미분양주택 · 양도소득세 특례

조세특례제한법 제98조의3 미분양주택 : 취득 후 5년이 지난 현재의 양도세 계산

2026.10.04 게시 · 홈페이지 편집본

핵심 답변

조특법 제98조의3은 거주자가 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지 법정 요건을 갖춘 사업주체와 최초 계약을 체결해 취득한 미분양주택에 적용됩니다. 이 글은 현재 해당 주택들이 모두 취득 후 5년을 넘긴 경우를 전제로 설명합니다. 따라서 지금 양도할 때는 “5년 이내 양도세 세액감면”을 적용하는 것이 아니라, 취득일부터 최초 5년간 발생한 양도소득금액을 현재 양도소득세 과세대상소득금액에서 빼는 방식이 핵심입니다. 수도권 과밀억제권역에 해당하면 최초 5년간 양도소득금액의 60%만 차감합니다.

조세특례제한법 제98조의3 미분양주택 : 취득 후 5년이 지난 현재의 양도세 계산 — 글의 핵심 주제를 보여주는 대표 이미지

“2009년에 미분양 아파트를 분양받았고 당시 조특법 감면 대상이라고 들었습니다. 지금 2026년에 팔아도 감면을 받을 수 있나요?”

받을 수 있습니다. 다만 지금은 취득 후 5년을 훨씬 넘겼기 때문에 과거처럼 양도세의 일정 비율을 직접 깎는 방식이 아니라, 법에서 정한 ‘취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 현재 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 계산합니다.

1. 적용대상 : 아무 미분양주택이나 제98조의3 대상은 아닙니다

거주자의 경우 기본 취득기간은 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지입니다. 서울특별시 밖의 지역 중 당시 법에서 제외한 지정지역이 아니어야 하고, 시행령에서 정한 미분양주택을 해당 사업주체와 최초로 매매계약하고 취득한 경우가 기본 대상입니다.

수도권 과밀억제권역에 있는 주택은 대지 660㎡ 이내, 주택 연면적 149㎡ 이내(공동주택은 전용면적 149㎡ 이내)라는 시행령상 면적 제한도 확인합니다.

2. 2026년 현재 : 모든 적격 취득은 이미 5년을 넘겼습니다

제98조의3의 거주자 계약기간은 2010년 2월 11일까지였습니다. 현재는 사용자가 요청하신 대로 해당 주택이 모두 실제 취득일부터 5년을 넘긴 경우를 전제로 하므로, 지금 양도에서는 법 제98조의3 제1항 후단의 “5년 경과 후 양도” 계산을 적용합니다. 정확한 5년 기산일은 각 주택의 세법상 실제 취득일로 확인합니다.

법은 취득일부터 5년 이내 양도분에 대해서는 비과밀억제권역 100%, 수도권 과밀억제권역 60%의 세액감면을 정하고 있습니다. 그러나 5년이 지난 뒤 양도하면 방식이 바뀝니다.

비과밀억제권역이라면 최초 5년간 발생한 양도소득금액 전액을 과세대상소득금액에서 빼고, 수도권 과밀억제권역이라면 그 금액의 60%를 뺍니다. 공제할 금액이 과세대상소득금액보다 크더라도 초과분을 다른 소득에서 빼거나 다음 해로 넘기지는 않습니다.

3. 최초 5년의 양도소득금액 : 실제 시세차익을 단순히 둘로 나누지 않습니다

조특법 시행령 제98조의3은 최초 5년간 발생한 양도소득금액을 시행령 제40조 제1항 산식에 따라 계산하도록 하고 있습니다.

전체 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시 기준시가) ÷ (양도 당시 기준시가 - 취득 당시 기준시가)
조세특례제한법 시행령 제98조의3 제3항 및 제40조 제1항

즉 취득가액 4억원, 5년째 실제 시세 6억원처럼 실거래가 상승분만 단순하게 끊는 것이 아닙니다. 전체 양도소득금액과 세 시점의 기준시가를 연결하여 법정 산식으로 안분합니다.

4. 가상사례 : 최초 5년분 7,500만원을 차감하는 경우

계산 구조를 보여 드리기 위한 가상사례입니다. 제98조의3 요건을 모두 충족한 미분양주택이고, 장기보유특별공제까지 일반 계산을 마친 전체 양도소득금액이 2억원이라고 가정합니다. 취득 당시 기준시가 3억원, 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 4억5,000만원, 2026년 양도 당시 기준시가 7억원으로 둡니다.

최초 5년간 양도소득금액 = 2억원 × (4.5억원 - 3억원) ÷ (7억원 - 3억원) = 7,500만원입니다.

5. 비과밀억제권역 : 7,500만원 전액을 과세대상소득에서 뺍니다

전체 양도소득금액 2억원에서 7,500만원을 빼면 특례 적용 후 양도소득금액은 1억2,500만원입니다. 기본공제 250만원을 적용하면 과세표준은 1억2,250만원입니다.

현행 기본세율을 적용한 양도소득세는 27,435,000원이고, 개인지방소득세 2,743,500원을 더하면 합계 30,178,500원입니다.

같은 사례에서 제98조의3 차감이 전혀 없다면 과세표준은 1억9,750만원이고 국세와 지방세 합계는 60,621,000원입니다. 이 가상사례에서는 최초 5년분을 차감함으로써 총세액 차이가 30,442,500원 발생합니다.

6. 수도권 과밀억제권역 : 최초 5년분의 60%만 차감합니다

같은 7,500만원 중 60%인 4,500만원을 빼므로 특례 적용 후 양도소득금액은 1억5,500만원입니다. 기본공제 후 과세표준은 1억5,250만원입니다.

양도소득세는 38,010,000원, 개인지방소득세는 3,801,000원으로 합계 41,811,000원입니다. 비과밀억제권역의 100% 차감과 결과가 다른 이유입니다.

7. 다른 일반주택의 1세대1주택 판정 : 제98조의3 주택을 주택 수에서 빼는 규정도 있습니다

조특법 제98조의3 제3항은 소득세법상 1세대1주택 비과세를 판단할 때 제98조의3 적용주택을 해당 거주자의 소유주택으로 보지 않도록 정하고 있습니다. 따라서 적격 미분양주택과 일반주택을 함께 보유한 경우 일반주택을 양도할 때 이 주택 수 특례를 별도로 확인할 수 있습니다.

다만 제98조의3 대상인지부터 확인되지 않은 상태에서 단순히 “예전에 미분양으로 샀다”는 사실만으로 주택 수에서 빼면 안 됩니다. 최초 분양 여부, 계약일, 당시 미분양 확인자료, 지역과 면적 요건을 계약서와 관련 확인서류로 먼저 맞춰야 합니다.

8. 신고자료 : 오래된 계약이라도 미분양 확인자료가 중요합니다

시행령은 과세특례를 적용받으려는 경우 양도소득세 예정신고 또는 확정신고 때 미분양주택임을 확인받은 매매계약서 사본 등 법정 서류를 제출하도록 정하고 있습니다.

2009~2010년 계약이라면 공급계약서, 최초 계약자임을 확인할 자료, 미분양 확인 날인 자료, 취득일 등기자료, 취득 당시·5년째·양도 당시 기준시가 자료를 한 묶음으로 정리해 두시는 것이 핵심입니다.

마무리 : 지금은 “감면율”보다 최초 5년 소득금액 계산이 중요합니다

2026년에 제98조의3 미분양주택을 양도한다면 이미 취득 후 5년이 지난 거래입니다. 따라서 취득일부터 최초 5년간 발생한 양도소득금액을 법정 기준시가 산식으로 계산하고, 비과밀억제권역은 전액, 수도권 과밀억제권역은 60%를 과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 계산합니다.

오래 보유했다는 이유로 특례가 사라진 것은 아닙니다. 오히려 지금은 당시 계약이 제98조의3 대상이었음을 입증하는 자료와 5년 기준시가를 정확히 연결하는 것이 실제 세액을 좌우합니다.