상속받은 토지의 수용보상 : 상속 당시 시가와 양도세 취득가액 입증

“부모님이 남겨주신 토지가 공공주택사업에 포함되어 보상을 받습니다. 상속세는 내지 않았고 취득세만 납부했는데, 이제 소급감정을 받으면 양도소득세 취득가액을 높일 수 있을까요?”

상속재산의 양도세 취득가액을 정할 때는 상속세 납부 여부보다 상속일의 객관적인 시가가 중요합니다. 먼저 왜 기존 결정가액을 다시 다툴 수 있는지, 이후 어떤 증빙과 절차가 필요한지 살펴보겠습니다.

취득가액 결정 : 취득세 신고가액과 상속 당시 시가를 분리하세요

상속으로 재산을 취득한 사람은 피상속인에게 매매대금을 지급한 것이 아닙니다. 따라서 일반 매매처럼 실제 지급한 매수가액을 확인하는 방식으로 취득가액을 구할 수 없습니다. 「소득세법」 제97조와 같은 법 시행령 제163조 제9항은 상속개시일 현재 상속세 및 증여세법에 따라 평가한 가액을 취득 당시 실지거래가액으로 보도록 연결하고 있습니다.

「상속세 및 증여세법」 제60조는 시가를 우선 적용합니다. 정상적인 매매사례와 객관적인 감정자료 등으로 시가를 확인하기 어렵다면 제61조 등의 보충적 평가방법을 적용합니다. 토지 취득세를 신고하면서 시청에 제출한 가액이 있다고 하여 그 금액이 반드시 상속 당시의 객관적인 교환가치와 일치하는 것은 아닙니다.

또한 수용보상금은 양도 시점의 대금입니다. 예를 들어 상속 후 도로 개설이나 지구 지정, 개발계획 변경으로 가치가 달라졌다면 2026년 보상액을 2023년 상속가액으로 곧바로 사용할 수 없습니다. 소급감정은 현재 보상금을 과거로 단순 환산하는 작업이 아니라, 상속 당시의 지목·이용·규제·접근성·거래여건을 복원하여 당시 시가를 평가하는 작업입니다.

상속 당시 토지거래허가구역이었다면 그 규제도 평가일 현재의 시장 조건 중 하나입니다. 동일 규제를 받은 비교필지를 찾거나 감정에서 거래 제한 효과가 어떻게 반영됐는지 설명해야 합니다. 허가구역이었다는 이유만으로 법정 취득가액을 일률적으로 낮추거나 높이는 것은 아닙니다.

판례의 판단 : 세무서가 정한 가액이 무조건 확정되는 것은 아닙니다

대법원 · 2022두67357 · 2026. 8. [제목] 양도소득세경정거부처분취소 [요지] 과거 세무서가 상속재산가액을 결정했더라도 그 가액이 객관성·합리성을 갖춘 시가가 아니면 상속 당시 시가를 새로 입증하여 양도세 취득가액을 다툴 수 있습니다. 공신력 있는 기관의 소급감정가액도 시가 판단자료가 됩니다. 상고기각.

이 사건에서 상속인은 상속세가 0원으로 결정된 이후 부동산을 양도했습니다. 세무서가 정한 상속재산가액은 216,048,000원이었으나 법원 감정평가액은 729,709,000원이었습니다. 대법원은 세무서 결정 통지가 반드시 선행돼야 한다고 본 원심의 일부 이유는 적절하지 않다고 보면서도, 종전 가액이 객관적 시가로 인정되지 않는다는 이유로 경정청구 거부처분 취소 결론을 유지했습니다.

중요한 법적 이유는 상속세와 양도세가 서로 다른 과세단계라는 점입니다. 상속공제로 납부할 세금이 없었던 상속인은 상속재산 평가액 자체를 적극적으로 다툴 실익이 작을 수 있습니다. 그런데 나중에 토지를 양도하면서도 과거 결정가액만 따르라고 하면 상속 당시 가치에 관한 다툼의 기회가 사실상 없어집니다. 대법원은 종전 결정가액이 객관성과 합리성을 충족해야만 그 결정가액을 취득가액으로 고정할 수 있다고 본 것입니다.

대법원 · 2025두32147 · 2026. 8. 12. [제목] 양도소득세경정거부처분취소 [요지] 세무서에서 과거 상속재산가액을 정했다는 사정만으로 유사 토지의 객관적인 거래사례를 배척할 수 없습니다. 비교대상과 면적 등 일부 조건이 다르더라도 입지·용도·가격결정 요소를 종합하여 시가를 판단합니다. 상고기각.

이 사건은 상속인이 상속세를 신고하지 않아 세무서가 토지를 보충적 방법으로 결정했고, 이후 양도세를 신고한 뒤 경정청구를 제기한 사안입니다. 원심은 비교대상 토지의 면적 차이가 가격 산정의 핵심 변수가 아니고, 2015년경 거래사례가 정상적인 객관적 교환가치를 반영한다고 보았습니다. 대법원은 그 판단을 유지했습니다. 단순히 비교사례가 있다는 사실만으로 모든 토지에 같은 가격을 적용한다는 뜻은 아닙니다.

첫 판결의 핵심 입증자료는 소급감정, 두 번째 판결에서 중요하게 판단한 자료는 정상적인 비교매매사례입니다. 둘 다 상속개시일 당시 재산의 시가를 입증하려는 점은 같지만, 평가방법과 입증자료가 다릅니다. 이러한 법리를 개별 부동산에 적용하려면 상속 당시 법령과 평가기준을 별도로 대조해야 합니다.

가상사례 : 취득가액 4억원과 6억원의 세금 차이

다음은 실제 상담인의 토지·주소·보상액과 무관한 가상사례입니다. 국내 거주자 A씨가 2023년 5월 10일 토지 한 필지를 상속받아 2026년 9월 30일 공익사업 시행자에게 현금 9억원을 받고 양도했다고 가정하겠습니다. 피상속인은 2015년 6월 1일 토지를 취득했고, 이 사업의 사업인정고시일은 2022년 12월 1일입니다. 토지는 비사업용 토지가 아닌 일반 토지이며, 별도 자경감면은 없고 필요한 자료를 갖춘 취득·양도 관련 필요경비 1,000만원만 있습니다.

상속개시일 당시 보충적 평가가액은 4억원, 객관적이고 합리적으로 입증할 수 있다고 가정하는 시가는 6억원입니다. 2026년 다른 양도소득은 없고 기본공제 250만원은 사용하지 않았으며, 소유 기간은 상속일부터 약 3년 4개월로 일반 장기보유특별공제율 6%를 적용합니다. 현금보상 공익사업 감면 15% 요건을 충족하고 연간·5개 과세기간 감면한도에 걸리지 않으며, 세액공제·기납부세액·가산세는 없다고 가정합니다. 감면된 국세에 대한 농어촌특별세는 20%를 적용합니다.

기존 가액 4억원을 사용하면 양도차익은 9억원 − 4억원 − 1,000만원 = 4억9,000만원이고, 장기보유특별공제 2,940만원과 기본공제 250만원을 차감한 과세표준은 4억5,810만원입니다. 여기에 40% 세율과 누진공제 2,594만원을 적용하면 국세 산출세액 1억5,730만원입니다. 공익사업 감면 2,359만5,000원을 차감하면 국세는 1억3,370만5,000원입니다.

상속 당시 시가 6억원이 인정되면 양도차익은 2억9,000만원이고 장기보유특별공제 1,740만원, 기본공제 250만원을 차감해 과세표준은 2억7,010만원입니다. 이 구간에는 38% 세율과 누진공제 1,994만원을 적용하여 국세 산출세액이 8,269만8,000원이고, 그 15%인 1,240만4,700원을 감면하여 국세는 7,029만3,300원입니다.

두 방식 모두 개인지방소득세는 감면 전 산출세액의 10%에서 「지방세특례제한법」 제167조의2에 따라 감면 국세의 10%를 차감한 값으로 계산했습니다. 농어촌특별세는 감면 국세의 20%로 별도 합산했습니다. 그 결과 이 가상사례의 전체 차이는 71,990,930원입니다. 이 차이는 상속세 증가 가능성과 감정·세무대리 비용을 차감하기 전 금액입니다.

호원 수용보상 양도소득세 계산기에서 보상금·취득가액·비용과 일반적인 감면 조건을 넣어 예상 세액을 비교해 보세요. 상속 취득일 특례, 소급감정의 인정 여부, 여러 필지 합산과 복수 감면 선택은 계산 결과와 별도로 판단해야 합니다.

공익사업 감면 : 소급감정과는 별개의 요건을 따집니다

소급감정은 양도차익의 출발점인 취득가액을 입증하는 문제입니다. 반면 「조세특례제한법」 제77조는 공익사업으로 양도한 소득에 대한 세액감면입니다. 2026년 12월 31일까지 양도하는 대상 토지·건물은 사업인정고시일(그 이전 양도 시 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득했다는 요건 등을 충족해야 합니다.

상속받은 토지는 같은 법 제77조 제9항에 따라 감면 취득시기를 판단할 때 피상속인이 취득한 날을 적용합니다. 앞의 가상사례에서 상속인은 2023년에 취득했지만, 피상속인은 2015년에 취득했으므로 2022년 12월 1일 사업인정고시일로부터 2년 이전 취득요건을 충족합니다. 반대로 피상속인이 2021년에 처음 취득했다면 같은 고시일에 관한 2년 취득요건을 충족하지 못합니다.

2026년 적용 조세특례제한법 제77조 제1항의 감면율은 현금 15%, 법정 채권 20%, 요건을 갖춘 만기보유 특약 채권은 3년 이상 35%·5년 이상 45%입니다. 감면액에는 같은 법 제133조의 연간·5개 과세기간 한도 등이 적용되므로, 다른 공익사업 감면내역도 함께 확인합니다. 장기보유특별공제의 보유기간과 감면요건상 피상속인 취득일 특례를 혼동하지 않습니다.

광명시흥 공공주택지구의 최초 지정고시는 2022년 11월 29일 국토교통부 고시 제2022-673호로 확인됩니다. 개별 필지에 관한 공익사업 인정고시의 의제 여부와 변경 고시는 고시문·사업구역·편입내역을 대조하여 확정해야 합니다. 이 날짜가 모든 필지의 양도세 신고기한이나 보상금 수령일이 되는 것은 아닙니다.

비사업용 토지는 지목만으로 판단하지 않고 실제 이용, 보유기간, 공익사업 편입 전후의 이용 제한과 소득세법령상 기간 기준 등을 확인합니다. 농지 직접 경작의 별도 감면도 실제 경작·거주·양도 시점의 요건이 있어 공익사업에 편입됐다는 이유만으로 함께 적용하지 않습니다.

양도시기와 경정청구 : 먼저 기한을 지키고 자료를 다듬습니다

공익사업 시행자와 협의매수 계약을 체결했어도 보상금 수령 전이라면 계약일만으로 양도소득세 예정신고기한이 확정되지 않습니다. 원칙적으로 잔금청산일을 확인하고, 대금을 다 받기 전에 소유권이전등기가 이루어진 경우에는 등기접수일을 적용하는 등 「소득세법」 제98조와 시행령 제162조를 대조합니다. 양도일이 확정되면 일반적인 토지·건물은 그 달 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 예정신고하고, 개인지방소득세는 별도의 법정 기한에 맞춰 신고합니다.

상속 당시의 적정 시가에 관한 자료가 이미 충분히 확보됐다면 최초 신고에서 그 가액을 적용할 수 있는지 검토합니다. 감정평가가 늦어질 때는 확인된 평가가액으로 기한 내 신고한 뒤, 객관적인 소급감정·비교매매사례를 확보해 경정청구하는 방식도 가능합니다. 종전 세무서 결정가액이 있다는 이유만으로 반드시 경정청구가 유일한 절차가 되는 것은 아닙니다.

「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 통상적인 경정청구는 법정신고기한 후 5년 이내에 할 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 원칙적으로 2개월 이내에 결과를 결정·통지해야 합니다. 거부통지를 받거나 처리기간이 지나는 경우 이의신청·심사청구·심판청구 등은 각각의 불복요건과 기한에 따라 진행합니다. 세무서장 이의신청까지의 대응과 국세청 심사청구·조세심판원 심판청구는 별도의 절차입니다.

실무에서는 먼저 ① 상속세 신고서·결정통지 및 결정 당시 재산가액 ② 상속 당시와 양도 당시의 토지대장·건축물대장·토지이용계획 ③ 상속 전후 거래사례·감정평가 원본 ④ 보상계약서·보상금 지급·등기내역 ⑤ 피상속인 최초 취득 자료 ⑥ 다른 토지 양도와 공익사업 감면 이용내역을 같은 사건별로 정리합니다.

상속 당시 시가를 더 높게 인정받으면 양도세는 감소할 수 있지만 상속세 평가액, 당시 상속공제·채무·사전증여 내역에 따라 상속세 부담은 증가할 수 있습니다. 소급감정 비용과 향후 세무서 이의신청 등 대응 비용까지 비교한 뒤 경정청구 여부를 정하는 것이 합리적입니다.

결론 : 상속 당시 시가의 입증자료가 세액을 바꿉니다

공익사업으로 수용되는 상속토지는 취득세 신고가액이나 보상계약서 금액만으로 취득가액이 확정되지 않습니다. 상속개시일 당시의 정상적인 교환가격을 소급감정 또는 합리적인 비교거래로 입증하고, 종전 상속세 결정가액이 시가를 반영한 것인지 대조해야 합니다. 적정 시가가 더 높게 인정되면 양도차익과 세액이 줄어들 수 있으며, 다른 한편으로 상속세 추가 부담과 공익사업 감면요건도 함께 계산해야 합니다. 잔금 수령일과 선행 등기를 확인해 신고기한을 지킨 뒤 입증자료 수준에 따라 최초 신고 또는 경정청구 방식을 선택하시기 바랍니다.