병·의원 세무에서 자주 틀리는 두 가지: 과·면세 안분과 페이닥터 NET 급여

미용·성형 과세 의료용역과 근로소득세 대납의 그로스업 실무

작성: 호원세무회계사무소 최영환 세무사 · 검토기준일: 2026.10.05.

병·의원은 같은 의료기관 안에서도 면세 의료용역과 부가가치세가 과세되는 미용·성형 목적 진료가 함께 발생할 수 있고, 봉직의 급여를 세후 실수령액 기준으로 약정하는 NET 계약도 자주 사용됩니다. 두 영역 모두 장부상 숫자만 맞추는 것이 아니라 진료항목의 과세구분과 급여계약의 실질을 정확히 반영해야 합니다.

오늘의 결론 과·면세 겸영 병의원은 매입세액의 실지귀속을 먼저 구분하고, 구분이 어려운 공통매입세액만 안분해야 합니다. NET 급여는 실수령액만 급여로 신고하는 것이 아니라 병원이 부담하기로 한 근로자 부담 세금 등을 반영해 총급여를 역산해야 합니다.

1. 의료용역이라고 모두 부가가치세가 면세되는 것은 아닙니다

의사가 제공하는 의료보건용역은 원칙적으로 부가가치세 면세 대상이지만, 법령에서 정한 일부 미용·성형 목적 진료는 면세대상에서 제외됩니다. 예를 들어 쌍꺼풀수술·코성형·지방흡인·주름살제거·치아미백·라미네이트, 일부 피부미용 관련 시술 등은 과세 여부를 별도로 확인해야 합니다.

따라서 같은 피부과·치과·성형외과라도 진료항목별로 과세와 면세를 구분해 매출을 관리하는 체계가 필요합니다.

2. 공통매입세액은 ‘과세매출 비율만큼 공제’가 기본이지만 순서가 있습니다

부가가치세법은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 먼저 매입세액의 실지귀속을 구분하도록 합니다. 과세진료에만 사용된 재화·용역의 매입세액은 원칙적으로 공제 대상이고, 면세진료에만 사용된 매입세액은 공제되지 않습니다.

인테리어·임차료·공용장비처럼 실제 귀속을 구분하기 어려운 부분만 ‘공통매입세액’으로 보고, 총공급가액 중 면세공급가액 비율 등에 따라 안분합니다. 예정신고 때 안분한 금액은 확정신고 때 정산할 수 있습니다.

3. 페이닥터 NET 계약은 ‘실수령액 = 총급여’가 아닙니다

NET 계약은 예를 들어 “월 실수령액 1,500만원을 보장한다”는 방식입니다. 이때 근로자가 부담해야 할 근로소득세 등을 병원이 대신 부담하기로 했다면, 국세청 기본통칙과 질의회신상 그 대납액은 근로자의 근로소득으로 보는 것이 원칙입니다.

실무상 핵심 세후 실수령액을 먼저 정했다면, 원천세와 근로자 부담분 등을 역산해 세전 총급여(Gross) 를 계산한 뒤 원천징수 신고와 급여대장을 일치시키는 작업이 필요합니다.

반대로 원천징수해야 할 세금을 근로자에게서 징수하지 않고 사업주가 단순히 대신 납부한 금액은 필요경비 인정에도 문제가 생길 수 있습니다. 계약서·급여대장·원천징수이행상황신고서가 서로 다른 기준으로 작성되지 않도록 주의해야 합니다.

4. 사업장현황신고와 부가세 신고의 연결

면세 의료업을 영위하는 사업자는 원칙적으로 다음 연도 2월 10일까지 사업장현황신고를 합니다. 과세·면세를 겸영하는 사업자는 부가가치세 신고 과정에서 면세사업 수입금액 등을 함께 신고하는 구조도 있으므로 사업자 유형에 따라 제출의무를 구분해야 합니다.

5. 병·의원 월별 체크리스트

과세·면세 진료코드 분리

카드·현금·보험·비보험 매출 대사

과세전용·면세전용·공통 매입 구분

공통매입세액 안분 및 확정신고 정산

NET 급여 세전 역산표와 원천세 일치 여부

퇴직·연말정산 시 NET 계약 정산기준 확인

병의원 세무는 매출누락 여부만 보는 일이 아닙니다. 진료항목별 과세구분과 인건비 신고구조를 월별로 정리해 두면 부가가치세·원천세·종합소득세 신고 때 발생할 수 있는 큰 수정사항을 줄일 수 있습니다.