법인 사업자 폐업·해산·파산의 구분과 세금 신고·채무 정리

“회사가 적자가 계속되어 문을 닫으려고 합니다. 폐업신고만 하면 법인세나 부가세, 은행 빚과 세금 체납도 모두 끝나는 건가요?”

법인 대표님이라면 사업자등록의 폐업과 법인의 소멸을 먼저 구분하셔야 합니다. 폐업신고를 해도 회사 명의 자산과 채무는 남으며, 영업을 중단한 사실에 따라 마지막 부가세 신고가 필요합니다. 법인 자체를 정리하거나 지급불능으로 법원 파산절차를 진행한다면 신고기간·회계처리·대표자 책임까지 달라집니다.

1. 먼저 구분합니다 : 폐업신고, 해산·청산, 법인파산

사업자등록을 폐업해도 회사가 보유한 부동산, 차량, 예금, 미수금과 회사의 채무가 대표자에게 자동으로 이전되지는 않습니다. 법인격을 없애려면 법령에 맞는 해산·청산 절차가 별도로 필요합니다. 회사가 지급불능 상태라면 임의청산과 법원의 파산절차 중 실제 채무상태에 맞는 절차를 결정해야 합니다.

2. 폐업 부가가치세 : 다음 달 25일까지 신고합니다

과세사업을 하는 법인은 실제 사업을 폐업한 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 부가가치세 확정신고와 납부를 합니다(부가가치세법 제49조 제1항). 예를 들어 2026년 10월 20일 실질적으로 폐업했다면 폐업 부가세 신고기한은 2026년 11월 25일입니다. 세무서에 폐업신고서를 제출한 날짜보다 실제 영업 종료일이 중요한 경우가 있으므로 매출·근무·임대차·자산처분 경위를 대조합니다.

폐업 과세기간에 실제 공급한 재화·용역의 매출세액, 공제 요건을 갖춘 매입세액, 세금계산서 발급 내역과 신용카드·현금영수증 매출을 정리합니다. 부가가치세를 별도로 받지 못한 매출이 있다면 계약상의 공급가액과 부가세 포함 여부를 먼저 구분해야 합니다. 면세사업만 하는 법인은 과세사업자의 폐업 부가가치세 신고와 다른 신고 체계를 따릅니다.

재고나 고정자산이 남았다면 부가가치세법 제10조 제6항의 ‘폐업 시 잔존재화’를 확인합니다. 사업에 쓰기 위해 생산·취득한 재화가 폐업 때 남아 있는 경우 자기에게 공급한 것으로 보아 과세할 수 있습니다. 토지처럼 본래 부가가치세 면세 대상인 자산이나 매입세액 공제가 없었던 재화에 관한 구체적인 적용 범위, 감가상각자산의 과세표준 계산은 해당 취득·사용자료와 시행령의 평가규정을 따로 적용합니다. 자동차나 비품을 폐업 전에 실제 매각했다면 그 매각거래의 세금계산서·매출세액을 먼저 반영하고 같은 재화를 폐업 잔존재화로 중복 계산하지 않습니다.

청산 중인 법인의 폐업일 특례도 있습니다. 부가가치세법 시행령 제7조 제2항에 따라, 해산 후 청산 중인 내국법인 등이 실질적 폐업일부터 25일 이내 세무서에 신고하여 승인받은 경우 잔여재산가액 확정일을 폐업일로 할 수 있습니다. 해산일부터 365일이 되도록 잔여재산가액이 확정되지 않았다면 그 365일이 되는 날까지입니다. 단순히 해산등기를 했거나 파산을 신청했다는 사실만으로 이 폐업일 특례가 자동 적용되지는 않습니다. 특례 신청·승인 유무를 확인하여 신고기간을 정해야 합니다.

3. 법인세 : 폐업신고와 해산등기의 세금 신고일은 다릅니다

법인의 사업자등록만 폐업하고 해산등기를 하지 않았다면, 일반적으로 정관에 정한 사업연도가 계속됩니다. 12월 결산 법인이 2026년 10월 20일 폐업하고 해산하지 않은 경우 2026년 1월 1일부터 12월 31일까지의 법인세를 2027년 3월 31일까지 신고합니다. 결손금이 생겼거나 과세표준이 0원이어도 법인세법 제60조 제3항에 따라 신고의무가 있습니다.

반대로 해산등기 또는 파산등기를 했다면 법인세법 제8조 제1항이 적용됩니다. 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산은 파산등기일)까지를 하나의 사업연도, 그 다음 날부터 원래 사업연도 말일까지를 다른 사업연도로 봅니다. 청산 중 잔여재산가액이 중간에 확정되면 제8조 제4항에 따라 그 사업연도 개시일부터 확정일까지가 또 하나의 사업연도가 됩니다. 각 사업연도 종료월 말일부터 원칙적으로 3개월 안에 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고합니다. 성실신고확인서 제출 등 해당 법정 요건이 있는 회사의 신고기한은 별도로 정해집니다.

가령 12월 결산 회사가 2026년 10월 20일 해산등기를 했다면 2026년 1월 1일~10월 20일 사업연도에 대한 별도 신고가 발생합니다. 청산기간의 미수금 회수·자산매각·이자 수입·채무감소도 다음 사업연도의 손익을 만들 수 있으므로, 폐업일 기준으로 장부를 닫고 이후 거래를 버리면 안 됩니다.

또 하나의 계산상 유의점이 있습니다. 1년 미만 사업연도에 대해서는 법인세법 제55조 제2항이 과세표준을 연환산했다가 해당 개월 수로 환산하는 방식으로 세액을 계산하도록 정합니다. 따라서 해산 후 2개월치 소득에 연간 세율표만 그대로 곱하지 않습니다.

4. 청산소득 : 자산이 남는 회사에는 별도의 법인세 계산이 필요합니다

해산법인은 청산 과정에서 발생하는 각 사업연도 소득과, 해산에 따른 청산소득을 구분해야 합니다. 법인세법 제79조 제1항의 기본 계산은 잔여재산가액에서 해산등기일 현재의 자기자본 총액(자본금·출자금 및 잉여금)을 차감하는 것입니다. 청산기간 자산 처분 이익을 각 사업연도 소득으로 계산하는 규정(제79조 제6항)과 청산소득의 계산·조정 규정을 함께 적용하므로, 같은 거래를 임의로 두 번 과세소득에 넣지 않도록 정산표를 작성합니다.

청산소득에 대한 법인세는 법인세법 제83조에 따라 각 사업연도 소득에 사용하는 세율 체계를 적용합니다. 법인세법 제84조 제1항 제1호에 따른 신고기한은 잔여재산가액이 확정된 날이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다. 청산소득 금액이 없는 때도 제84조 제3항에 따라 확정신고 대상임을 구분해야 합니다. 청산이 길어져 해산등기일부터 1년까지 확정되지 않거나 확정 전 잔여재산을 일부 분배한 경우에는 제85조의 중간신고(해당 기준일이 속하는 달 말일부터 1개월)를 확인합니다. 법에서 정한 중간신고 대상 제외 법인은 별도로 판단합니다.

채무를 변제할 수 없어 파산한 회사에도 파산재단의 자산 매각으로 발생한 손익이 법인세 과세 계산과 연결될 수 있습니다. 법원에서 파산선고를 했다는 이유만으로 이전 매출과 이후 자산매각에 관한 세금이 일괄 면제되는 것은 아닙니다. 파산관재인이 관리하는 자산·처분내역, 등기일과 잔여재산 확정 여부, 관련 신고 주체를 함께 정리합니다. 반대로 잔여재산이 없다는 사실만으로 실제 법인세 납부액이 있다고 추정할 수도 없습니다.

주주에게 잔여재산을 분배한다면 : 의제배당을 계산합니다

채권자 변제와 청산에 필요한 비용·세금을 정리한 뒤 주주에게 분배할 잔여재산이 생긴 경우에는 주주 단계의 세금을 별도로 계산합니다. 거주자인 개인 주주가 해산법인으로부터 받은 잔여재산의 금전·재산가액이 해당 주식의 취득가액보다 크면, 소득세법 제17조 제2항 제3호에 따라 초과금액이 의제배당에 해당할 수 있습니다. 주주가 내국법인인 경우에는 법인세법 제16조 제1항 제4호의 규정을 적용해 구분합니다. 주주별 실제 취득가액과 분배가액, 주주의 거주지·소득구분에 따라 원천징수와 소득신고를 진행합니다. 잔여재산을 전혀 분배받지 않은 주주에게 이 해산 의제배당이 발생한 것으로 계산하지 않습니다.

5. 퇴직 직원·급여·원천세 : 지급일과 폐업일을 함께 기록합니다

사업을 접더라도 퇴직 때까지 지급한 급여, 미지급 급여를 실제 지급한 날, 퇴직소득과 법인 임원의 보수를 확인합니다. 급여·퇴직금 등을 지급하면서 원천징수한 세금은 원칙적으로 지급월의 다음 달 10일까지 신고·납부합니다. 반기납부 승인을 받은 회사는 승인된 범위와 폐업 시 정산규정을 확인합니다. 퇴직자 연말정산도 실제 퇴직일과 지급내역에 맞춰 처리합니다.

근로·퇴직·사업소득 지급명세서는 일반적인 연간 제출기한 외에도 원천징수의무자가 폐업하는 경우 폐업일이 속한 달의 다음다음 달 말일까지 제출하는 규정을 확인합니다. 일용근로소득 지급명세서와 근로·사업소득 간이지급명세서는 각 지급시기와 해당 제도의 월별·반기별 규정이 따로 있으므로 실제 지급한 소득 종류에 맞춰 마감합니다. 4대보험 자격상실 신고·사업장 탈퇴, 체불 임금·퇴직금과 퇴직연금은 세무 신고와 병행해서 처리할 사항입니다.

6. 회사에 남은 재산·채무 : 대표자 가지급금과 거래처 미수금도 정리합니다

폐업 전 회사 재무상태표를 기준으로 예금·현금, 거래처 미수금, 재고, 차량·기계, 부동산, 임차보증금, 대표자 가지급금·대여금, 매입채무, 금융기관 차입금, 퇴직급여채무, 체납세금을 각각 목록으로 작성하세요. 자산이 남아 있는데 회계상 장부에서 바로 지워버리거나 대표자 소유로 바꾸는 것은 정상적인 정산이 아닙니다.

대표자가 회사에 빌린 가지급금은 원칙적으로 회사의 채권입니다. 상환·상계 등 실제 법률관계에 따라 회수하거나 적법하게 정산하고 근거를 남깁니다. 법인의 대여금을 아무 조치 없이 제거하면 귀속자와 실제 회수 가능성에 따라 인정이자, 부당행위계산, 소득처분 문제가 생길 수 있습니다. 대표자가 회사에 빌려준 가수금은 반대로 회사가 대표자에게 갚아야 할 채무이므로 두 금액을 혼동하지 않습니다.

거래처 미수금도 폐업했다는 이유만으로 바로 대손이 되는 것은 아닙니다. 회수노력과 파산·강제집행·소멸시효 등 법정 대손사유, 해당 채권의 발생일과 수입 인식 여부를 확인해야 손금·대손세액공제 여부가 정해집니다. 파산 관련 서류가 있더라도 채권의 일부가 실제 회수될 가능성이 있다면 회수 가능한 부분을 구분합니다.

채권자가 회사의 채무를 면제해 줬다면 채무면제익이 발생할 수 있습니다. 법인세법 시행령 제11조의 수익 범위와 같은 법 제18조 제6호에 따라, 법이 정한 이월결손금 보전에 충당한 금액은 익금불산입 대상이 될 수 있습니다. 그러나 적자 회사라는 이유만으로 채무면제액 전부가 자동 비과세되는 것은 아닙니다. 채무의 실제 소멸일·범위, 이월결손금의 세법상 잔액과 충당 내역을 확인합니다.

7. 실제 세금은 얼마일까요? : 가상법인의 신고 계산

아래는 2026년 10월 20일 실질적으로 폐업했으나 해산등기는 하지 않은 국내 일반 영리법인의 가상사례입니다. 사업연도는 2026년 1월 1일부터 12월 31일까지입니다. 부가세 과세사업만 영위하고, 재고·기계 등 폐업 잔존재화와 자산매각은 없으며 2026년 7월 1일부터 폐업일까지 매출 공급가액 3,000만원, 공제 가능한 매입세액이 포함된 매입 공급가액 1,000만원이 있다고 가정하겠습니다. 모두 10% 일반세율 대상이고 세금계산서는 적법하게 받았으며, 예정 신고·기납부세액, 불공제·감면·가산세는 없다고 가정합니다.

이 회사의 2026년 연간 법인세 과세표준이 장부 결산 및 세무조정, 기존 결손금 반영 후 5,000만원으로 확정됐다고 추가로 가정하겠습니다. 법인세액 공제·감면·기납부세액이 없고, 법인세법 제60조의2 제1항 제1호의 특별한 세율 적용대상인 법인은 아니며, 지방자치단체 조례에 따른 법인지방소득세 탄력세율도 적용하지 않는 상황입니다.

2026년 1월 1일 이후 개시 사업연도 일반 영리법인에는 과세표준 2억원 이하 부분에 법인세 10%, 2억원 초과~200억원 이하의 초과 부분에 20%, 200억원 초과~3,000억원 이하의 초과 부분에 22%, 3,000억원 초과 부분에 25%를 적용합니다(법인세법 제55조). 위 가상법인은 과세표준이 5,000만원으로 첫 구간 안에 있어 국세 법인세는 500만원(5,000만원×10%)입니다. 지방세법 제103조의20의 일반법인 표준세율 1%에 따른 법인지방소득세는 50만원(5,000만원×1%)입니다.

부가세는 폐업일의 다음 달 25일, 법인세는 이 사례의 2026년 사업연도 종료월 말일부터 3개월 이내, 법인지방소득세는 법인세 사업연도 종료일이 속한 달 말일부터 4개월 이내가 일반적인 신고기한입니다. 따라서 이 회사의 국세 법인세는 2027년 3월 31일까지이고, 법인지방소득세는 2027년 4월 30일까지입니다. 세목별 납부세액 합계 750만원은 예시이며, 폐업 시 잔존재화·중간예납·이월결손금·기납부세액 등 회사의 실제 조건을 반영하면 결과가 달라집니다.

8. 체납세금과 파산 : 누가 어느 범위까지 책임질까요?

법인에 부과된 세금은 원칙적으로 법인의 납세의무입니다. 대표자가 법인 대표라는 이유만으로 모든 체납 국세를 본인 개인돈으로 자동 납부해야 하는 것은 아닙니다. 다만 체납세금이 있는 상태에서 회삿돈을 대표자에게 먼저 보내거나 잔여재산을 분배하면 과세관청의 징수 및 별도의 책임 문제가 생길 수 있습니다.

국세기본법 제39조의 과점주주 제2차 납세의무는 법인 재산으로 국세 및 강제징수비를 충당해도 부족하고, 해당 국세 납세의무 성립일에 주주 1명과 특수관계인의 소유주식 합계가 50%를 초과하며 실질적 경영 지배 요건을 충족하는 등 법정 요건이 있어야 적용됩니다. 제2차 납세의무액에는 실제 권리행사 주식에 비례한 법정 한도가 있습니다. 단독주주라는 명칭만으로 전체 체납액을 기계적으로 부과하는 방식과는 구분합니다.

국세기본법 제38조는 해산법인의 청산인 또는 잔여재산 분배를 받은 사람에 대해서도 별도의 제2차 납세의무를 규정합니다. 법인에 납부할 국세가 있는데 이를 납부하지 않고 잔여재산을 분배한 뒤 법인 재산에 강제징수해도 부족한 경우입니다. 청산인은 분배·인도한 재산가액, 분배받은 사람은 각자가 받은 재산가액이 책임 한도입니다. 법인의 단순 영업손실이나 파산신청 자체로 그 요건이 곧바로 성립하는 것은 아닙니다.

법원 파산에서는 조세채권의 발생시점과 법에 따른 재단채권·파산채권 구분, 파산관재인의 납세 관련 업무를 법원 절차와 함께 관리합니다. 보증인이 된 대표자의 민사상 보증채무, 체불임금에 대한 책임, 법인의 국세 체납에 따른 제2차 납세의무는 법적 원인과 부담 범위가 다르므로 각각 확인해야 합니다. 지방세 체납도 지방세기본법 등의 독자적인 규정을 적용합니다.

9. 신고를 놓쳤다면 : 본세와 가산세를 나누어 정리합니다

일반적인 국세 무신고가산세는 국세기본법 제47조의2에 따라 무신고납부세액의 20%가 기본입니다. 부정행위에 해당하면 일반적으로 40%, 역외거래 부정행위는 60%가 적용됩니다. 다만 법인세 무신고는 같은 조 제2항의 수입금액 기준 산식과의 비교 규정이 있어, 단순히 최종세액의 20%만 계산해서 끝내면 안 됩니다. 일반적인 과소신고가산세는 같은 법 제47조의3에 따라 과소신고납부세액의 10%입니다. 부정 과소신고에 대해서는 별도 높은 비율이 적용됩니다.

납부기한 경과에 따른 납부지연가산세는 국세기본법 제47조의4 및 해당 시행령의 기간별 법정 이자율을 적용해 미납세액과 경과 일수로 계산합니다. 원천세를 미납한 경우에는 제47조의5의 별도 방식이 적용되고, 세금계산서·지급명세서 미발급·미제출은 개별 세법상 가산세가 따로 적용됩니다. 기한후신고·수정신고를 하는 경우 제48조의 감면 요건과 그 시점을 함께 확인해 계산하고, 재산의 실제 부족과 세무신고 의무를 따로 관리합니다.

10. 실제 정리 순서 : 신고 담당자에게 넘길 자료

사업을 실질적으로 끝낸 날과 폐업신고 접수 내역을 확정하고, 해산·청산·파산 절차의 현재 단계를 등기부와 법원 문서로 확인합니다.

폐업일 기준 재고·고정자산·계약·자금·재무상태표를 정리하고 부가세 잔존재화와 최종 매출·매입을 확정합니다.

직원별 급여·퇴직금·원천징수세액·지급명세서, 4대보험 자격상실 및 체납액을 확인합니다.

정관상 사업연도, 해산·파산등기일, 잔여재산 확정일별 장부를 나누고 법인세 및 지방소득세 신고를 준비합니다.

대표자 가지급금·가수금·개인 보증·미수금·매입채무·채무면제합의, 재산 환가·배당 및 청산잔여재산 분배를 각각 증빙합니다.

신고서 접수증, 납부서, 회수 내역, 법원서류와 금융거래내역을 향후 소명자료로 보관합니다.

사업을 접기로 했다면 폐업일, 법인 등기상 상태, 회사의 남은 재산과 채무부터 분리해서 정리하세요. 이 세 가지가 확정되면 부가세 신고기한과 법인세 사업연도가 정해지고, 대표자 가지급금과 체납세금에 관한 후속 처리도 구체적으로 결정할 수 있습니다.

회사를 청산하거나 파산 신청을 준비하는 단계라면 법인등기부, 최근 3개년 결산서·법인세 신고서, 부가세 신고 내역, 자산·채무명세서와 대표자 계정 잔액부터 준비해 주시면 됩니다. 영업 종료일과 자산 정리 일정에 맞춰 먼저 신고할 항목을 구분할 수 있습니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소