2026년 통합고용세액공제의 새 계산구조와 인원 감소 처리

“작년에 직원이 늘어 고용세액공제를 받았습니다. 올해 퇴사자가 생기면 작년 공제세액을 전부 다시 내야 하나요?”

먼저 어느 연도 공제인지 나눠야 합니다. 2026년부터 새로 적용되는 기본공제는 계산방식이 크게 바뀌었습니다. 따라서 종전 1,450만원 사례를 2026년 신규 고용에 그대로 적용하면 계산이 틀립니다.

1. 2026년 새 제도 : 직전 3개 과세연도와 비교합니다

중소기업의 청년등상시근로자 증가분은 세 개의 비교구간으로 계산합니다.

A·B·C 계산값이 음수이면 0으로 봅니다. 전체 상시근로자 증가인원이 청년등 증가인원의 한도가 됩니다.

2. 가상사례 : 2025년 10명 → 2026년 13명, 청년 3명 증가

성남의 중소기업이 2025년 상시근로자 10명에서 2026년 13명으로 늘었고, 증가인원 3명이 모두 청년등상시근로자라고 가정합니다.

2026년 A = 3명 × 700만원 = 2,100만원입니다.

2027년에 13명을 그대로 유지하고 청년구성도 같다고 가정하면 A는 0이지만 전전연도인 2025년과 비교한 B가 3명 × 1,600만원 = 4,800만원이 됩니다. 2028년까지 동일하게 유지하는 예시에서는 C가 3명 × 1,700만원 = 5,100만원으로 계산될 수 있습니다.

3. 2027년에 12명으로 줄면 ‘2026년 2,100만원을 전액 토해내는’ 방식이 아닙니다

2026년 신규 공제 구조에서는 2027년의 해당 연도 계산이 줄어듭니다. 예를 들어 2027년 12명이라면 2025년 10명과 비교한 B 증가인원은 2명이고, B는 2명 × 1,600만원 = 3,200만원입니다. 2026년 13명과 비교한 A는 감소이므로 0입니다.

즉 2026년 새 제도에 대해서는 종전 제도의 ‘인원 감소분 추징’ 문구를 그대로 쓰지 않습니다.

4. 다만 2025년까지 발생한 종전 공제분은 따로 봅니다

2025년까지 통합고용세액공제를 신청한 기업은 최초 공제연도와 적용법에 따라 종전 반복공제·사후관리 규정이 남아 있을 수 있습니다. 2026년 결산 때는 ‘2026년 새 공제 계산’과 ‘2025년 이전 공제의 사후관리’를 한 표에서 섞지 말고 연도별로 분리합니다.

5. 상시근로자 : 단순 12월 31일 머릿수가 아닙니다

상시근로자는 시행령상 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 기준으로 계산하고, 1년 미만 근로자·일정 단시간근로자·임원·최대주주 및 친족 등 제외항목을 적용합니다. 회사 급여대장의 ‘재직자 수’와 세법상 상시근로자 수가 다를 수 있으므로 월별 명세를 만들어야 합니다.

정리 : 2026년은 ‘추징 방어’보다 새 계산식과 과거 공제연도 분리가 먼저입니다

올해 4분기에는 2024·2025·2026년 상시근로자와 청년등상시근로자를 월별로 다시 계산해 보세요. 2026년 신규 공제액은 새 A·B·C 방식으로 계산하고, 2025년 이전에 이미 받은 공제는 그 당시 적용 규정의 사후관리 여부를 별도로 확인해야 합니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소