사무실 건물을 제외해도 온라인 사업 전체가 이어진다면 사업양도일까요?

“온라인 쇼핑몰을 법인에 넘기면서 사무실 건물은 남겨도 될까요?”

온라인 판매의 고객·주문·배송·결제·상표·인력이 법인에 포괄적으로 넘어가 영업이 계속됐다면, 사무실 건물 소유권을 남겨둔 사실만으로 사업양도가 부정되지 않습니다. 사업장별 사업조직의 동일성이 유지되면 재화의 공급으로 보지 않는 거래이며, 단순 개별 자산 판매와 부가가치세 처리가 달라집니다. 아래에서 실제 거래가 어떻게 이루어졌는지부터 관련 법률의 정의와 적용 이유, 반대 거래의 계산까지 차례대로 설명드리겠습니다.

1. 실제 거래 : 부부가 온라인 판매사업은 법인에 넘기고 사무실은 보유했습니다

이 사건의 양도자는 건강기능식품을 전자상거래 방식으로 팔던 부부 공동사업자입니다. 2021년부터 부부가 출자·손익을 70 대 30으로 나누어 개인사업을 운영했고, 2024년 6월 자신들이 참여한 법인을 설립했습니다. 개인사업을 넘긴 기준일은 2024년 7월 9일입니다. 새 법인은 같은 전자상거래업을 계속했습니다.

넘긴 것은 판매용 재고나 비품 몇 개에 그치지 않았습니다. 쇼핑몰 홈페이지, 회원·고객정보, 주문·배송 시스템, PG사 결제계약, 택배사·건강기능식품 제조사와의 거래관계, 상표권과 관련 영업 신고·등록, 종업원 7명 등 온라인 판매를 지속하는 데 필요한 요소가 함께 이전됐습니다. 종전 부부 사업자도 새 법인의 대표이사로 참여했습니다.

반면 같은 건물의 사무실 한 호실은 법인에 매도하지 않았습니다. 부부가 각 50% 지분으로 소유한 부동산으로, 개인 공동사업의 70 대 30 출자비율과 달랐습니다. 부부는 해당 건물에 별도의 부동산임대업 등록을 하고 법인에 보증금 1,000만원, 월세 100만원 조건으로 임대했습니다. 건물 소유권은 남겨 두었지만 법인은 계속 그 공간을 이용할 수 있었습니다.

세무당국은 사무실 건물을 빠뜨렸다는 이유로 사업양도 특례를 부인하고 2024년 제2기 부가가치세 약 28억2,000만원의 과세예고통지를 했습니다. 이는 확정 납부세액이 아니라 과세하기에 앞서 통지한 금액입니다. 국세청 과세전적부심사 결과는 청구 채택이었습니다.

2. 법률의 출발점 : 개별 자산 판매와 사업 자체의 양도는 왜 다를까요?

일반적으로 사업자가 상품·재고·기계·영업권을 대가를 받고 이전하면 부가가치세법상 재화 또는 재산적 가치가 있는 권리의 공급인지 판단합니다. 이와 달리 부가가치세법 제10조 제9항 제2호는 법정 요건을 갖춘 사업양도를 재화의 공급으로 보지 않는다고 정합니다. 국내의 과세 재화를 0% 세율로 파는 영세율이나 면세업종에 대한 면세와는 출발점부터 다릅니다.

여기에서 말하는 사업양도는 계약서에 ‘포괄양수도’라고 쓴 거래를 모두 의미하지 않습니다. 부가가치세법 시행령 제23조는 사업장별로 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 기본요건으로 정합니다. 미수금·미지급금과 관련 없는 일정한 토지·건물 등은 제외할 수 있다는 법정 예외도 있습니다. 더 중요한 실질적 질문은 양수인이 기존 사업의 영업조직을 이어받아 같은 사업을 계속할 수 있는가입니다.

재고·비품을 한꺼번에 샀어도 쇼핑몰 판매채널, 주문 관리, 핵심 매입처, 고객관계가 전혀 넘어오지 않아 양수인이 새로 영업을 구축해야 한다면 개별 자산의 양도에 더 가까워집니다. 반대로 한 건물의 소유권이 넘어오지 않았더라도 임대차로 사용이 계속되고 사업의 인적·물적 영업조직이 유지된다면 사업의 동일성이 보존될 수 있습니다.

3. 이 사건에서 인정된 이유 : 부동산이 빠져도 전자상거래의 영업능력은 남아 있었습니다

국세청의 판단은 세 가지 사실을 연결했습니다.

첫째, 건물을 50 대 50으로 소유한 사실과 판매업 공동사업의 70 대 30 출자약정은 같지 않았습니다. 사업자가 과거 그 부동산을 재무상태표에 적고 건물 관련 매입세액을 공제받은 이력이 있더라도, 그것만으로 건물 전체가 공동사업에 출자된 핵심 자산이라고 결론내릴 수 없었습니다. 실제로 건물 매입세액에 대해 뒤에 수정신고한 경위도 기록에 나타납니다.

둘째, 그 건물은 제품을 생산하는 공장이나 독점적인 영업권이 아니라 온라인 판매를 뒷받침하는 사무 공간이었습니다. 법인은 같은 공간을 임차했고, 쇼핑몰 운영에 필요한 핵심 시스템과 거래망은 넘겨받았습니다. 즉 소유권의 이전이 없더라도 계속 영업할 공간과 수단이 확보되었습니다.

셋째, 판매사업을 움직이던 직원·상표·주문·결제·물류 관계가 모두 새 법인에 이어졌고 경영진도 계속 참여했습니다. 따라서 이전 전후에 사실상 같은 전자상거래 사업이 계속되고 경영의 법적 주체만 바뀐 거래라고 보았습니다. 이 사실 때문에 사무실 한 곳을 제외했다는 형식이 사업양도 요건을 무너뜨리지 않았습니다.

여기까지는 공개 수록된 과세전적부심사 결정에 나타난 판단입니다. 실무적으로 덧붙이면 계약서보다 승계목록과 사업의 연속성을 보여 주는 증거가 더 중요합니다. 영업상 필요한 거래처 계약이 실제로 양수법인 명의로 변경되었는지, 홈페이지 판매가 중단되지 않았는지, 직원의 업무가 이어졌는지를 확인하셔야 합니다. 이는 결정의 취지에 기초한 실무 설명입니다.

4. 다른 거래라면 : 공장·영업권을 제외해도 같은 결론일까요?

온라인 사업이라도 판매계정과 회원정보·결제권한이 이전되지 않으면 같은 결론을 얻기 어렵습니다. 법인이 기존 쇼핑몰을 이어받지 못하고 재고·집기만 산다면, 개별 재화 공급에 대한 세금계산서 발급과 매출세액 계산으로 이어질 수 있습니다.

제조업에서는 생산을 가능하게 하는 유일한 공장과 핵심 설비가 빠진 경우가 다릅니다. 공간과 설비가 없는 상태에서 생산할 수 없고 후속 사업자가 이전 영업을 사실상 계속할 수 없다면 핵심 구성요소가 승계되지 않은 것입니다. 반대로 사업에 직접 관련 없는 별도 투자용 부동산을 빼는 거래는 제외 자산의 성격을 확인하면 사업의 동일성을 설명하기가 수월합니다.

또 건물 소유권을 남기는 거래와 임대용역의 공급은 별개입니다. 이 사건의 보증금 1,000만원과 월세 100만원은 법인이 사용하는 사무실에 대한 임대차 관계이므로, 사업양도에서 해당 재화의 공급을 보지 않는다는 결론이 별도 임대료의 부가가치세까지 없애 주지는 않습니다.

5. 가상사례 : 과세대상 제외와 일반과세를 같은 금액으로 비교합니다

실제 사건의 수십억원 규모와 구분하기 위해 2026년 10월 15일 일반과세 개인사업자가 법인에 온라인 판매사업을 넘기는 가상사례를 보겠습니다. 양수법인이 실제 영업을 계속하고, 대가는 부가가치세 별도로 영업권 5억원 + 과세 재고 1억원 = 6억원이라고 가정합니다. 구입재고 원가나 영업권의 소득세는 아래 공급 매출세액 계산에 넣지 않습니다.

두 번째 0원은 매출세액에서 세액공제 6,000만원을 차감했다는 뜻이 아닙니다. 애초에 재화의 공급으로 취급하지 않기 때문입니다. 영업권 거래에 대한 소득세 또는 사업양도 전후 자산·부채의 세무처리는 양도자·양수자별로 별도로 검토해야 합니다.

6. 신고·증빙 : 이전된 자산과 남긴 자산의 관계를 설명할 자료를 준비합니다

사업양도계약서에 사업장·기준일·대가, 자산·부채와 권리·의무의 범위, 승계에서 제외하는 자산을 적으세요. 기준일의 재무상태표·재고명세, 사이트 도메인·회원DB·판매자계정, PG·물류·제조사 계약, 종업원 승계·상표·인허가 자료를 대조하면 실제 계속된 사업을 설명할 수 있습니다. 건물은 소유지분·취득재원·출자약정·임대차와 사용실태를 함께 보관합니다.

사업을 넘긴 개인사업자의 폐업 부가가치세 신고에서는 사업양도분의 공급 여부를 구분하고, 폐업일까지 별도로 발생한 과세 매출과 임대사업의 매출은 각각 해당 사업자·과세기간에 맞게 신고합니다. 사업양도 특례를 적용했다고 해서 재고·차량·인허가 등 다른 세목의 소득귀속까지 없어지는 것은 아닙니다.

결론 : 건물을 안 팔았다는 이유만으로 부가가치세를 계산하지 않습니다

이 사건은 온라인 판매에 필요한 영업조직을 그대로 넘겨 법인이 계속 영업했고, 사무실 사용권도 임대차로 유지된 거래였습니다. 그래서 건물 소유권이 부부에게 남아 있다는 사실만으로 적격 사업양도를 부정하지 않았습니다. 법인전환을 계획하신다면 먼저 실제 넘길 영업자산·거래계약·인력과 남길 부동산의 소유·이용관계를 분리해 사업양도 기준일 자료로 확정하시기 바랍니다.