임대기간의 간주임대료와 상가·임대사업 이전 거래의 부가세 구분

“임차인이 있는 상가를 매도하려고 합니다. 포괄양수도 계약으로 넘기면 보증금에 대한 부가세도 따로 계산하지 않아도 되나요?”

상가를 넘기는 거래와 그전까지 임대한 거래는 나누어 정산합니다. 사업의 양도에 해당하여 건물 이전에 부가세를 주고받지 않더라도, 양도 전 월세와 보증금 간주임대료까지 없어지는 것은 아닙니다.

1. 임대기간 정산 : 월세와 보증금을 따로 계산합니다

상가 임대보증금은 나중에 돌려줄 돈이므로 보증금 원금 전부를 임대 매출로 신고하지 않습니다. 대신 보증금을 보유한 기간에 대해 법정 이자율로 계산한 금액을 임대용역의 공급가액에 포함합니다. 이를 간주임대료라고 합니다.

2026년 부가가치세 간주임대료의 정기예금이자율은 연 3.1%입니다. 보증금이 변하지 않았다면 다음과 같이 계산합니다.

간주임대료 = 임대보증금 × 3.1% × 해당 기간 일수 ÷ 365

윤년에는 366일을 사용합니다. 중간에 보증금이 바뀌었다면 각 잔액에 그 잔액이 유지된 일수를 곱해 합산합니다. 이미 ‘보증금 적수’로 계산한 금액은 잔액에 일수를 곱한 것이므로, 여기에 일수를 다시 곱하지 않습니다.

간주임대료는 월세와 함께 부가세 과세표준에 넣지만, 간주임대료 부분은 세금계산서 발급 대상에서 제외됩니다. 월세 세금계산서와 신고서상 임대 수입을 대조할 때 이 차이를 구분합니다.

2. 가상사례 : 보증금 1억원, 7~9월 92일의 부가세

이번 사례는 해당 기간 부가세 신고 대상인 일반과세 법인입니다. 2026년 7월 1일부터 9월 30일까지 보증금 1억원이 유지되고, 월세는 부가세 별도 300만원씩 3개월, 공제 가능한 매입세액은 20만원입니다. 다른 매출·공제·기납부세액은 없습니다. 간주임대료와 세액은 원 미만을 버리고 최종 납부금액은 10원 미만을 버리는 비교 계산입니다.

이후 임대사업을 양도하더라도 이 기간의 임대 매출과 세액은 위와 같이 신고합니다. 양도·승계일을 기준으로 어느 당사자가 얼마의 보증금을 실제 보유하고 임대용역을 제공했는지 계약과 정산자료를 맞춥니다.

소득세·법인세의 임대보증금 관련 계산은 부가가치세와 별도 규정입니다. 위 781,369원을 검토 없이 소득세나 법인세의 간주임대료로 그대로 옮기는 방식은 사용하지 않습니다.

3. 사업 양도 : 부동산과 임대사업 전체의 이전을 구분합니다

부가가치세법 제10조 제9항 제2호와 시행령 제23조에 따른 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 거래입니다. 요건을 충족하면 건물의 이전을 ‘재화의 공급’으로 보지 않습니다. 토지처럼 면세재화를 파는 것과는 법적 처리가 다릅니다.

임대사업이라면 건물뿐 아니라 임대차, 보증금 반환채무, 임대 운영에 관한 권리·의무가 실제로 어떻게 넘어가는지 확인합니다. 법령은 미수금·미지급금 등 일부 항목을 제외하여도 사업의 양도로 인정하는 범위를 정하고 있으므로, 모든 채권·채무가 하나도 빠짐없이 이전되어야만 하는 것은 아닙니다.

계약서 제목을 ‘포괄양수도’라고 적었다는 사정만으로 결정되지 않습니다. 반대로 임대차 조건을 일부 조정했다는 이유만으로 언제나 사업 양도가 부인되는 것도 아닙니다. 양도 시점에 임대사업의 동일성을 유지한 채 포괄 승계했는지가 핵심입니다.

4. 양수인의 업종 : 나중에 업종을 바꾸면 무조건 과세될까요?

시행령 제23조는 양수인이 승계받은 사업 외에 새 사업을 추가하거나 사업 종류를 변경한 경우도 사업의 양도 범위에 포함한다고 정합니다. 따라서 적격 사업 양도가 이루어진 뒤 양수인의 업종이 바뀌었다는 사실만으로 당초 양도를 일률적으로 과세하지 않습니다.

다만 양도 전에 임대차를 모두 끝내고 사업의 권리·의무 없이 빈 건물만 인도한 거래라면, 임대사업을 포괄 승계한 거래와는 다릅니다. 매매 때 실제로 넘긴 대상이 부동산 자체인지 운영 중인 사업인지 구분해야 합니다.

양수인의 사업자등록은 양수 후 신고와 매입세액 공제에도 중요합니다. 그렇지만 ‘잔금일 전에 일반과세 임대사업자등록을 했는지’ 하나만으로 포괄 양도의 성립 여부를 정하지는 않습니다.

5. 잔금 비교 : 같은 10억원 매매라도 부가세 4,000만원이 달라집니다

별도 가상사례입니다. 법정 안분기준에 맞게 정한 토지가액은 6억원, 건물가액은 4억원이며 모두 부가세 별도입니다. 매수인이 임차보증금 반환채무 1억원을 승계하고, 다른 기지급 계약금·중도금은 없다고 가정합니다. 아래 매매 거래 자체에는 공제할 매입세액·세액공제가 없으며, 양도 전 임대기간의 세액은 앞 사례와 별도로 계산합니다.

사업 양도는 양도 전 임대소득의 비과세가 아니라 건물 이전 거래의 처리입니다. 앞의 7~9월 임대기간 납부세액 778,130원은 사업 양도 여부와 별도로 남습니다.

자산 양도에서는 토지는 면세이고 건물은 원칙적으로 과세합니다. 보증금 1억원을 인수하여 현금 잔금이 줄어도 건물분 공급가액에서 보증금을 다시 빼지 않습니다. 매수인의 건물분 매입세액 공제는 실제 과세사업 사용과 적격 세금계산서 등 요건을 따로 적용합니다.

6. 계약서와 신고 : 대가·승계·부가세를 같은 기준으로 적습니다

계약 전에 토지·건물 가액의 법정 안분, 부가세 포함·별도 여부, 임대차와 보증금 반환채무의 승계, 월세와 관리비 정산일을 맞춥니다. 사업 양도의 실질이 확인되면 그에 맞춰 공급 제외로 처리하고, 자산 양도라면 건물분 세금계산서와 매출세액을 반영합니다.

양도인이 폐업하는 경우에는 원칙적으로 폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일까지 폐업 확정신고합니다. 영업을 계속하는 다른 사업이 있는지, 사업장별로 어떤 등록을 정리하는지에 따라 신고를 연결합니다. 신고기한이 공휴일이면 국세기본법상 기한 규정을 적용합니다.

상가 양도 정산은 ‘포괄양수도라고 써 두었는지’보다 실제로 무엇을 넘겼는지에서 출발합니다. 양도 전 임대기간의 간주임대료를 계산하고, 건물 이전의 부가세 여부와 보증금 승계를 나누어 정리하면 잔금과 신고세액을 함께 맞출 수 있습니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소