하자보수보증금 유보와 공사대금 세금계산서 발급

현장에서 공사를 마치고 준공정산서를 받았는데, 원청에서 하자보수보증금 명목으로 공사대금의 5%를 나중에 주겠다고 하는 경우가 있습니다.

“준공은 끝났지만 공사대금의 5%는 6개월 후에 받습니다. 지금 입금받은 95%만 세금계산서를 발급하면 될까요?”

공사금액이 확정되고 공사용역의 공급시기가 도래했다면 100% 금액으로 발급합니다. 이때 하자보수보증금 유보는 공사금액을 할인한 것이 아니라 대금 중 일부의 수금을 미룬 거래이기 때문입니다.

건설업 전문 세무사를 찾는 대표님이라면 공사 기성금 지급조건과 준공 후 잔금 유보를 구분해서 확인하시는 것이 중요합니다.

1. 용어부터 구분 : 유보금은 공사대금의 감액이 아닙니다

이번 글에서 말하는 하자보수보증금 유보는 원청이 하도급업체에 지급할 확정된 공사대금의 일부를 하자보수 의무 이행을 담보하기 위해 일시 보류하는 경우입니다. 공사가 완료된 후 유보 기간이 지나면 그 금액을 지급하기로 한 계약입니다.

반면 실제 계약상 공사가액을 할인·감액하기로 합의했다면 공급가액 자체가 달라질 수 있습니다. 원청이 공사비에서 돈을 공제했다는 표현은 같아도, 보류된 채권인지 확정적인 가격 인하인지가 다릅니다.

현금으로 별도의 하자보증예치금을 납부하거나 보증기관의 보증서를 발급받는 방식도 있습니다. 이런 경우를 이번 사례의 “공사대금 일부 유보”와 혼동하지 않아야 합니다.

2. 가상사례 : 공사대금 1억 1,000만원 중 550만원을 유보했습니다

다음은 설명을 위한 가상사례입니다. B건설은 A원청에 국내 상업용 건물 내부공사를 공급하는 일반과세 법인으로, 이번 계약에는 국민주택 건설용역 면세나 영세율이 적용되지 않는다고 가정합니다.

2026년 10월 14일 공사를 모두 마쳤고 같은 날 준공확인 및 최종 정산으로 공급가액 1억원, 부가가치세 1,000만원의 공사대금이 확정됐습니다. 공사 중 기성금 청구·선발급 세금계산서는 없고 한 건의 준공정산만 존재합니다.

A원청은 부가가치세 포함 총 공사대금 1억 1,000만원의 5%인 550만원을 하자보수보증을 위해 6개월간 유보하고, 2026년 10월 14일 1억 450만원을 지급합니다. 유보금 550만원은 2027년 4월 14일 지급하기로 했습니다.

정산 계산은 110,000,000원 − 5,500,000원 = 104,500,000원입니다. 즉시 수금액은 공급대가의 95%이지만, 세금계산서에 적을 공급가액의 95%만을 새 매출로 보는 것은 아닙니다.

3. 법령 : 세금계산서는 입금일이 아니라 공급시기를 기준으로 발급합니다

「부가가치세법」 제16조 제1항은 일반적인 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 때로 정합니다. 제29조 제1항 및 제3항은 공급한 용역의 대가를 부가가치세 과세표준에 반영하도록 규정하며, 제30조의 일반세율은 10%입니다.

세금계산서는 같은 법 제32조와 제34조에 따라 실제 공급가액 및 세액을 적어 공급시기에 발급합니다. 따라서 이번 사례처럼 2026년 10월 14일 공사 완료와 함께 전체 대금이 확정되었다면 공급가액 1억원과 부가가치세 1,000만원으로 발급합니다.

건설공사가 완성도기준지급조건부 또는 중간지급조건부인 경우에는 시행령 제29조 제1항에 따라 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 원칙적인 공급시기입니다. 다만 같은 항 단서는 그 지급일이 역무 완료 이후인 부분에 대해서는 완료일을 공급시기로 봅니다. 이번과 같은 준공 후 유보금에 대하여 “돈 받는 날까지 기다린다”는 판단을 경계해야 하는 이유입니다.

이 규정은 공급시기의 문제이고, 계약변경으로 확정된 공급대가 자체가 낮아진 경우와는 별개입니다. 두 사실은 계약서·정산서·합의서로 구분합니다.

4. 세금계산서 : 유보금에 대해서 6개월 후 다시 발급하지 않습니다

B건설의 2026년 10월 14일 세금계산서 기재금액은 공급가액 100,000,000원, 부가가치세 10,000,000원, 합계 110,000,000원입니다.

2027년 4월 14일 유보금 5,500,000원을 지급받는 것은 이미 공급하고 세금계산서를 발급한 공사용역의 외상대금 회수입니다. 같은 공사의 동일한 공급분에 대한 세금계산서를 5,500,000원만큼 다시 발급하지 않습니다.

공급시기보다 먼저 대금을 받거나 선발급한 세금계산서가 있다면 「부가가치세법」 제17조의 공급시기 특례 등도 살펴야 합니다. 실제 거래마다 세금계산서를 이미 발급한 기성분이 있는지 확인하고 중복 발급을 피합니다.

5. 회계처리 : 유보된 550만원은 외상매출금으로 관리합니다

이번 사례는 공사용역 완료 시 매출과 미수채권이 확정되며 다른 원가·선급금은 없다고 가정한 회계처리 예시입니다.

즉시 수금 후 외상매출금 잔액은 5,500,000원입니다. 하자보수보증이라는 명목만으로 확정된 공사수익에서 같은 금액을 차감하는 분개를 하지 않습니다.

하자보수 의무에 대한 충당부채 인식 여부는 적용 회계기준, 하자발생 예상과 추정 가능성에 따라 별도로 판단합니다. 유보금 자체가 그 충당부채와 항상 같은 금액인 것은 아닙니다.

6. 부가가치세 신고와 자금관리 : 입금하지 않은 550만원도 매출에 반영됩니다

이번 사례의 공사용역 공급은 2026년 제2기 부가가치세 과세기간에 해당합니다. 특별한 매입세액이나 조정사항을 가정하지 않을 때 이 거래의 매출세액은 공급가액 1억원 × 10% = 1,000만원입니다.

예컨대 B건설에 다른 매입세액과 기납부세액이 전혀 없다면 이 공사분만의 계산상 납부세액은 1,000만원입니다. 원청에서 유보한 550만원 때문에 그 세액이 950만원으로 줄지 않습니다.

법인사업자의 2026년 제2기 일반 확정신고·납부기한은 2027년 1월 25일입니다. 유보금 지급예정일인 2027년 4월 14일보다 먼저 부가가치세 신고·납부가 도래하므로, 수금표에 매출세액에 대한 자금준비 시점을 따로 표시해 두는 것이 실무적으로 유용합니다.

7. 다른 경우 : 공사금액을 실제로 감액했다면 결론이 달라집니다

준공 후 A원청과 B건설이 공사 자체의 품질·범위 변경 등을 이유로 공급가액 1억원을 9,500만원으로 확정 변경했다고 가정하면, 보류된 채권의 지급시기를 미루는 것과 거래 실질이 다릅니다. 감액 합의의 성격과 시점에 따라 세금계산서 발급금액 또는 수정세금계산서 발급사유를 구체적으로 판단합니다.

반면 총 공사대금 1억 1,000만원의 지급채무는 그대로 두고 550만원의 지급일만 늦춘 상황이라면 위의 준공정산 사례와 동일하게 처리합니다.

하자 때문에 상대방이 별도로 손해배상액을 청구하고 공사대금채권과 상계한 경우에는 손해배상인지 원래 공사대금의 감액인지 구분해야 합니다. 단순히 통장에 적게 들어왔다는 이유로 감액 수정세금계산서를 발급하지 않습니다.

8. 대표님이 확인할 자료와 최종 정리

계약서의 도급금액·부가가치세 포함 여부·기성금 지급조건을 먼저 확인하고, 준공확인서와 최종 정산서를 대조합니다. 하자보수보증금 관련 조항에는 유보비율, 유보금 계산기준, 반환시기, 실제 공사금액의 감액 여부가 드러나야 합니다.

기존 기성세금계산서 발급내역, 원청의 송금명세, 외상매출금 잔액관리표를 함께 정리하면 동일 공사의 세금계산서를 두 번 발급하거나 5%를 빠뜨리는 문제를 줄일 수 있습니다.

결론적으로 이번 가상사례에서는 공사대금 5%를 6개월간 유보하더라도 공급가액 1억원과 부가가치세 1,000만원을 준공 시점에 발급합니다. 유보된 550만원은 외상매출금으로 관리하고 추후 회수합니다. 실제 공사대금 감액 합의가 있다면 그 변경내용에 맞춰 별도로 판단합니다.