재개발·재건축 입주권 양도와 대체주택 비과세, 서로 다른 규정입니다

조합원입주권 자체 양도·종전주택 양도·대체주택 양도를 구분해서 보는 방법

작성: 호원세무회계사무소 최영환 세무사 · 검토기준일: 2026.10.05.

재개발·재건축 세무상담에서 가장 자주 생기는 오류는 ‘입주권 비과세’라는 표현 하나로 여러 규정을 섞어서 이해하는 것입니다. 실제로는 ① 조합원입주권 자체를 파는 경우, ② 주택과 입주권을 함께 보유하다 종전주택을 파는 경우, ③ 공사기간에 거주한 대체주택을 파는 경우가 서로 다른 규정입니다.

오늘의 결론 계약 전에 먼저 “무엇을 양도하는지”부터 구분해야 합니다. 입주권을 파는 것인지, 종전주택을 파는 것인지, 대체주택을 파는 것인지에 따라 적용 조문과 기한이 달라집니다.

1. 조합원입주권 ‘자체’를 양도하는 경우

소득세법 제89조 제1항 제4호는 일정한 조합원입주권 양도소득에 비과세 규정을 두고 있습니다. 관리처분계획인가일 등 기준시점에 종전주택이 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하는 주택이어야 하고, 양도일 현재 보유현황에 따라 요건을 판단합니다.

입주권 외 다른 주택·분양권이 없는 경우: 법정 요건을 충족하면 비과세 검토가 가능합니다.

입주권 외 1주택을 보유한 경우: 분양권을 보유하지 않으면서 그 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 입주권을 양도하는 등의 요건을 확인합니다.

입주권 양도가액이 12억원을 초과하는 경우에는 고가주택과 유사하게 전액 비과세로 끝나는 구조가 아니므로 별도 계산이 필요합니다.

2. ‘종전주택’을 양도하는 일시적 1주택+1입주권 특례

국내 1주택을 보유한 세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득해 일시적으로 1주택과 1입주권을 보유하게 된 경우, 일정 요건을 갖추면 종전주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 검토할 수 있습니다.

대표적인 기본형은 종전주택 취득 후 1년 이상 지난 뒤 입주권을 취득하고, 입주권 취득일부터 3년 이내 종전주택을 양도하는 경우입니다. 3년을 넘기는 경우에도 신축주택 완공 후 이사·거주 및 종전주택 양도기한을 충족하는 별도 특례가 있으므로 일정표를 따로 작성해야 합니다.

주의: 이 규정은 ‘입주권을 3년 이내 파는 규정’이 아니라, 원칙적으로 종전주택을 양도할 때 적용하는 특례 입니다.

3. 공사기간에 산 ‘대체주택’을 양도하는 경우

대체주택 특례는 정비사업 시행기간 중 거주하기 위해 별도의 주택을 취득한 경우에 적용됩니다. 현행 시행령상 핵심요건은 다음과 같습니다.

취학·근무·질병 등 법령상 부득이한 사유에는 별도 예외가 있을 수 있으므로 세대원 전원이 실제 이사하지 못하는 경우에는 사전에 검토해야 합니다.

4. 정비사업 양도세는 ‘날짜표’부터 만드는 것이 안전합니다

재개발·재건축 상담에서는 다음 날짜를 한 줄로 정리한 뒤 적용 규정을 판단합니다.

종전주택 취득일

사업시행인가일

관리처분계획인가일

조합원입주권 취득일 또는 발생일

대체주택 취득일·전입일

신축주택 완공일·전입일

각 자산의 예정 양도일

같은 ‘재건축 아파트’라도 어느 단계에서 무엇을 파는지에 따라 결과가 크게 달라집니다. 계약서를 쓰기 전에 양도 대상과 날짜를 먼저 정리해 비과세 요건을 검토하는 것이 가장 안전합니다.