의료법인 진료사업 인건비·의약품비도 공익목적사업 사용실적에 포함되나요?

“공익법인이 운영하는 병원의 급여와 의약품비도 직접 공익목적사업에 쓴 돈으로 인정되나요?” 의료법인 전문 세무사를 찾으시는 담당자라면 운용소득 사용실적 계산과 법인세상 수익사업 구분을 나누어 보셔야 합니다.

의료법인이 정관상 고유목적사업으로 진료사업을 하고 있다면 의료인력 인건비, 의약품비, 진료재료비 등 직접 진료에 사용된 금액은 운용소득의 직접 공익목적사업 사용실적에 포함됩니다. 법인세법상 진료사업이 수익사업에 해당한다는 이유만으로 제외하지 않습니다. 실제 지출이 정관상 진료사업 수행과 직접 연결되는지와 그 증빙을 확인하는 것이 핵심입니다.

1. 실무사례 : 진료사업이 수익사업이어서 비용을 빼고 신고했습니다

이번 국세청 질의회신의 법인은 보건복지부 소관 공공의료기관으로, 환자 진료와 공공의료 지원·감염병 대응 업무를 수행했습니다. 이전 운용소득 사용실적을 계산할 때 진료사업이 법인세법상 수익사업이라는 이유로 인건비와 의약품비·진료재료비를 제외했습니다. 그 결과 사용기준금액에 미달해 가산세를 신고·납부했고, 뒤에는 직접 진료비용을 포함해야 한다는 취지로 경정청구했습니다.

2. 국세청 회신 : 직접 진료·치료 비용은 사용실적에 포함됩니다

국세청은 정관상 고유목적사업인 진료사업을 수행하기 위하여 지출한 의료인력 인건비, 의약품비, 진료재료비와 그 밖에 환자의 진료·치료에 직접 소요되는 비용을 운용소득의 직접 공익목적사업 사용실적에 포함한다고 답했습니다. 이 판단은 정관상 목적과 실제 비용 사용을 함께 보는 것입니다. 병원에서 지출했다는 이유만으로 임대사업·매점 운영비 등 다른 사업에 쓴 금액까지 인정된다는 뜻은 아닙니다.

3. 법령 기준 : 운용소득 80% 사용기준금액을 어떻게 계산하나요?

상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제5호와 시행령 제38조 제5항에 따라 공익법인은 관련 계산식으로 산정한 운용소득의 80%에 상당하는 사용기준금액을 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다. 이때 운용소득은 단순 현금입금액과 같지 않습니다. 해당 규정의 수익사업 소득금액, 출연재산 수익원천에서 발생한 소득, 세금·이월결손금 등의 차감요소를 반영해 계산합니다. 직전 사업연도의 미사용분을 더해야 하는 경우도 있습니다. 제38조 제6항은 원칙적으로 해당 사업연도 종료일부터 1년 이내 사용실적을 보며, 요건에 따른 5년 평균 계산도 규정합니다.

4. 가상사례 : 진료비용을 추가하면 사용기준금액을 충족하는 경우

설명을 위해 가정하겠습니다. 한 의료법인의 해당 사업연도 운용소득이 관련 법령에 따라 이미 1억원으로 확정되어 사용기준금액은 8,000만원입니다. 기존에 사용실적으로 반영한 금액이 7,000만원이고, 실제 진료사업에 직접 사용한 비용 1,500만원을 누락했다면 합산 사용실적은 8,500만원입니다. 7,000만원 + 1,500만원 = 8,500만원이므로 사용기준금액 8,000만원을 500만원 초과합니다. 이 비교는 가산세 환급액 자체를 계산한 것이 아니라 직접 사용실적의 재산정 예시입니다. 이미 가산세를 납부한 경우 해당 연도 규정과 경정청구기간에 따라 다시 계산해야 합니다.

5. 결산·경정청구 준비자료 : 실제 지출을 어떻게 확인하나요?

정관·목적사업 규정, 의료인력별 급여대장과 근무배치표, 의약품·진료재료비 구매명세 및 세금계산서, 진료부서의 사용내역, 의료장비 사용기록을 연결해 둡니다. 공통 관리비는 직접 진료와 다른 사업에 귀속되는 금액을 구분할 수 있는 사용시간·면적 등 배부근거를 남깁니다. 과거 신고에서 비용을 제외했다면 최초 운용소득 계산표·사용실적 명세서·가산세 납부 내역을 다시 대조합니다.

6. 결론 : 진료사업 비용의 직접 관련성을 기준으로 다시 계산합니다

이번 회신은 의료법인이 실제 진료·치료에 직접 지출한 비용을 운용소득 직접 공익목적사업 사용실적으로 인정한 사례입니다. 과거에 진료사업의 수익사업 분류만을 이유로 비용을 제외했다면 사용실적 재계산과 경정청구기한을 함께 확인해 보시기 바랍니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소