공공용지 대토보상에 과세특례 적용 시 일부는 세액감면을, 나머지는 과세이연을 각각 적용할 수 있는지 여부 등

“대토보상으로 받을 금액 중 절반은 40% 감면을 받고, 나머지 절반은 과세이연하면 안 되나요?” 결론부터 말씀드리면, 같은 대토보상 부분에는 둘 중 하나를 선택합니다. 다만 보상 전체가 현금과 대토로 나뉘어 있다면 각 부분에 서로 다른 규정을 적용할 수 있습니다.

1. 핵심 답변 : 같은 대토보상 부분은 감면과 과세이연 중 하나를 선택합니다

토지를 공익사업 시행자에게 넘기고 보상금의 일부를 현금이 아니라 사업지구에서 조성한 토지로 받는 경우가 있습니다. 이를 세법과 토지보상법에서는 대토보상이라고 합니다.

현행 조세특례제한법 제77조의2는 요건을 갖춘 대토보상 부분에 대해 “양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다”고 규정합니다. 여기서 핵심은 “감면받거나”입니다. 같은 대토보상 부분을 둘로 쪼개 한쪽에는 40% 감면, 다른 쪽에는 과세이연을 적용하는 방식이 아니라 둘 중 하나의 방식을 선택하는 구조입니다.

조세심판원 조심-2025-서-2897 결정도 같은 취지입니다. 청구인은 같은 토지의 대토보상에 대해 일부는 세액감면, 나머지는 과세이연을 각각 적용할 수 있다고 주장했지만, 심판원은 제77조의2의 문언과 개정 취지를 근거로 둘 중 하나를 선택해 적용하는 것이 타당하다고 판단했습니다.

2. 대토보상이 무엇인지부터 구분해야 합니다 : 현금으로 받아 다른 땅을 사는 것은 같은 제도가 아닙니다

토지보상법 제63조는 손실보상을 원칙적으로 현금으로 지급하도록 하면서, 토지소유자가 원하고 사업시행자가 토지보상이 가능하다고 판단하는 경우 일정 요건에 따라 그 공익사업으로 조성한 토지로 보상할 수 있도록 합니다.

따라서 보상금을 현금으로 받은 뒤 납세자가 임의로 다른 토지를 매수하는 것은 제77조의2의 대토보상과 다릅니다. 사업시행자와 체결한 대토보상 계약, 대토보상 신청서, 보상명세 등으로 법정 대토보상인지 확인해야 합니다.

현재 법은 원토지를 2026년 12월 31일 이전에 사업시행자에게 양도해야 하고, 사업인정고시일 전에 양도한 경우를 제외하면 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지여야 합니다. 사업인정고시일 전에 먼저 양도했다면 그 양도일부터 소급하여 2년 이전 취득 여부를 봅니다.

3. 40% 감면을 선택하면 : 지금 계산한 세액을 줄입니다

40% 감면은 “보상금의 40%를 빼는 제도”가 아닙니다. 대토보상 부분에 대응하는 양도소득세액을 계산한 뒤 그 세액의 40%를 감면하는 방식입니다. 현금보상과 대토보상이 함께 있는 경우에는 총보상액 중 대토보상에 해당하는 부분을 나누어 계산합니다.

이 감면은 영구적으로 세액을 줄이는 대신 감면한도가 적용됩니다. 현행 조세특례제한법 제133조 제2항에 따르면 제77조, 제77조의2, 제77조의3에 따른 감면세액 합계는 해당 과세기간 2억원, 해당 과세기간과 직전 4개 과세기간을 합친 5개 과세기간 3억원의 한도를 함께 봅니다.

또한 조세특례제한법에 따른 소득세 감면세액은 농어촌특별세법 제5조상 농어촌특별세 과세표준이 되는 것이 원칙이므로, 실제 신고에서는 농어촌특별세 비과세 해당 여부까지 따로 확인합니다. 아래 가상 계산에서는 농어촌특별세를 제외합니다.

4. 과세이연을 선택하면 : 세금이 없어지는 것이 아니라 대토를 팔 때 이어서 계산합니다

과세이연은 현재 세금을 깎는 감면과 다릅니다. 대토보상 부분에 대응하는 양도소득금액의 과세를 당장 하지 않고, 나중에 대토를 양도할 때 이어서 과세하는 방식입니다.

현행 시행령은 과세이연금액을 계산한 뒤, 나중에 대토를 양도할 때 그 대토의 실제 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보도록 하고 있습니다. 예를 들어 대토 취득가액이 5억원이고 과세이연금액이 2억원이라면, 추후 대토 양도세 계산에서는 원칙적으로 3억원을 취득가액으로 보는 구조입니다.

대토의 장기보유특별공제 보유기간은 원토지의 취득일부터 이어가는 것이 아니라 대토를 취득한 때부터 다시 계산합니다. 과세이연은 현재 현금 유출을 줄일 수 있지만 향후 대토 처분 시 세금을 다시 계산하는 제도라는 점이 감면과 가장 큰 차이입니다.

5. 가상사례 : 총보상 10억원 중 6억원을 대토로 받는다면

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다. 실제 고객 사례가 아니며, 세율·장기보유특별공제·다른 감면·농어촌특별세·개인지방소득세는 단순화를 위해 별도로 계산하지 않습니다.

총보상액 10억원 중 현금보상 4억원, 대토보상 6억원이라고 가정합니다. 원토지의 전체 양도차익에서 장기보유특별공제를 차감한 금액이 4억원이라면, 대토보상 비율 60%에 대응하는 금액은 2억4천만원입니다.

과세이연을 선택하면 이 2억4천만원에 대한 현재 과세를 이연하고, 이후 대토를 양도할 때 대토 취득가액에서 이 2억4천만원을 차감하여 양도차익을 계산합니다.

반면 40% 감면을 선택하는 경우에는 대토보상 부분에 대응해 계산된 양도소득세액이 예를 들어 8천만원이라고 가정하면 감면세액은 3천2백만원입니다. 이 경우 감면한도와 농어촌특별세를 추가로 반영해야 합니다.

두 숫자를 단순히 “3천2백만원 절세 대 2억4천만원 절세”로 비교하면 안 됩니다. 2억4천만원은 세액이 아니라 과세를 뒤로 넘기는 양도소득금액입니다.

6. 현금보상과 대토보상이 섞여 있으면 : 보상 방식별로 적용 규정을 나눕니다

한 번의 보상계약에서 현금 4억원과 대토 6억원을 함께 받는 경우, 전체 보상에 하나의 특례만 적용하는 것은 아닙니다. 국세청 사전답변 사전-2022-법규재산-0354[법규과-1382](2022.4.29.)은 대토보상 부분에는 제77조의2에 따른 특례를, 대토보상 외 현금보상액에는 제77조에 따른 공익사업용 토지 감면을 각각 적용한다고 설명합니다.

따라서 “대토 부분 안에서 40% 감면과 과세이연을 나누는 것”과 “현금 부분과 대토 부분에 서로 다른 규정을 적용하는 것”을 구분해야 합니다. 전자는 조심-2025-서-2897에서 받아들여지지 않았고, 후자는 보상방식에 따라 법적 근거가 달라지는 정상적인 계산 구조입니다.

7. 신고절차 : 선택은 양도소득세 신고 때 서류로 남깁니다

대토보상 특례를 적용하려면 원토지를 양도한 과세연도의 양도소득세 과세표준 신고와 함께 세액감면신청서 또는 과세이연신청서를 제출하고, 대토보상 신청서와 대토보상 계약서 사본을 첨부합니다.

사업시행자는 대토보상자의 보상명세를 납세지 관할 세무서장에게 통보합니다. 이 통보가 늦어진 경우가 실무에서 문제가 되는데, 국세청 과세기준자문 기준-2022-법규재산-0051(생산일 2025.2.7.)은 사업시행자가 법정 통보기한 안에 명세를 통보하지 않았더라도 거주자가 제77조의2의 요건을 충족했다면 40% 감면 또는 과세이연을 적용할 수 있다고 회신했습니다.

따라서 사업시행자의 명세 통보가 늦었다는 이유만으로 납세자의 특례를 바로 포기할 사안은 아닙니다. 납세자 본인의 대토보상 계약과 신고·신청서 제출 여부, 법정 요건을 먼저 맞춰 봅니다.

8. 사후관리 : 과세이연을 받았다면 대토 처분 시점이 중요합니다

과세이연을 선택한 후에는 대토를 언제 처분하는지도 중요합니다. 현행 시행령은 대토의 소유권이전등기를 완료한 후 3년 이내에 대토를 양도하면 과세이연금액에 상당하는 세액과 이자상당가산액을 납부하는 사유로 규정하고 있습니다.

다만 대토 취득 후 3년 이내에 토지보상법이나 다른 법률에 따라 다시 협의매수되거나 수용되는 경우에는 해당 규정의 예외가 있습니다. “3년 안에 팔면 무조건 추징”이라고만 정리하기보다 처분 사유를 함께 확인해야 합니다.

대토보상을 받은 뒤 계약 변경, 현금보상 전환, 증여·상속 등 다른 사유가 발생한 경우에도 별도의 신고·납부 규정이 있으므로 사건 발생 시점에 현재 규정을 다시 적용해야 합니다.

9. 상담 전 준비자료 : 선택 전에 세금 차이를 비교할 수 있게 준비합니다

대토보상을 선택하기 전이라면 사업인정고시문, 원토지 취득계약서·취득일 자료, 보상계획 안내문, 현금·채권·대토별 보상예정액, 대토보상 신청안내와 계약조건을 준비하면 됩니다.

이미 대토보상 계약을 체결했다면 대토보상 신청서·계약서, 원토지 양도소득세 신고서, 사업시행자의 보상명세 관련 자료, 대토 공급계약·등기자료를 함께 봅니다.

호원세무회계사무소는 수용보상 양도소득세를 중점 업무로 다루고 있습니다. 대토보상을 선택하기 전이라면 40% 감면과 과세이연을 같은 기준에서 비교하고, 이미 계약했다면 신고방법과 사후관리 조건을 맞춰 정리하는 것이 중요합니다.

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세무사 최영환 | 호원세무회계사무소