약국 · 부가가치세

약국 과·면세 겸영사업의 매출 구분과 공통매입세액 안분 기준

2026.10.03 게시 · 홈페이지 편집본

핵심 답변

약사가 「약사법」에 따라 제공하는 의약품 조제용역은 부가가치세가 면제되지만, 조제 없이 판매하는 일반의약품 등 별도 면세규정이 없는 재화 판매는 과세됩니다. 그래서 조제와 일반판매를 함께 하는 약국은 과세·면세 겸영사업자로서 매입세액을 먼저 실제 사용처별로 나누고, 실지귀속을 구분할 수 없는 임차료·전기료·POS·공용 인테리어 등의 공통분만 공급가액 비율로 안분합니다. 가상사례에서 면세 조제매출 70%, 과세 일반판매 30%이고 공통매입세액이 100만원이면 70만원은 불공제, 30만원은 과세사업 관련 공제분으로 계산합니다.

약국 과·면세 겸영사업의 매출 구분과 공통매입세액 안분 기준 — 글의 핵심 주제를 보여주는 대표 이미지

“처방조제가 매출의 대부분인 약국입니다. 월세와 인테리어 세금계산서를 받았는데, 거기에 적힌 부가세를 전부 공제받아도 될까요?”

조제와 일반판매를 함께 하는 약국이라면 부가세를 전부 공제하지 않습니다. 과세 일반판매에만 직접 쓰인 매입세액은 공제하고, 면세 조제에만 직접 쓰인 매입세액은 공제하지 않습니다. 임차료·전기료·POS·공용 인테리어처럼 두 사업에 함께 쓰여 실제 귀속을 나누기 어려운 금액만 과세·면세 공급가액 비율로 안분합니다.

1. 매출 구분 : 약국이라고 전부 면세도, 전부 과세도 아닙니다

부가가치세법 제26조 제1항 제5호와 현행 시행령 제35조 제4호는 「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역을 면세대상으로 정합니다. 반면 조제 없이 일반의약품 등 별도 면세규정이 없는 재화를 판매하는 거래는 재화의 공급으로 부가가치세 과세대상이 되고, 일반세율은 10%입니다.

“「약사법」에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역”
부가가치세법 시행령 제35조 제4호

약국의 거래	부가가치세 처리	장부에서의 구분
약사의 의약품 조제용역	면세	조제 면세매출
일반의약품 등 별도 면세규정 없는 상품의 단순 판매	과세 10%	일반판매 과세매출
과세·면세에 모두 쓰는 임차료·전기료·POS 등	실지귀속 우선, 불분명한 공통분 안분	공통매입

따라서 약국 POS와 장부에서는 조제수입과 일반판매 매출을 월별로 나누어 놓는 것이 부가세 신고의 출발점입니다.

2. 매입세액 : 먼저 실제 사용처를 구분합니다

공통매입세액 안분에서 가장 먼저 할 일은 비율 계산이 아닙니다. 부가가치세법 제40조는 과세사업과 면세사업을 함께 하는 경우 매입세액을 먼저 실제 귀속에 따라 나누고, 실제 귀속을 구분할 수 없는 금액만 공통매입세액으로 안분하도록 합니다.

“과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되”
부가가치세법 제40조 중 일부

매입 내용	사용처	부가세 처리
일반판매 전용 상품·비품	과세 일반판매	공제요건을 갖추면 매입세액 공제
조제 면세사업에만 직접 쓰는 비용	면세 조제	매입세액 불공제
약국 전체 임차료·전기료·관리비	과세+면세 공통	실지귀속 불분명분 안분
공용 POS·전산비	과세+면세 공통	실지귀속 불분명분 안분
전체 매장을 위한 인테리어	과세+면세 공통	사용처를 먼저 구분하고 남은 공통분 안분

면세 조제사업에 직접 관련된 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 부가세 신고에서 공제하지 않습니다. 이 불공제 부가세는 지출의 성격에 따라 소득세 장부에서 비용 또는 자산 취득원가에 반영될 수 있으므로, ‘부가세 공제가 안 된다’와 ‘비용이 사라진다’를 같은 뜻으로 보지는 않습니다.

3. 예규 : 약국의 조제면세와 공통매입세액을 함께 설명한 회신입니다

이 회신의 질의자는 약국을 운영하면서 매약과 조제 금액을 금전등록기에 함께 입력하고, 대부분의 매입에서 세금계산서를 받고 있었습니다. 조제분을 면세매출로 따로 신고해야 하는지, 그리고 과세판매와 면세조제에 함께 사용된 매입세액 중 면세분을 왜 공제에서 빼야 하는지가 질문의 핵심이었습니다.

국세청은 당시 법령을 기준으로 약사의 조제용역은 면세이고, 과세사업과 면세사업을 겸영하면 조제분을 면세수입금액으로 신고해야 한다고 회신했습니다. 또 면세사업에 직접 관련된 매입세액은 공제하지 않고, 과세·면세에 공통으로 사용되어 실제 귀속을 나눌 수 없는 매입세액은 면세공급가액 비율로 안분한다고 설명했습니다.

이 회신은 1994년 자료이므로 당시 조문 번호를 현재 신고에 그대로 쓰지는 않습니다. 다만 2026년 현행법도 조제용역 면세는 부가가치세법 제26조와 시행령 제35조, 면세사업 관련 매입세액 불공제는 제39조, 실지귀속과 공통매입세액 안분은 제40조와 시행령 제81조에 두고 있습니다. 현재 약국의 월세·전기료·POS·인테리어를 처리할 때에도 같은 순서로 적용합니다.

이번 질문에 바로 대입하면, 월세 세금계산서의 부가세를 조제매출 비중만큼 무조건 공제하는 것도 아니고 전액 공제하는 것도 아닙니다. 먼저 과세판매 전용·면세조제 전용·공통 사용으로 나눈 다음, 실제로 나눌 수 없는 공통분만 안분합니다.

4. 가상사례 : 공통매입세액 100만원이면 실제 납부세액은 얼마일까요?

본 내용을 설명하기 위해 2026년 한 과세기간 동안 일반과세 약국이 면세 조제수입 7,000만원, 과세 일반판매 공급가액 3,000만원을 올렸다고 가정하겠습니다. 과세매출의 부가세 매출세액은 300만원입니다.

같은 기간에 과세 일반판매에만 직접 대응하는 매입세액 40만원, 조제 면세사업에만 직접 대응하는 매입세액 60만원, 임차료·전기료·POS 등 과·면세에 함께 쓰는 공통매입세액 100만원이 있다고 가정합니다. 다른 세액공제·가산세·조정항목은 없는 것으로 둡니다.

공통매입세액 중 면세사업 관련 금액은 다음처럼 계산합니다.

100만원 × 면세 조제매출 7,000만원 ÷ 총공급가액 1억원 = 70만원

따라서 공통매입세액 중 70만원은 불공제, 30만원은 과세사업 관련 공제분입니다.

계산 항목	금액
면세 조제수입	70,000,000원
과세 일반판매 공급가액	30,000,000원
과세매출의 매출세액	3,000,000원
과세판매 전용 매입세액	400,000원
면세조제 전용 매입세액	600,000원 · 불공제
공통매입세액	1,000,000원
공통분 중 면세 관련 불공제	700,000원
공통분 중 과세 관련 공제	300,000원
총 공제 매입세액	400,000원 + 300,000원 = 700,000원
가상 납부세액	3,000,000원 − 700,000원 = 2,300,000원