외국 본사가 수입부가세를 부담해도 국내법인이 매입세액공제를 받을 수 있나요?

외국 본사가 수입부가세를 부담해도 국내법인이 매입세액공제를 받을 수 있나요? 계약서의 부담 약정과 실제 세법상 요건을 구분해 살펴보겠습니다.

국세청 · 사전-2026-법규부가-0792 · 2026-06-24 (생산일) 제목 국내로 재화를 수출하는 외국법인이 수입부가가치세를 부담한 경우 과세사업을 위해 자기의 명의과 책임으로 수입하는 내국법인이 매입세액공제가 가능한지 요지 국내 의류 도소매법인이 국외 특수관계법인으로부터 DAP 조건으로 재화를 수입하면서 수입신고·통관은 자신 명의와 책임으로 수행했습니다. 수입부가세는 국내법인이 먼저 납부한 후 외국법인에게 청구하기로 했습니다. 국세청은 부가가치세법 제38조 제1항 제2호의 수입 매입세액공제를 인정했습니다.

1. 실제 거래 : 돈을 내는 회사와 수입하는 회사가 다릅니다

국외관계사가 국내에 물품을 보낼 때 거래조건에 따라 운송비나 수입 관련 세금을 부담할 수 있습니다. 그렇다고 그 외국회사가 국내 부가가치세법상 수입자까지 되는 것은 아닙니다. 계약의 대금 정산과 세관에 신고하는 수입주체를 구분해야 합니다.

국세청 사전답변의 국내 신청법인은 의류 등 도소매업을 하며, 국외 특수관계법인으로부터 DAP 조건으로 물품을 들여왔습니다. 수입신고필증에는 국내법인이 수입자이자 수입부가세 납세의무자로 기재됐고, 통관도 국내법인의 명의와 책임으로 이루어졌습니다. 다만 먼저 납부한 수입부가세는 계약에 따라 해외관계사에 청구했습니다.

2. 왜 공제되는가 : 계약상 비용부담과 세법상 수입 매입세액은 다릅니다

부가가치세법 제38조 제1항 제2호는 사업자가 자기 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 수입한 재화의 부가가치세를 매출세액에서 공제하도록 합니다. 같은 조 제3항에 따라 수입 시기가 속한 과세기간의 매출세액에서 공제하는 구조입니다.

따라서 본 사안에서 핵심은 외국회사가 최종 비용을 부담하느냐가 아니라 국내법인이 자기 과세사업을 위해 직접 수입했는지, 세관이 발급한 수입세금계산서의 수취인이 누구인지입니다. 국세청 회신은 이 구체적인 거래 전제에서 공제를 인정한 것이며, 계약 상대방이 누군지만으로 모든 수입 거래의 공제를 인정한 것은 아닙니다.

예를 들어 외국회사가 자기 명의로 통관한 후 국내법인에 판매하는 구조라면 국내법인의 수입 매입세액공제 문제가 아니라 국내에서 재화 공급이 있었는지와 그에 따른 일반 세금계산서 수취 문제를 별도로 판단하게 됩니다. 면세사업에 사용할 수입재화나 사업무관 재화도 같은 결론이 아닙니다.

3. 숫자로 확인 : 수입단계 공제와 국내 매출세액을 구분합니다

다음은 실제 사건 금액이 아닌 가상사례입니다. 수입 부가가치세 과세표준이 1억원이고 세관이 징수한 수입부가세가 1,000만원이며, 국내 과세매출 공급가액은 1억4,000만원이라고 가정하겠습니다. 국내 매출세액은 1,400만원(1억4,000만원 × 10%)이고 공제할 수입 매입세액은 1,000만원이므로, 다른 매입·공제·가산세가 없으면 해당 계산상 납부세액은 400만원입니다.

수입 단계에서는 재고자산(관련 원가)에 해당하는 금액과 수입부가세 매입세액을 구분하여 기록합니다. 해외관계사에 청구한 1,000만원의 정산금은 원거래 계약, 송금내역과 정산 약정에 맞춰 채권·채무 및 비용 환급의 성격을 검토해야 합니다. 그 정산금을 받았다는 사실만으로 같은 금액의 세액공제를 기계적으로 취소하거나 추가 이익으로 확정해서는 안 됩니다.

4. 신고 전에 남겨야 하는 자료와 결론

수입신고필증, 수입세금계산서, 해외계열사 구매계약서와 DAP 조건, 수입부가세 납부영수증, 외국법인과의 정산 명세서, 국내 입고·판매 장부를 함께 대조하시기 바랍니다. 사업자등록 명의와 통관 명의가 다른 거래는 특히 공급구조부터 다시 확인해야 합니다.

정리하면 이번 회신의 결론은 국내법인이 자기 책임으로 수입하여 국내 과세사업에 사용하는 재화의 수입부가세는 비용을 누가 최종 부담하는지와 별개로 공제대상이 될 수 있다는 것입니다. 다만 수입자의 실질, 수입세금계산서, 면세·비사업용 해당 여부를 확인한 후 신고해야 합니다.