종합소득세 기한후신고의 대상·감면기간·세액 계산

“작년 사업소득이 있었는데 5월에 종합소득세 신고를 못 했습니다. 지금 신고하면 어떻게 처리되고 가산세는 얼마나 나오나요?”

신고의무가 있었지만 신고서를 제출하지 않은 경우라면 기한후신고가 출발점입니다. 2025년 귀속 종합소득세의 일반 신고·납부기한은 2026년 6월 1일이었고, 성실신고확인서 제출자는 6월 30일입니다. 개별 납부기한이 연장된 사업자는 실제 연장된 기한을 별도로 적용합니다.

1. 신고 구분 : 기한후신고는 신고서를 제출하지 않았을 때 합니다

「국세기본법」 제45조의3 제1항에 따라 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않았다면 관할 세무서장이 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지 기한후신고서를 제출할 수 있습니다.

신고의무가 면제되는 근로소득 연말정산 완료자 등은 처음부터 종합소득세 신고가 필요한지 구분해야 합니다. 사업소득과 근로소득 등 합산 대상이 있으면 그 과세기간 전체 소득을 기준으로 신고합니다.

2. 감면기간 : 빨리 신고할수록 무신고가산세가 줄어듭니다

일반 무신고가산세는 「국세기본법」 제47조의2에 따라 무신고납부세액의 20%입니다. 복식부기의무자는 수입금액의 0.07%와 일반 무신고세액의 20%를 비교하는 별도 최저기준이 있으므로 아래 단순사례와 구분합니다. 부정행위에 따른 무신고에는 별도의 중한 가산세율이 적용됩니다.

이 감면은 무신고가산세에 대한 것입니다. 세무조사가 시작된 사실을 알게 된 후 신고하는 등 시행령 제29조의 감면 제외 사유에 해당하면 같은 감면을 적용할 수 없습니다. 납부지연가산세는 감면 비율과 별도로 계산합니다.

3. 가상사례 : 국세 200만원을 한 달 이내에 기한후신고하면?

2025년 귀속 종합소득세의 일반 납부기한이 2026년 6월 1일인 개인사업자 A씨를 가정합니다. A씨는 복식부기의무자에 해당하지 않고, 원천징수·중간예납 등 기납부세액을 차감한 뒤 원래 납부할 국세가 200만원입니다. 2026년 6월 20일에 기한후신고와 납부를 모두 마쳤으며, 기한 연장이나 부정행위는 없다고 가정합니다.

납부지연가산세의 위 18일은 법정납부기한 다음 날인 6월 2일부터 실제 납부일 전날인 6월 19일까지를 계산한 기간입니다. 2026년 6월 30일 이전에 지정납부기한이 경과한 사례라 종전의 일 단위 계산을 적용했습니다. 개인지방소득세는 국세와 별도 신고·납부하며 지방세 가산세도 별도로 산정합니다.

4. 납부와 제출 : 종합소득세 자료를 다시 모아 신고합니다

기한후신고를 할 때에는 홈택스에서 해당 귀속연도의 종합소득세 기한후신고 메뉴를 선택하거나 관할 세무서에 신고서를 제출합니다. 수입금액, 장부 또는 적법한 경비율에 따른 필요경비, 다른 종합소득, 소득공제·세액공제, 이미 낸 세금을 순서대로 반영합니다.

사업소득자는 매출자료와 카드·현금영수증, 계좌거래, 인건비 지급내역, 장부 등으로 신고할 소득금액을 계산합니다. 단순경비율 적용 여부는 해당 귀속연도와 직전연도 수입금액 등의 요건에 따라 정하므로 신고가 늦었다는 이유만으로 임의 선택하지 않습니다.

신고서를 제출하는 것과 납부가 끝나는 것은 서로 다릅니다. 신고 후 계산된 세금을 납부하고, 개인지방소득세 신고도 별도로 처리해야 세목별 누락을 막을 수 있습니다.

5. 신고 뒤 : 결정통지와 수정·경정 절차를 구분합니다

기한후신고 후 새로 누락 매출을 발견해 본래 신고한 세액보다 늘어난다면 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고 대상이 될 수 있습니다. 반대로 증빙 누락 때문에 세액을 과다 신고했다면 제45조의2의 경정청구 요건을 살펴봅니다. 기한후신고도 이들 후속 절차의 출발점이 될 수 있습니다.

종합소득세 신고를 놓쳤다면 우선 실제 신고의무와 귀속연도를 확인하고, 필요한 수입·비용 자료를 갖춰 기한후신고 및 납부를 진행하시면 됩니다. 이후의 통지는 실제 신고·결정 상태에 따라 대응합니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소