직원 건강보험료는 왜 4월 급여에서 추가 공제되거나 환급되나요?

“직원 건강보험료는 왜 4월 급여에서 추가 공제되거나 환급되나요?”

직장가입자인 임직원의 건강보험료는 매월 신고된 보수월액을 기준으로 우선 부과하고, 다음 해에 확정되는 실제 보수총액을 기준으로 다시 계산하여 정산합니다. 일반적으로 사업장은 매년 3월 31일까지 전년도 보수총액을 국민건강보험공단에 신고하며, 정산 결과는 4월분 건강보험료에 반영됩니다.

연중 급여가 인상되거나 상여금이 지급되어 실제 보수총액이 기존 보험료 산정에 반영된 금액보다 많으면 부족하게 납부한 보험료를 추가 징수합니다. 반대로 실제 보수총액이 적으면 초과 납부한 보험료를 환급하거나 당월 보험료에서 차감합니다.

예를 들어 2025년에 지급한 급여와 상여금은 2026년 4월 건강보험료 정산에 반영됩니다. 이때 건강보험료와 장기요양보험료를 함께 정산하며, 일반적인 보수월액보험료의 정산 차액은 근로자와 사업주가 각각 50%씩 부담하거나 환급받습니다.

다만 연도 중 퇴사한 임직원은 다음 해 4월까지 기다리지 않고 퇴직 시점에 해당 사업장에서 지급한 실제 보수총액을 기준으로 건강보험료를 정산합니다. 따라서 사업장은 매년 4월 정기정산뿐 아니라 퇴직자의 마지막 급여에서도 건강보험료 정산액을 함께 확인해야 합니다.

1. 3월 보수총액 통보와 4월 정산 : 소득세 연말정산과 다릅니다

2026년 10월 1일부터 보수총액 통보기한이 매년 3월 10일에서 3월 31일로 연장됐습니다. 따라서 2026년 귀속 보수를 2027년에 정산할 때에는 원칙적으로 2027년 3월 31일까지 근로자별 보수총액과 근무기간 등을 공단에 통보합니다. 국세청에 제출한 근로소득 간이지급명세서로 필요한 사항이 확인되면 통보한 것으로 보지만, 누락·오류 등으로 확인할 수 없다면 별도 보완이 필요합니다. 기존 4월 보험료 정산 일정은 유지됩니다.

소득세 연말정산은 세금 공제와 과세표준을 계산하는 절차이고 건강보험료 연말정산은 실제 보수에 보험료율을 적용해 월별 납부액 차이를 조정하는 절차입니다.

2. 산정 대상 : 급여와 상여를 합산하고 비과세 소득은 구분합니다

건강보험 보수에는 근로의 대가인 급여·상여·수당 등이 들어갑니다. 다만 퇴직금, 법에서 정한 비과세 근로소득 등은 보수월액에서 제외하는 규정이 있어 세무상 지급총액을 무조건 보수총액으로 쓰지는 않습니다.

예를 들어 연말상여가 큰 직원은 매월 급여로 보험료를 낸 뒤 이듬해 4월에 추가 정산액이 발생할 수 있습니다. 식대·출장비 등도 이름만으로 비과세를 결정하지 않고 소득세법상 요건과 실제 지급내용에 따라 분리해야 합니다.

3. 가상사례 : 월 350만원으로 냈지만 실제 보수는 월 400만원이었다면

2026년 1~12월 내내 직장가입자였던 직원이 공단에 월 350만원으로 신고되어 있었으나 실제 건강보험 대상 총 보수는 4,800만원이라고 가정하겠습니다. 2026년 건강보험료율은 7.19%입니다.

실제 월평균 보수 400만원과 신고월 보수 350만원의 차이는 50만원입니다. 월 건강보험료 차액은 50만원×7.19%=35,950원이고, 연간 12개월 차액은 431,400원입니다. 근로자와 회사 부담액은 각각 215,700원입니다.

장기요양보험료 차이도 월 50만원×0.9448%=4,724원, 연 56,688원으로 계산되고 근로자·사용자는 각각 28,344원을 부담합니다. 따라서 이 단순 가정에서 근로자 추가 부담 총액은 건강보험 215,700원+장기요양 28,344원=244,044원입니다. 실제 고지서는 원 단위 절사·공단 산정·경감 등을 반영합니다.

4. 퇴사한 직원 : 4월까지 기다리지 않고 퇴직 정산을 합니다

직원이 연중 퇴직하면 실제 근무기간의 보수총액을 기준으로 퇴직 정산을 합니다. 회사는 건강보험 자격상실 신고와 보수총액·근무기간 자료를 함께 확인하고, 근로자가 부담할 추가 보험료나 환급액을 마지막 급여와 정산합니다.

퇴직정산을 완료한 근로자를 다음 해 4월에 재차 같은 근무기간분으로 중복 정산하지 않도록 이미 처리한 내역을 보관합니다.

5. 추가 정산액이 크다면 : 분할납부와 급여명세를 확인합니다

공단이 추가 보험료를 부과하는 경우 일정 요건에 따라 분할납부가 가능합니다. 회사는 공단 고지서의 신청 대상과 납부방법을 확인한 뒤 근로자 부담액을 급여명세서에 별도 항목으로 표시합니다.

매달 신고한 보수월액이 실제 급여와 오래 차이 나지 않도록 임금이 큰 폭으로 변경된 직원은 보수월액 변경신청 대상인지 함께 확인하면 다음 연도 정산액을 줄이는 데 도움이 됩니다.

월급·비과세 급여를 바꾸면서 근로자와 사업주 부담의 예상 보험료·실수령액을 참고 계산하려면 호원 급여·4대보험 간편계산기를 활용할 수 있습니다. 단, 전년도 정산차액이나 대표 사업소득 보수월액을 직접 계산하는 기능으로 소개하는 것은 아닙니다.

마무리 : 직원 건강보험료는 왜 4월 급여에서 추가 공제되거나 환급되나요?

직장가입자인 임직원의 건강보험료는 전년도 보수총액을 기준으로 다시 계산하므로 대체로 4월분 보험료에서 차액을 정산합니다. 상여·급여인상 등으로 확정보수가 커지면 추가 징수하고, 낮아지면 환급합니다. 건강보험료의 근로자·사용자 부담은 각각 50%이고 장기요양보험료도 함께 정산합니다.

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세무사 최영환 | 호원세무회계사무소