제한법 제77조의 세액감면을 부인할 수 없다고 판단했습니다. 중요한 것은 거래가 실제로 토지보상법이 적용되는 공익사업의 시행자에 대한 양도에 해당하는지, 그리고 당시 법률이 정한 취득시기와 양도시기 요건을 충족하는지입니다. 판결 당시 2022년 양도에 적용된 일반 현금보상 감면율은 10%였으며, 2026년 현재 법률의 기본 감면율 15%와 구별해야 합니다.

공익사업 예정지에 있는 토지를 국가나 지방자치단체에 넘길 때 ‘협의매매로 먼저 넘기면 나중에 사업인정고시가 없다는 이유로 감면을 못 받는 것 아닌가요?’라는 질문을 하실 수 있습니다. 토지의 양도가 민법상 매매계약 형태로 이루어지더라도 공익사업의 수행을 위하여 토지보상법 절차에 따라 이루어진 협의취득이라면, 일반적인 사인 간 부동산 매매와는 그 법적 배경이 다릅니다.

1. 사건의 흐름 : 토지보상 협의계약, 자진 신고, 경정청구

판결문에 따르면 원고는 경기도 파주시의 밭과 임야 네 필지를 각각 1998년과 2005년에 취득했습니다. 밭은 1,023㎡와 28,872㎡, 임야는 1,658㎡와 4,287㎡로, 합계 35,840㎡입니다. 국방시설본부장은 2022년 3월 2일 국방·군사시설부지 매입사업에 관하여 토지보상법 제15조의 보상계획을 공고했습니다. 원고는 2022년 5월 3일 대한민국과 보상금 합계 4,397,903,330원의 손실보상협의계약을 체결하고 그다음 날 대한민국 앞으로 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤습니다.

원고는 2022년 7월 비사업용 토지 추가세율 10%를 반영하면서 동시에 공익사업용 토지 감면을 적용해 양도소득세 1,387,660,650원을 신고·납부했습니다. 이어 10월 4일 해당 토지는 사업용 토지라는 이유로 비사업용 토지 추가세율 부분에 대해 경정청구했습니다. 그런데 세무서는 토지가 사업용이라는 점은 인정하면서도, 별도의 사업인정고시가 없으므로 애초에 적용했던 공익사업 감면도 인정할 수 없다고 보았습니다. 이에 따라 경정청구에 대하여 182,374,668원만 환급했습니다. 원고는 반환되지 않은 나머지 부분을 다투었습니다.

이 사실관계에서 논점은 두 개였습니다. 비사업용 토지인지에 따른 추가세율 문제와, 사업인정고시가 없을 때 공익사업 감면의 성립 문제입니다. 앞의 쟁점은 세무서도 사업용 토지라는 결론을 인정했습니다. 대법원이 이 사건에서 직접 심리한 핵심 법률쟁점은 두 번째, 즉 사업인정고시가 실제로 존재해야 제77조 제1항 제1호의 감면을 적용할 수 있는지였습니다. 실제 환급세액을 계산할 때에는 이 두 쟁점을 혼합하지 않아야 합니다.

2. 쟁점 : ‘사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일’이라는 문구의 의미

구 조세특례제한법 제77조 제1항은 당시 해당 토지의 취득시기 판단 기준을 사업인정고시일로 정하면서, 사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일을 기준으로 소급하여 2년 전에 취득한 토지 등을 감면대상으로 했습니다. 법문만 떼어 보면 ‘고시일 전에 양도’라는 예외를 이용하려면 장래에 고시가 예정되거나 실제 발생해야 한다는 해석이 가능해 보일 수도 있습니다. 세무서는 바로 그 지점에서 후속 사업인정고시의 부재를 들어 감면을 부정한 것입니다.

그러나 법률에는 공익사업 시행자에게 필요한 토지를 ‘양도’한 경우와, 법률에 따라 강제로 ‘수용’된 경우가 구분되어 있습니다. 협의취득 단계에서 토지가 확보되면 별도의 수용재결이나 사업인정고시까지 진행되지 않을 수도 있습니다. 그렇다면 그 토지의 법률상 취득 요건을 판단하기 위해 실현되지 않은 고시를 요구하는 것이 조문 체계와 제도의 취지에 맞는지가 핵심입니다.

3. 대법원의 판단 : 협의취득은 수용과 연결된 공익사업 절차입니다

대법원은 세 가지 근거를 들어 후속 사업인정고시가 없어도 감면이 가능하다고 해석했습니다. 첫째, 토지보상법상 협의취득과 수용은 모두 공익사업에 필요한 토지를 확보하기 위한 절차입니다. 협의취득은 매매계약이라는 사법적 형태를 취하지만, 협의가 성립하지 않으면 수용절차로 이어질 수 있다는 제도적 배경이 있습니다. 토지소유자의 재산권 보호와 공익사업의 원활한 시행이라는 목표를 공유하는 두 절차를 감면 여부에서 전혀 별개로 취급해서는 안 된다는 것입니다.

둘째, 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호가 ‘수용’이 아닌 ‘양도’라는 표현을 사용한 이유도 확인했습니다. 제3호는 수용으로 발생하는 소득을 별도로 정하고 있는데, 제1호에 다시 사업인정고시를 필수로 요구하면 협의 양도라는 독립된 범주가 위축됩니다. 사업인정고시일 이전의 양도일을 기준으로 2년의 취득기간을 계산하라는 괄호 속 문구는 감면대상 토지의 기간을 정하는 역할을 하는 것이지, 언젠가는 반드시 고시가 이루어져야 한다는 새로운 요건이 아닙니다.

셋째, 그와 반대로 해석하면 공익사업에 협조하여 일찍 협의취득에 응한 사람은 감면을 받지 못하고, 협의에 불응하여 고시와 수용까지 진행된 사람만 감면받는 불합리한 결과가 생길 수 있습니다. 이러한 해석은 협의취득을 원활하게 하려는 입법 목적에 역행할 수 있다고 보았습니다. 대법원은 이러한 이유로 세무서의 상고를 기각했고, 감면을 부인한 처분은 위법하다는 원심의 결론을 유지했습니다.

4. 모든 공공기관 매각에 적용되는 것은 아닙니다

이 판결이 ‘국가에 팔았으면 감면된다’는 일반 명제를 인정한 것은 아닙니다. 토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지를 해당 사업의 시행자에게 넘겼다는 관계가 입증되어야 합니다. 국가·공기업과 체결한 일반 부동산 매매가 토지보상법에 따른 협의취득과 동일한 것은 아닙니다. 또한 계약 당시 보상계획 공고, 토지 편입 내역, 실제 사업시행자의 법적 지위가 일치해야 합니다.

이 사건에서는 2022년 3월 2일 보상계획 공고, 5월 3일 토지보상법 제17조에 따른 손실보상협의계약, 5월 4일 협의취득 등기가 이어진 점이 중요했습니다. 1998년 및 2005년의 취득등기일은 2022년 양도일보다 충분히 앞서 있으므로 2년 요건에도 특별한 문제가 없었습니다. 반대로 양도일보다 2년 이내 취득한 토지라면 사업인정고시가 없다는 쟁점과 무관하게 별도 취득기간 요건에서 감면이 제한될 수 있습니다.

5. 당시 법과 현재 법을 구분해야 합니다

2022년 거래의 판단 기준은 구 조세특례제한법 제77조였습니다. 판결문에 인용된 당시 문구에 따른 2023년 12월 31일까지의 양도기간과 기본 세액감면율 10%는 그 당시 사건의 수치입니다. 현재 법령의 내용으로 소급하여 계산할 수 없습니다. 2026년 10월 현재 확인되는 같은 조문은 2026년 12월 31일까지의 양도에 대해 기본 15% 감면을 규정하며, 법정 요건을 갖춘 채권보상에는 다른 감면율이 별도로 정해져 있습니다. 감면금액과 대상은 그 토지의 실제 양도일에 적용되는 법령·부칙으로 판정해야 합니다.

간단한 가상사례를 들어보겠습니다. 다른 공제·감면·종합한도를 모두 고려하기 전, 감면 계산의 기준이 되는 양도소득세액이 3억원이라고 가정합니다. 2022년 구법에 따라 10% 감면대상이라면 3억원 × 10% = 3,000만원입니다. 별개의 2026년 양도에 현행 기본 15% 감면요건이 충족된다면 3억원 × 15% = 4,500만원입니다. 이 두 수치는 시기별 제도 비교만을 위한 예시이고, 사건 당사자의 최종 환급세액이나 현재 납부세액이 아닙니다. 실제 계산에서는 다른 감면, 종합한도, 농어촌특별세와 지방소득세 등을 해당 법령에 따라 별도로 판정해야 합니다.

이 사건에서 신고한 1,387,660,650원, 경정청구 후 일부 환급한 182,374,668원은 판결문에 나온 실제 금액입니다. 그러나 감면으로 인해 최종 환급될 확정 금액이나 미환급 부분의 세목별 상세 내역은 판결문에 제시되지 않았으므로 그 차액을 곧바로 확정 환급세액이라고 설명해서는 안 됩니다.

6. 공익사업 보상 실무 : 계약 이전부터 갖춰 둘 자료

토지소유자 입장에서는 보상계획 공고문과 사업시행자 명칭, 편입토지조서, 손실보상협의계약서, 대금청산 및 협의취득 등기자료를 함께 보관하는 것이 좋습니다. 제77조 제1항 제1호는 보상금 지급이라는 결과만으로 적용되는 조문이 아니라 ‘어느 공익사업의 어떤 토지를 누구에게 어떤 법적 절차로 양도했는지’가 연결되어야 하기 때문입니다. 사업인정고시가 없다면 존재하지 않는 고시를 억지로 찾아 제출하기보다, 협의취득 자체가 토지보상법 절차로 이루어졌음을 보여 주는 원본자료가 중요합니다.

취득일에 관한 자료도 같은 비중으로 확인합니다. 등기부등본·취득계약서·상속·증여 자료와 취득세 신고내역을 대조하고, 일반적인 비사업용 토지 여부와 공익사업 감면의 취득기간 요건을 따로 판단해야 합니다. 양도소득세 신고서에는 감면 적용 근거와 세액산식, 관련 증빙을 남기고, 이미 감면을 배제하여 신고했다면 적법한 경정청구 가능 기간과 처분을 받은 경우 불복 기간을 검토할 수 있습니다.

결론 : 핵심은 고시의 존재가 아니라 협의취득의 법적 성격과 기간 요건입니다

대법원 2026두30681 판결의 의의는 공익사업에 협조해 협의취득에 응한 소유자가 뒤에 사업인정고시가 없었다는 이유만으로 감면 혜택을 잃지 않도록 법률 문구를 목적과 체계에 맞춰 해석했다는 데 있습니다. 공익사업의 시행자에 대한 실제 협의취득임이 확인되고 당시 법률이 정한 취득시기·양도기한 등 요건을 충족한다면 감면 가능성을 검토해야 합니다. 과거 신고 내용이 다르다면 계약서와 보상공고 및 신고서 등을 대조하여 경정청구 또는 불복 절차를 살펴보시기 바랍니다.