사업을 양도하고 직원 5명을 넘기면 통합고용세액공제를 추징하나요?

이 글은 국세청 서면질의회신 서면-2026-법인-1820의 거래관계와 법적 판단을 바탕으로 실제 신고·증빙까지 설명드립니다.

“2024년과 2025년에 통합고용세액공제를 받았는데 올해 사업을 다른 개인사업자에게 넘기고 직원 5명도 같이 승계시킵니다. 직원이 줄었다고 공제받은 법인세를 토해내야 하나요?”

사업양도에 따라 종전 사업부문의 상시근로자를 실제 승계시킨 경우에는 인원 감소에 따른 추징 판단에서 승계 인원 조정 규칙을 적용합니다. 단순 퇴사나 감원과 구별해야 하며, 2024~2025년 공제에 적용된 구법과 2026년 개정 제도를 혼동해서는 안 됩니다.

국세청 서면질의회신 · 서면-2026-법인-1820 · 2026.06.05 [제목] 사업의 양수 등으로 상시근로자를 승계시키는 경우에 상시근로자 수의 감소 여부 [요지] 실제 사업양수도에 수반된 상시근로자 승계라면 그 5명을 단순 감원으로 보아 통합고용세액공제를 추징하는 것은 회신 취지와 다릅니다.

사실관계 : 직원을 해고한 것이 아니라 사업과 함께 승계시키는 거래입니다

이 회신의 법인은 2024년 8월 개업한 안경 도·소매 법인입니다. 2024년과 2025년 통합고용세액공제를 적용받았고, 2026년에 영업을 개인사업자에게 양도하면서 상시근로자 5명을 넘기려 했습니다. 법인이 직원에게 임금을 지급하던 관계는 양수인과 직원의 고용관계로 이전됩니다. 다섯 사람이 퇴사한 다음 고용시장에서 사라진 것과는 경제적·법률적 성격이 다릅니다.

법적 판단 : 전체 근로자 수만 빼면 결과가 왜 달라질까요

2025년 12월 23일 개정 전 조세특례제한법 제29조의8은 공제 후 일정 기간 상시근로자가 감소하면 이미 공제받은 세액의 추가 납부를 규정했습니다. 다만 시행령 제23조 제13항 제3호는 사업양수도·합병·분할 등에 따라 상시근로자를 승계한 때 양도기업의 비교 인원에서 승계 인원을 조정하도록 합니다. 근로자 5명이 줄어든 사실 자체만으로 추징하는 대신, 정상적으로 이전된 사업부문의 고용이 계속되는지를 반영하는 것입니다.

공식 회신과 실무 해설 : 구법 적용 범위를 지켜야 합니다

국세청은 종전 사업부문 근로자를 사업양수 등에 따라 승계시킨 경우 그 인원을 ‘감소된 상시근로자 수’로 보지 않는다고 답했습니다. 이 부분이 공식 판단입니다. 실제 거래가 고용승계를 수반한 사업의 양수도인지, 양도자와 양수자의 고용명부가 이어지는지 확인해야 한다는 설명은 법령과 사실관계를 대조한 필자의 실무 해설입니다. 2026년 이후 신설·개정된 고용공제에 대해서는 각 적용연도 법률과 경과규정을 별도 확인해야 합니다.

구체적 예시 : 5명 감소와 5명 승계는 다릅니다

가상사례로 2025년 월평균 상시근로자 8명인 법인이 2026년 7월 영업부문과 직원 5명을 사업양수인에게 넘기고, 나머지 3명을 계속 고용했다고 가정하겠습니다. 장부상 인원은 8명에서 3명으로 줄지만, 승계 5명에 대한 법정 조정을 반영하면 이 거래 때문에 5명이 감소한 것으로 단순 계산하지 않습니다. 반면 사업은 넘기지 않고 5명을 실제 해고했다면 승계 조정의 전제 자체가 없습니다. 공제액과 다른 변동 인원의 정보가 없으므로 구체적 추징세액을 0원이라고 확정하지는 않습니다.

신고와 증빙 : 누가 어디에서 계속 근무했는지 연결해야 합니다

사업양도 계약서, 자산·영업의 이전 목록, 직원별 고용승계 합의서, 양도 전후 근로계약서, 급여대장, 원천세 및 4대보험 취득·상실 신고, 양측 근로자 수 월별 산정표를 보관하십시오. 법인세 신고·수정신고에서 종전 공제 발생연도와 사후관리 연도를 나눠 적용하고, 고용변동 사유를 명확히 기록해야 합니다.

실무 결론 : 조건과 증빙을 확인하고 신고하십시오

실제 사업양수도에 수반된 상시근로자 승계라면 그 5명을 단순 감원으로 보아 통합고용세액공제를 추징하는 것은 회신 취지와 다릅니다. 다만 ‘직원 이전’이라는 이름만 붙인 형식적 거래나 실제 해고라면 결론이 달라지고, 다른 인원 감소 및 연도별 적용법은 별도로 계산해야 합니다.