프리랜서의 근로자성 판단과 인건비·사회보험·원천세 정정

“직원과 서로 합의해서 프리랜서 계약서를 쓰고 3.3%만 떼었습니다. 그래도 퇴직금과 4대보험을 적용해야 하나요?”

실제로 회사의 지휘·감독을 받으며 임금을 목적으로 일한 근로자라면 적용해야 합니다. 프리랜서라는 계약 제목이나 3.3% 사업소득 신고로 근로자의 권리가 없어지지는 않습니다. 다만 퇴직금·수당·사회보험·세금은 서로 다른 규정이므로, 각각의 요건과 대상 기간을 나누어 정리해야 합니다.

1. 적용 결론 : 매일 직원처럼 일했다면 3.3% 계약으로 처리할 수 없습니다

다음은 설명을 위한 가상사례입니다.

온라인 쇼핑몰 A사는 고객상담 담당자와 프리랜서 계약을 체결했습니다. 담당자는 회사가 정한 평일 오전 9시부터 오후 6시까지 사무실에서 일하고, 팀장이 배정한 문의에 회사 기준대로 응대했습니다. 휴가는 사전 승인을 받아야 했고, 다른 사람을 대신 투입할 수 없었습니다. 회사는 매월 고정 보수를 지급하면서 3.3%를 공제했습니다.

이 사실관계처럼 회사가 근무시간·장소와 업무 과정을 관리하고 직원이 독립적인 사업 위험을 부담하지 않는다면, 명칭과 달리 근로관계에 해당합니다. 근로계약과 근로소득 원천징수로 처리하고, 각 보험의 가입요건을 충족한 기간에 사회보험을 적용해야 합니다.

반대로 독립된 디자이너가 여러 고객을 상대하며 스스로 작업 방법과 인력을 정하고, 자기 비용으로 결과물을 완성해 납품하며 수정·재작업에 따른 손익도 부담한다면 독립사업자의 용역으로 처리할 수 있습니다. 이 역시 형식적인 문구가 아니라 실제 운영이 그렇다는 전제입니다.

고객이 결과물을 검수하거나 납품기한을 정했다는 사실 하나만으로 근로자가 되는 것은 아닙니다. 재택근무를 하거나 출퇴근 시간이 자유롭다는 사실 하나만으로 프리랜서가 되는 것도 아닙니다.

2. 판례 : 학원 강사도 사업소득 신고만으로 근로자성이 부정되지 않았습니다

대법원 2006.12.7. 선고 2004다29736 판결은 대학입시학원 종합반 강사들의 퇴직금 등이 문제 된 사건입니다.

강사들은 ‘강의용역제공계약’을 맺고 사업소득세를 원천징수당했지만, 학원에서 정한 강의시간·장소에 따라 일했고 학생 관리 등 부수업무도 수행했습니다. 강사료는 수강생 수나 학원의 손익보다 정해진 강의시간에 따른 보수였습니다.

판결은 다음과 같이 설명합니다.

“그러한 점들이 인정되지 않는다는 것만으로 근로자성을 쉽게 부정하여서는 안 된다.”

대법원 2004다29736 판결 이유 중 일부. 앞의 ‘그러한 점들’은 고정급, 근로소득세 원천징수, 사회보장상 근로자 취급 등에 관한 사정을 가리킵니다.

최근의 대법원 2022.12.1. 선고 2021다210829 판결에서도 계약 이름이 아닌 실제 업무관계를 판단해야 한다는 기준이 반복되었습니다. 이 사건은 채권추심원의 근무기간 전체에 걸친 지휘·감독 등을 더 살펴야 한다는 취지로 파기환송한 사례입니다. 성과에 따라 보수를 받는다는 사실만으로 독립사업자라고 결론 내릴 수 없다는 점도 함께 설명합니다.

3. 판단 기준 : ‘일곱 항목 중 몇 개면 근로자’라는 점수표는 아닙니다.

판례의 판단요소를 실무에서 쓰기 쉽게 정리하면 다음과 같습니다. ‘일곱 항목 중 몇 개면 근로자’라는 점수표는 아닙니다.

직원이 개인 노트북을 쓴다는 이유로 프리랜서가 되는 것은 아니고, 회사 PC를 쓴다는 이유만으로 근로자가 확정되는 것도 아닙니다. 전체 사실관계가 어느 방향을 가리키는지 판단합니다. 위 A사 사례는 주요 요소들이 모두 회사에 종속된 근로관계를 가리키는 경우입니다.

3.3%도 모든 외주대금에 적용하는 세율이 아닙니다. 거주자의 원천징수 대상 인적용역 사업소득 등에 적용하는 소득세 3%와 지방소득세 0.3%를 합한 표현입니다. 근로소득은 월별 간이세액표와 연말정산을 적용하고, 독립사업자 거래도 용역 성격에 따라 부가세와 세금계산서 여부가 달라집니다.

4. 퇴직금·수당 : ‘최근 3년치만 지급’하는 것이 아닙니다

근로자라면 원칙적으로 4주 평균 1주 소정근로시간이 15시간 이상이고 계속근로기간이 1년 이상일 때 퇴직급여 대상이 됩니다. 5인 미만 사업장도 이 요건을 충족하면 퇴직금을 지급해야 합니다.

근로자퇴직급여 보장법 제8조 제1항은 퇴직금제도의 기준을 다음과 같이 정합니다.

“계속근로기간 1년에 대하여 30일분 이상의 평균임금”

근로자퇴직급여 보장법 제8조 제1항 중 산정기준 부분 인용

가상으로 퇴직금 산정에 반영할 계속근로기간을 1,460일, 법정 방식으로 산정한 1일 평균임금을 10만원으로 가정하겠습니다. 이 평균임금에는 통상임금 하한도 이미 반영되어 있고, 적법한 중간정산이나 기지급 퇴직금은 없다고 가정합니다.

퇴직금 = 10만원 × 30일 × 1,460일 ÷ 365일 = 1,200만원

이 경우 최근 3년에 해당하는 900만원만 지급하는 방식이 아닙니다. 퇴직금을 받을 권리의 3년 소멸시효와, 퇴직금 계산에 포함할 전체 계속근로기간은 서로 다른 문제입니다. 시효 중단 등 별도 사정이 없다면 퇴직금 청구권은 퇴직 후 3년간 행사하지 않을 때 소멸시효 문제가 생깁니다.

주휴수당도 5인 미만이라는 이유로 제외되지 않습니다. 4주 평균 1주 소정근로시간 15시간 이상, 소정근로일 개근 등 요건을 충족하면 적용합니다. 반면 연장·야간·휴일근로 가산수당과 연차유급휴가는 일반적으로 상시근로자 5인 이상 사업장 기준을 적용하므로 나누어 계산해야 합니다.

이미 월급에 적법하게 지급된 주휴수당 등을 다시 중복 가산하는 것도 맞지 않습니다. 약정임금에 무엇이 포함되어 있었고 실제 얼마나 지급했는지를 먼저 대조한 뒤 미지급 차액을 산정합니다. 임금채권의 시효는 각 지급기일부터 따로 진행합니다.

퇴직금은 특별한 사정으로 지급기일을 연장하기로 합의한 경우 등을 제외하고 지급사유 발생일부터 14일 이내 지급해야 합니다. 미지급은 법 위반과 형사책임 문제로 이어질 수 있지만, 근로자성 진정이 접수됐다는 사실만으로 곧바로 형사처벌이 확정되는 것은 아닙니다.

5. 사회보험 : 가입 대상 기간을 바로잡고 부담 주체를 나눕니다

근로자인데 가입하지 않았다면 보험별 가입요건을 충족했던 시점으로 자격과 보수를 바로잡아야 합니다. 다만 국민연금의 연령, 각 보험의 근로시간·고용기간 예외, 기존 자격과 보험료 납부 이력을 각각 적용합니다. 노동법상 근로자로 판단됐다고 네 보험이 같은 기간·같은 방식으로 자동 고지되는 것은 아닙니다.

또한 과거 기간에는 그 당시 보험료율을 적용합니다. 2026년 요율이나 하나의 합산율을 과거 전체 기간에 일괄 곱해서는 안 됩니다. 부과 가능한 기간에는 각 법률의 소멸시효, 고지·징수 진행상태 등도 영향을 줍니다.

국민연금과 건강보험 등에는 근로자 부담분과 사용자 부담분이 구분되어 있습니다. 사업장으로 합산 고지된다고 그 전부가 최종적으로 회사 부담으로 바뀌는 것은 아닙니다. 이미 납부한 지역보험료의 자격 정정·정산 여부와 근로자 부담금 회수 문제도 따로 처리해야 합니다. 임금에서 임의로 일괄 공제하기 전에는 공제 근거와 정산 방식도 갖춰야 합니다.

반대로 진정한 프리랜서라도 법정 노무제공자 등에 해당하면 고용보험·산재보험 적용 대상이 될 수 있습니다. ‘근로자가 아니면 4대보험 관련 의무도 전혀 없다’는 결론은 맞지 않습니다.

6. 원천세 : 사업소득 신고를 지우는 데서 끝나지 않습니다

실질이 근로소득인데 사업소득으로 신고했다면, 지급월별 원천징수와 해당 연도의 연말정산을 근로소득 기준으로 다시 계산해야 합니다. 회사는 원천징수이행상황신고서와 소득자료를 바로잡고, 지급명세서·간이지급명세서의 소득 구분과 제출내역을 함께 정리합니다.

당사자가 이미 사업소득으로 종합소득세를 신고했다면 개인 신고도 대조해야 합니다. 같은 수입을 사업소득과 근로소득으로 두 번 신고하거나, 사업소득 필요경비와 근로소득공제를 중복 적용하지 않도록 하기 위해서입니다.

처음 납부한 3.3%를 전부 없는 세금처럼 취급해 다시 걷는 것도 아닙니다. 신고별 기납부세액의 귀속과 충당·환급을 정리한 뒤 실제 부족세액을 산정합니다. 원천징수세액은 가족 수와 지급액 등에 따라 달라지므로, 근로소득으로 바꾸면 모든 사람의 세금이 반드시 늘어나는 것은 아닙니다.

가상사례 : 추가 납부할 원천소득세가 100만원인 경우

기납부세액 처리 후 법정기한별로 산정한 미납 원천소득세가 100만원이고, 고지 전 자진납부 시 지연일수를 100일로 가정하겠습니다. 일 10만분의 22를 적용하며 면제 사유는 없다고 가정합니다.

원천징수 등 납부지연가산세 = 100만원 × 3% + 100만원 × 22 ÷ 100,000 × 100일 = 52,000원

위 고지 전 계산 부분에는 10% 한도가 적용됩니다. 2026년 7월 1일 이후 적용되는 안내에는 고지 후 추가 체납분 등의 규정과 전체 50% 한도가 구분되어 있으므로, 원천세 가산세가 모든 단계에서 최대 10%라고 설명해서는 안 됩니다. 지방소득세 특별징수분은 별도로 계산합니다.

지급명세서의 경우에도 제출·정정 상태를 나누어야 합니다. 연간 근로소득 지급명세서가 법정 미제출·불분명 요건에 해당하면 통상 대상 지급금액의 1%가 적용되고, 제출기한 후 3개월 이내 제출은 0.5% 규정이 있습니다. 간이지급명세서는 별도의 가산세율과 예외를 적용합니다. 소득 구분 정정만으로 모든 가산세를 일괄 합산하지는 않습니다.

7. 전환과 사후관리 : 오늘 계약을 바꿔도 과거 근무는 따로 정리합니다

실제 직원처럼 운영하던 인력은 앞으로의 근로조건을 서면으로 정하고 근로소득·사회보험 체계로 전환해야 합니다. 동시에 과거 기간의 근로자성, 퇴직급여·수당, 보험료와 원천세를 따로 정리해야 합니다. 오늘 근로계약서를 새로 썼다고 이전 기간이 자동으로 사라지는 것은 아닙니다.

독립사업자로 운영할 인력은 실제로 독립된 사업이어야 합니다. 회사가 매일 업무 과정을 지시하면서 계약서에서만 ‘자유로운 프리랜서’라고 적거나, 근태기록을 없애는 방식으로 문제를 해결할 수는 없습니다.

근로계약으로 전환할 때에는 식대 등 적법한 비과세 수당을 활용할 수 있습니다. 그러나 차량·식사·자녀 요건이 없는 직원에게 같은 금액을 일괄 배정하는 방식은 아니며, 비과세가 퇴직금 지급의무를 없애는 것도 아닙니다.

과거 고용지원금을 받았다면 해당 사업의 신청내용과 지급요건도 대조합니다. 다만 근로자성을 정정했다는 사실만으로 모든 지원금이 부정수급이 되어 전액 환수되거나 5배 제재가 자동 적용되는 것은 아닙니다. 허위 신청·요건 위반 여부와 사업별 법령을 별도로 적용합니다.

정리할 자료는 계약서뿐 아니라 출퇴근·휴가 관리, 업무 지시·보고, 보수 산정, 기존 소득 신고와 보험 가입내역입니다. 근로자성 분쟁과 노동관계 절차는 노무사·변호사와, 급여·원천세 정정과 세무자료는 세무사와 역할을 나누어 진행하는 것이 좋습니다.

결론적으로, 실제 근로자에게는 프리랜서 계약이나 당사자 합의와 관계없이 법정 요건에 맞는 근로자 처리가 필요합니다. 다만 정산금액은 ‘3년치 전액’ 같은 문구로 계산하지 않고, 퇴직금·수당·보험료·세금별 대상 기간과 이미 지급·납부한 금액을 반영해 산정해야 합니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소