수용되는 농지, 8년 자경했어도 주거지역 편입 3년이 지나면 양도세 감면이 안 될까요?

“부모님 때부터가 아니라 제가 직접 10년 넘게 농사짓던 밭입니다. 그런데 신도시 사업 때문에 주거지역으로 바뀐 지 오래됐고, 이제 보상금을 받습니다. 8년 자경농지라면 양도세를 전액 감면받을 수 있는 것 아닌가요?”

수용되는 농지라면 먼저 ‘8년 자경’을 확인합니다. 하지만 거기서 끝나지 않습니다. 특히 특별시·광역시 또는 시 지역의 농지가 주거지역·상업지역·공업지역으로 편입되었다면 그 편입일과 실제 양도일을 비교해야 합니다. 법정 예외사유가 없고 편입 후 3년이 지났다면, 오래 직접 경작했다는 사실만으로 8년 자경 감면을 적용할 수 없습니다.

8년 자경은 보유기간만 채우는 제도가 아닙니다

조세특례제한법 제69조는 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 직접 경작한 일정한 농지의 양도소득세액을 100% 감면하는 제도입니다. ‘100%’라는 숫자는 요건과 감면 대상 소득의 범위가 확정된 뒤 적용하는 비율입니다. 신고한 양도세가 얼마이든 제한 없이 전액 없어지는 뜻은 아닙니다.

재촌(농지 인근 거주)은 농지 소재 시·군·구 또는 연접한 시·군·구, 농지로부터 직선거리 30km 이내 지역 등을 기준으로 따집니다. 자경(직접 경작)은 해당 농작업에 상시 종사했거나 농작업의 절반 이상을 자기 노동력으로 수행했는지를 확인합니다.

농지대장이나 농업경영체 등록확인서가 있다고 해서 직접 경작이 자동으로 인정되지는 않습니다. 실제 영농 흔적, 농산물 출하, 농자재 구입, 농기계 사용, 거주·직업 내역을 함께 보아야 합니다.

더 중요한 예외도 있습니다. 각 연도의 사업소득금액(법에서 제외하는 농업·임업 등 일부 소득은 제외)과 총급여액의 합계가 3,700만원 이상인 과세기간은 원칙적으로 자경기간에서 빠집니다. 일정 업종의 사업소득 총수입금액 기준 이상인 기간도 별도로 제외합니다. 10년을 소유했다고 하더라도 실제로 인정되는 자경기간이 8년이 안 될 수 있습니다.

대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결도 ‘직접 경작’의 의미를 자기 노동력에 의한 경작이라는 문언에 따라 판단했습니다. 다만 이 판결은 당시 법령에 관한 것이므로, 2026년 양도분의 연도별 소득 제외기준과 도시지역 편입 예외까지 그 판결 하나로 판단할 수는 없습니다.

주거지역에 편입된 날부터 3년이 지났는지가 별도의 문턱입니다

‘도시지역’이라는 포괄적인 표현보다 정확히는 국토계획법상의 주거지역·상업지역·공업지역 편입 여부를 확인해야 합니다. 특별시·광역시(일부 군 제외) 또는 시(일부 읍·면 제외)에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 양도일까지 3년이 지났다면, 시행령 제66조 제4항의 감면 대상 농지에서 제외되는 것이 원칙입니다.

따라서 이 질문에서는 농지를 언제 샀는지보다 ‘용도지역이 어느 날 바뀌었는지’를 먼저 물어보는 경우가 많습니다. 도시관리계획 결정·고시문, 토지이용계획확인서의 변경 이력으로 편입일을 확인합니다. 단순히 보상협의서를 받은 날이나 사업인정고시일을 편입일로 간주하지 않습니다.

가령 2009년부터 꾸준히 직접 농사를 지었고 2019년에 주거지역으로 편입된 뒤 2026년에 수용된다면 편입 후 3년이 훨씬 지났습니다. 별도의 예외가 없는 한 제69조 감면은 적용하기 어렵습니다. ‘8년 자경’이 확인되었다는 사실만으로 결론이 뒤집히지 않습니다.

공익사업 때문에 보상이 늦어졌다면 예외를 따로 확인합니다

편입일 후 3년이 지났다고 모든 수용농지가 자동으로 배제되는 것도 아닙니다.

시행령에는 대규모개발사업지역에서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연 때문에 3년을 넘긴 경우, 국가·지방자치단체 등의 공공기관이 시행하는 개발사업 중 법정 부득이한 사유가 있는 경우, 편입 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시작되었지만 단계적 시행·보상지연으로 기간을 넘긴 경우 등 예외를 두고 있습니다.

여기서 ‘대규모’와 ‘공공기관 사업’은 통상적인 표현이 아니라 시행령·시행규칙상 조건을 뜻합니다. 사업지구 면적·토지소유자 수·사업인정고시의 동일성, 공공기관 여부, 착공 및 보상 지연 원인을 증빙해야 합니다. 보상금이 늦게 나왔다는 한 가지 사정만으로 예외가 되는 것은 아닙니다.

실무에서 준비할 핵심은 사업시행자가 작성한 사업 시행단계와 보상 일정 자료입니다. 각 필지의 보상 경위가 다를 수 있으므로 보상대상지구 전체 자료와 해당 필지의 진행 이력을 함께 대조합니다.

예외로 다시 감면 대상이 되어도 편입 이후 상승분까지 모두 감면되지는 않습니다

이 부분이 세액 계산에서 가장 자주 놓치는 차이입니다.

제69조는 주거지역 등으로 편입된 농지의 경우 그 편입일까지 발생한 소득을 감면 대상으로 제한합니다. 편입 후 올라간 가격까지 모두 8년 자경으로 감면하는 구조가 아닙니다. 시행령 제66조 제7항은 취득·편입·양도 당시 기준시가를 이용한 안분 계산식을 규정합니다.

가상의 숫자로 계산해 보겠습니다. 아래는 3년 경과 제외규정의 법정 예외가 적용되고, 다른 8년 자경 요건도 충족하는 경우라고 가정합니다.

이 3,750만원은 ‘감면받는 세금’이 아니라 일정 계산 조건에서 나온 ‘감면 대상 양도소득금액’의 예시입니다. 세액은 다른 양도소득, 공제, 적용 세율, 해당 감면세액 계산 및 감면 종합한도를 반영하여 산출해야 합니다. 이 예시에는 양도소득세 본세·개인지방소득세·농어촌특별세와 가산세를 계산하지 않았습니다.

편입 후 3년 경과에 관한 예외가 전혀 적용되지 않는다면 이 안분식만 사용해서 제69조 감면을 받는 것이 아니라 감면 대상 농지 자체에서 제외될 수 있습니다.

8년 자경 감면이 어렵다면 공익사업용 토지 감면은 별도로 판단합니다

제69조의 8년 자경 감면과 제77조의 공익사업용 토지 감면은 서로 다른 제도입니다.

공익사업용 토지 감면은 원칙적으로 사업인정고시일(고시 전 양도했다면 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2026년 12월 31일까지 공익사업 시행자에게 양도하는 등의 요건을 확인합니다. 현재 현금보상 부분의 기본 감면율은 양도소득세액의 15%이며, 채권보상은 별도 비율과 보유 특약 요건을 적용합니다.

제69조 감면은 1개 과세기간 1억원, 해당 과세기간과 직전 4개 과세기간을 합친 5개 과세기간 2억원의 종합한도 체계를 적용합니다. 제77조는 별도 한도 체계로 같은 기간 각각 2억원과 3억원을 적용합니다. 다른 자산에 이미 감면을 받은 이력도 확인해야 합니다.

같은 양도소득에 두 감면율을 단순 합산할 수는 없습니다. 조세특례제한법 제127조 제7항은 같은 토지에 여러 감면규정이 해당하면 하나를 선택하도록 하며, 일부 토지만 특정 감면을 적용하는 경우 남은 부분에 다른 감면을 검토하도록 정하고 있습니다. 실제 세액·감면한도·농어촌특별세와 개인지방소득세는 구분해서 비교해야 합니다.

신고 전에 ‘네 가지 날짜’와 ‘세 가지 자료’를 맞춥니다

먼저 농지 취득일과 직접 경작한 기간, 주거지역 등 편입일, 사업인정고시일, 실제 양도일을 한 표에 놓습니다. 여기에 사업시행자의 단계별 보상 경위와 수용 당시 농지 이용현황을 덧붙입니다.

양도일 현재 농지인지가 원칙적인 기준이지만, 매수자의 계약상 형질변경·착공이나 토지조성공사 착수 등 시행령이 인정하는 예외적인 기준일이 있는지도 확인합니다. 개발사업 때문에 농사를 중단했다는 사정만으로 자동으로 농지성을 인정하는 것은 아닙니다.

서류는 재촌·자경 증빙(주소 및 농업활동), 용도지역 편입·사업고시 증빙(고시문 및 토지이용계획), 수용·보상 증빙(재결서·계약서·보상일정)으로 묶으면 좋습니다. 신고서에는 적용 요건에 맞는 감면신청을 함께 제출합니다.

양도소득세 예정신고는 부동산의 양도일이 속하는 달의 말일부터 원칙적으로 2개월 이내입니다. ‘감면이 가능할 것 같다’는 이유로 신고기한까지 자동 연장되는 것은 아닙니다. 신고를 놓쳤다면 기한후신고와 추가 부담, 감면 신청 가능 여부를 실제 신고 상태에 따라 정리해야 합니다.

■ 정리: 농사 지은 8년뿐 아니라 ‘언제 도시지역이 되었는지’가 세액을 바꿉니다

수용되는 농지의 양도세는 8년 자경 여부, 용도지역 편입일, 3년 경과 여부, 보상지연 예외, 편입일까지 발생한 소득의 범위를 순서대로 계산해야 합니다.

호원세무회계사무소는 수용보상 양도소득세를 중점 업무로 다루며, 사업인정고시문과 농지 취득·경작자료, 보상 진행 내역을 함께 확인하여 적용 가능한 제도를 정리합니다. 수용 전에 검토한다면 보상금만이 아니라 토지의 이용계획 변경 이력도 준비해 주세요.

관련 글

공익사업용 토지 감면, 2년 요건과 현금·채권 차이: https://howontax.co.kr/insight-public-land-compensation-tax-relief-2026.html

보상금 감면과 비사업용토지 중과는 구분: https://howontax.co.kr/insight-compensation-nonbusiness-land-procedure-2026.html

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소