주택 양도세의 거주기간별 공제와 특례 양도기한 : 2026년 시행 규정·정부 개정안

“집은 10년 넘게 갖고 있었는데, 살았던 기간은 2년 정도입니다. 양도세가 바뀐다면 언제 파는 게 유리할까요?”

이번 주택 양도세 개편에서 먼저 볼 것은 보유기간과 거주기간의 차이입니다. 정부안은 2028년부터 거주기간 공제 비중을 높이고, 2029년부터 주택의 보유기간 공제를 없애는 방향입니다. 다만 이 장기공제 개편은 아직 법률 개정안이며, 조정대상지역 내 일시적 2주택과 상생임대주택 등의 처분기한은 2026년 10월 1일 시행령 개정으로 이미 달라졌습니다.

지금 적용할 처분기한을 먼저 확인한 뒤, 정부안에 따른 향후 세부담을 비교해 보겠습니다.

1. 시행 여부 : 지금 적용할 규정부터 구분합니다

정부는 2026년 8월 3일 세제개편안을 발표했고, 9월 1일 개정법률안의 정부안을 확정했습니다. 정부안 확정은 국회의 법률 통과와 다릅니다. 아래 법률 개정안의 미래 공제율·감면율은 제시된 안을 기준으로 설명한 것입니다.

이 글은 개인의 주택 양도소득세에 집중합니다. 종합부동산세와 법인의 주택 양도 추가과세는 계산 체계가 달라 이번 세액 사례에 합치지 않았습니다.

2. 1세대 1주택 : 보유 10년·거주 2년이면 공제율이 달라집니다

현재 일반적인 1세대 1주택 우대 장기보유특별공제는 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주한 주택에 대해 보유기간과 거주기간을 각각 반영합니다. 보유기간은 연 4%, 최대 40%이고, 거주기간도 연 4%, 최대 40%입니다. 두 공제를 합한 최대 공제율은 80%입니다. 거주 2년 이상 3년 미만인 구간의 거주공제율은 8%입니다.

정부안은 주택에 적용하는 공제의 명칭을 ‘장기거주 소득공제’로 바꾸고, 토지·주택 외 건물 등에 적용하는 ‘장기보유 소득공제’와 나눕니다. 관리처분계획인가 전 주택이었던 조합원입주권도 주택 공제 쪽에 포함하는 안입니다.

보유 10년·거주 10년이면 세 단계 모두 최대 80%에 도달합니다. 반대로 보유기간만 길고 거주기간이 짧으면 줄어드는 보유공제를 거주공제가 채워주지 못합니다. 실제로 계속 거주하면서 양도시기를 늦춘다면 늘어난 거주기간도 반영해 비교해야 합니다.

가상사례 : 24억원 주택의 세액을 끝까지 계산해 보겠습니다

거주자인 개인이 단독 소유한 1세대 1주택을 제3자에게 양도하고, 비과세 요건과 우대 장기공제 요건을 충족한다고 가정합니다. 양도가액은 24억원, 취득가액은 12억원, 취득·양도 관련 인정 필요경비는 6,000만원입니다. 보유 10년·거주 2년, 같은 해 다른 양도는 없으며 세액감면·기납부세액은 없습니다. 제도 차이만 비교하기 위해 각 양도시점에도 가격과 기간을 동일하게 놓았습니다.

전체 양도차익은 24억원에서 취득가액 12억원과 필요경비 6,000만원을 뺀 11억4,000만원입니다. 12억원 초과 고가주택이므로 이 차익에 (24억원 − 12억원) ÷ 24억원을 곱합니다. 과세대상 양도차익은 5억7,000만원입니다. 양도가액의 초과분 12억원 자체에 세율을 곱하는 계산은 아닙니다.

현행 방식의 과세표준에는 38% 세율과 누진공제 1,994만원을 적용해 양도소득세 9,174만2,000원을 계산했습니다. 정부안 두 열의 과세표준에는 40% 세율과 누진공제 2,594만원을 적용했습니다. 이 사례의 지방소득세는 국세의 10%에 해당하고, 공제한도는 계산된 공제액보다 커서 제한이 발생하지 않습니다. 거주기간이 2년이므로 10년 거주자 기본공제 확대도 적용하지 않았습니다.

정부안대로라면 같은 비교조건에서 2029년 총세액은 현행 방식보다 8,012만1,800원 늘어납니다. 실제 매도 판단에서는 이 차이에 앞으로의 거주기간 증가와 예상 매매가격 변동을 함께 넣어야 합니다.

3. 공제금액 한도 : 최대 80%라도 공제액이 제한될 수 있습니다

정부안은 2028년에는 인별 연간 한도와 양도물건별 한도를 각각 20억원, 2029년 이후에는 각각 10억원으로 두는 내용입니다. 공제율이 80%여도 산출된 공제금액에 한도를 적용합니다.

예를 들어 고가주택 비과세 안분을 마친 과세대상 양도차익이 15억원이고 공제율이 80%라면, 비율로 계산한 공제액은 12억원입니다. 2028년 한도 20억원 안에서는 12억원을 공제하지만, 2029년 물건별 한도 10억원을 적용하면 공제액은 10억원이 됩니다. 기본공제 전 양도소득금액은 각각 3억원과 5억원입니다.

공동소유하거나 시기를 나누어 지분을 양도하면 물건별 한도를 지분 또는 분할양도 비율에 따라 안분하는 안입니다. 한 주택을 부부가 반씩 보유했다고 물건별 한도가 두 배로 늘어나는 구조는 아닙니다. 개인별 연간 한도는 같은 해 다른 주택에서 적용한 공제까지 함께 확인합니다.

4. 오래 거주한 1주택 : 기본공제 2,500만원은 별도 혜택입니다

정부안은 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하의 1세대 1주택에 연간 기본공제 2,500만원을 적용하는 내용입니다. 현재 기본공제는 250만원입니다. 30억원 기준은 취득가액이나 공시가격이 아니라 양도가액입니다.

2,500만원 전체가 세금에서 바로 빠지는 것은 아닙니다. 양도차익에서 장기공제를 뺀 양도소득금액에서 공제합니다. 일반 기본공제 250만원을 넘는 추가분은 그 주택의 양도소득에서만 공제하며, 특수관계인 간 양도와 비거주자는 확대 대상에서 제외하는 안입니다. 공동명의에는 인별 적용과 물건별 안분 규정이 함께 제시되어 있습니다.

별도의 가상사례로, 단독명의 거주자가 10년 보유·10년 거주한 1주택을 제3자에게 20억원에 양도한다고 가정하겠습니다. 취득가액은 10억원, 별도 필요경비는 0원, 같은 해 다른 양도·감면·기납부세액은 없습니다. 전체 양도차익 10억원의 고가주택 과세비율은 40%이므로 과세대상 차익은 4억원입니다. 여기서 장기공제 80%인 3억2,000만원을 빼면 양도소득금액은 8,000만원입니다.

이 사례에서 확대되는 소득공제는 2,250만원이고, 국세·지방세를 합한 세액 감소는 594만원입니다. 보유만 10년이고 거주는 2년인 앞 사례에는 이 확대공제를 적용하지 않습니다.

5. 다주택 : 중과세율 완화와 장기공제를 따로 봅니다

현재 조정대상지역의 중과대상 주택은 기본세율에 2주택자는 20%p, 3주택 이상은 30%p를 가산합니다. 정부안은 보유기간 2년 이상인 주택에 대해 2027년과 2028년에 가산 폭을 줄이는 내용입니다.

‘중과 가산세율을 줄인다’는 것은 ‘중과를 배제한다’는 것과 다릅니다. 중과대상 주택은 장기보유특별공제를 적용하지 않는 현행 구조이므로, 위 세율 완화안만으로 일반 장기공제를 함께 적용하지 않습니다. 반대로 비조정대상지역 등 중과대상이 아닌 주택의 일반공제는 별도로 계산합니다.

일반공제 대상 다주택자의 주택은 현행 보유기간 연 2%, 최대 30%입니다. 2028년 정부안에서는 거주 연 2%·최대 30%와 보유 연 1%·최대 15% 중 큰 공제율을 적용하고, 2029년부터는 거주공제만 적용하는 안입니다. 거주공제는 2년 이상 거주한 경우에 적용하고, 3년 이상 보유의 기본요건도 유지하는 내용입니다.

예를 들어 중과대상이 아닌 주택을 10년 보유하고 한 번도 거주하지 않았다면, 비교 공제율은 현행 20%, 2028년안 10%, 2029년안 0%입니다. 따라서 다주택자의 장기공제는 먼저 해당 주택이 중과대상인지 확인한 뒤 계산합니다.

정부안에는 중과가 적용되는 2026년 양도분 중 2년 이상 보유한 주택을 2027년 1월 1일 이후 예정·확정신고할 때 완화세율을 적용하는 특례도 포함되어 있습니다. 이는 확정 법률의 적용례를 확인할 사항이며, 예정신고기한을 넘겨 기다리라는 의미는 아닙니다.

6. 일시적 2주택 : 조정지역 안에서 갈아탔다면 2년을 확인하세요

이 부분은 정부안 설명에 그치지 않습니다. 2026년 10월 1일부터 시행 중인 소득세법 시행령 제155조 제1항과 대통령령 제36737호 부칙 제2조를 적용합니다.

일반적인 일시적 2주택은 종전주택을 취득한 지 1년 이상 지난 뒤 신규주택을 취득하고, 정해진 기간 안에 종전주택을 양도하여 비과세 요건을 충족하는 특례입니다. 신규주택 취득 당시 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있고 새 규정의 적용 대상이라면 처분기간은 신규주택 취득일부터 2년입니다. 그 밖의 경우는 원칙적으로 3년입니다.

새로운 2년 규정은 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고, 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용합니다. 2026년 8월 3일 이전 신규주택이나 취득할 권리를 취득했거나, 그 이전에 매매계약을 체결하고 계약금까지 지급한 사실이 확인되면 종전 3년 규정을 적용합니다. 해당 지역의 조정대상지역 지정 공고 전 취득·계약금 지급에 관한 조문상 예외도 함께 확인합니다.

가령 종전주택의 보유·거주 요건을 갖춘 사람이 두 주택 모두 조정대상지역인 상태에서 2026년 9월 15일 신규주택을 취득했고, 앞의 경과조치가 없다면 종전주택 양도기한은 2028년 9월 15일입니다. 신규주택 계약을 2026년 8월 3일 이전에 체결하고 계약금을 지급한 사실이 입증된다면 3년 적용 여부가 달라집니다.

처분기한은 매매계약서 작성일만으로 판단하지 않습니다. 일반적으로 잔금청산일이 양도일이며, 잔금 전에 소유권이전등기를 했다면 등기접수일을 적용합니다. 두 주택의 취득·계약·잔금일과 당시 지역 지정 여부를 함께 정리해야 합니다.

7. 상생임대주택 : 임대기간을 채웠어도 양도기한이 있습니다

상생임대 특례의 기본요건은 취득 후 직접 체결한 직전 임대차계약에 따른 임대가 1년 6개월 이상이고, 임대보증금·임대료 인상률이 직전 대비 5% 이내인 상생임대차계약에 따라 2년 이상 임대하는 것입니다. 상생계약은 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지 체결하고 임대를 개시해야 하며, 계약금 수령 사실도 증빙해야 합니다. 주택을 매수하면서 승계한 계약은 직전계약 요건에서 제외됩니다.

2026년 10월 1일 시행된 제155조의3은 아래 양도기한을 추가했습니다.

예를 들어 임대기간 종료일이 2027년 8월 31일이면 양도기한은 2028년 8월 31일입니다. 2029년 3월 31일 종료라면 종료 후 1년을 모두 사용할 수 없고 2029년 12월 31일이 최종기한입니다.

이 특례는 해당 규정의 거주기간 제한을 면제하는 제도입니다. 임대한 모든 기간을 실제 거주한 기간으로 바꾸어 최대 80% 공제를 주는 제도는 아닙니다. 양도 시 1세대 1주택 또는 인정되는 특례에 해당하는지, 12억원 초과 고가주택 과세가 있는지도 함께 계산합니다. 적용신고서에 직전·상생 임대차계약서를 첨부하고 계약금·임대료 지급 및 실제 임대기간 자료를 준비합니다.

8. 등록임대 아파트 : 이미 생긴 처분기한과 향후 우대 축소를 나눕니다

현행 시행령 제167조의3은 일정한 종전 단기·장기일반 매입임대 아파트의 중과배제에 양도기한을 두었습니다. 임대등록만 확인하는 것이 아니라 조문이 정한 등록시기·임대기간·가액·임대료 증가율 등 기존 요건을 충족해야 합니다. 해당 요건을 충족하는 조정대상지역 매입임대 아파트의 기본기한은 2027년 12월 31일입니다.

다만 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 자동말소일부터 1년, 2027년 이후 새 조정대상지역으로 지정된 경우는 지정공고일부터 1년 등의 별도기한이 있습니다. 법에서 정한 시기까지 정비사업 인가·지정이 있는 주택은 이전고시일부터 1년 규정을 확인합니다. 기본기한과 적용되는 별도기한 중 가장 늦은 날을 사용하므로 모든 등록임대 아파트를 2027년 말까지 처분해야 한다고 일률적으로 설명할 수 없습니다.

이와 별도로 정부 법률안은 해당 조정대상지역 매입임대 아파트에 2028년 중과 가산폭의 절반과 임대기간 중 양도소득에 대한 장기공제 30%를 적용하는 중간단계를 제시했습니다. 종전 임대기간분 50% 우대와 비교해 축소되는 안이며, 이후에는 이 특별 우대를 없애는 방향입니다. 예외기한이 있는 주택에는 별도 적용기간을 제시하고 있습니다.

50%·30%는 전체 양도차익에 일률 적용할 수치가 아닙니다. 해당 특례의 임대기간 중 양도소득과 그 밖의 기간 소득을 구분해야 합니다. 건설임대·비아파트·도시형생활주택·자진말소 등은 적용조문이 달라 일반 매입임대 아파트와 같은 일정으로 묶지 않습니다.

9. 장기거주·지방이전 : 혜택 확대안에도 요건이 있습니다

고령 1주택자 지방이전 감면안은 양도일 현재 만 65세 이상인 1세대 1주택자가 수도권 주택을 특수관계인 아닌 제3자에게 양도하는 경우를 대상으로 합니다. 총 5년 이상 거주했고 양도 당시 직전 2년간 계속 거주해야 하며, 양도 후 6개월 안에 본인과 배우자가 비수도권으로 주민등록을 옮기고 실제 거주하는 조건입니다.

정부안의 감면율은 2027년 양도분 50%·한도 5억원, 2028년 양도분 30%·한도 3억원입니다. 공동소유·분할양도는 한도를 안분합니다. 단순히 양도세 본세가 1억원으로 계산된 조건에서 한도 제한이 없다면 국세 감면액은 2027년 5,000만원, 2028년 3,000만원입니다. 이 수치에는 지방소득세와 감면에 수반되는 농어촌특별세를 포함하지 않았습니다. 법률 확정 전이므로 이를 총 납부액으로 안내하지 않습니다.

사후관리도 있습니다. 6개월 안에 비수도권으로 이주하지 않거나, 양도 후 5년 안에 본인 또는 배우자가 수도권 주택을 취득·수도권으로 이주하거나, 양도 당시 세대원이 처분한 주택을 다시 사는 경우 등을 감면 환수 사유로 정한 안입니다. 사유 발생 시 2개월 안에 감면세액과 이자상당가산액을 납부하는 내용이 포함되어 있습니다.

지방 세컨드홈은 기존 1주택자가 법정 지역·가액 요건을 갖춘 주택을 추가 취득했을 때 기존주택에 1주택 특례를 유지하는 제도입니다. 지방주택 자체까지 모두 비과세하는 것은 아닙니다. 정부안은 2027년 이후 취득분에 대해 다음 범위를 확대하고 취득기간을 2029년 말까지 연장합니다.

종전주택과 같은 시·군·구에 있는 주택은 제외하는 조건도 유지합니다. 표의 가액은 매매가격이 아닌 공시가격 기준입니다. 2026년 취득분에는 현행 지역·가액 규정을 적용하고, 추가되는 지역을 임의로 전국의 모든 지방도시로 넓히지 않습니다.

10. 과거 임대·미분양 특례 : 해당 조문에만 최종 양도기한을 두는 안입니다

정부안은 과거에 도입한 특정 임대·미분양주택 특례에도 양도기한을 추가합니다. 일반 임대주택 전체에 같은 기한이 생기는 것은 아닙니다.

주택의 신축·취득연도와 임대개시일이 해당 조문의 대상기간에 들어가야 하므로, 현재 등록임대주택이라는 이유만으로 표의 특례를 적용하지 않습니다. 각각의 기존 감면율과 면적·호수·기간 요건은 유지하면서 최종 처분기한 또는 적용대상을 조정하는 내용입니다.

11. 실제로 살지 못한 기간 : 공제율 계산에서만 인정하는 보완안입니다

거주 중심 개편안에는 다음 보완규정도 포함되어 있습니다. 적용 제안은 2028년 이후 양도분입니다.

부득이한 이전에는 고등·대학교 취학, 직장변경·전근, 국외 취학·근무, 학교폭력에 따른 전학, 60세 이상 직계존속 동거봉양 합가 등 법정 사유가 제시되어 있습니다. 단순히 다른 집에 살았다는 이유로 인정되는 것은 아닙니다. 정비사업은 인가 전 철거 여부와 기준일, 기존건물분·청산금납부분을 구분해 계산하는 안입니다.

위 인정기간은 장기거주 공제율을 계산하는 데 사용하는 기간입니다. 취득 당시 조정대상지역 주택의 비과세를 위한 2년 거주요건이나 1주택 우대공제 자격의 2년 거주요건까지 대신 채워주는 내용은 아닙니다. 주민등록만 옮겼고 실제 거주하지 않았다면 실제 사실에 맞추어 판단합니다.

또한 정부안은 2028년 이후 주택을 상가 등 주택 외 용도로 바꾸어 양도하는 경우, 공제 계산용 기간을 ‘주택일 때 실제 거주한 기간 + 주택 외로 보유한 기간’으로 산정합니다. 양도시점에 용도변경 전 주택이 다주택자의 조정대상지역 중과주택에 해당한다면 주택 외로 보유한 기간만 인정하는 내용입니다. 용도변경만으로 비거주 주택 보유기간 전체를 일반 건물 공제기간으로 옮기는 방법에는 제한을 두는 안입니다.

12. 매도를 준비하는 순서 : 기한·거주기간·금액을 함께 계산합니다

매도를 준비할 때는 먼저 현재 적용받는 비과세·중과배제 특례의 양도기한을 확인하고, 그 기한 안에서 실제 거주기간과 예상 매매금액을 넣어 세액을 비교하는 것이 좋습니다. 거주기간이 짧은 장기보유 주택과 10년 이상 거주한 1주택은 판단 방향이 달라집니다.

상담 때에는 세대원의 주택·입주권·분양권 보유현황, 취득·예상 양도계약서와 잔금일, 주민등록초본과 실제 거주자료, 필요경비 영수증을 준비해 주시면 됩니다. 임대주택은 등록·말소 내역과 전체 임대차계약서, 임대료 증액내역을 함께 확인합니다. 갈아타기 주택은 2026년 8월 3일 전후의 계약금 지급자료가 경과조치 판단에 직접 연결됩니다.

현재 조건으로 예상 양도소득세를 먼저 비교하려면 호원 양도소득세 간편 계산기에서 양도가액·취득가액·필요경비·보유기간·주택 수·거주기간을 입력해 참고 계산해 보실 수 있습니다. 계산기는 현재 조건에 따른 사전 비교에 사용하고, 정부안의 미래 공제율과 복합 임대특례는 본문의 가정과 별도 계산으로 확인합니다.

실제 신고대행이나 계산내용 검토를 원하시면 홈페이지 상담폼에 예상 양도일과 ‘계산 검토’ 또는 ‘양도세 신고대행’ 희망 범위를 적어 주세요. 계산 결과는 먼저 저장해 검토하실 수 있고, 상담을 접수하시면 업무 범위·보수·필요자료·일정을 협의합니다.

집을 언제 팔 것인지 결정할 때에는 ‘오래 보유했으니 공제를 많이 받는다’는 기준에 실제 거주기간과 특례기한을 함께 더해야 합니다. 이미 시행된 처분기한은 지금 관리하고, 향후 장기공제와 감면은 확정 법률의 적용시기에 맞추어 다시 계산하면 됩니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소