재화의 수입에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있는지가 문제 된 사건

“통관도 우리 회사 명의로 했고 수입세금계산서도 받았습니다. 그런데 부가가치세 신고에서 공제가 안 될 수도 있나요?”

수입세금계산서는 중요한 증빙이지만, 그 서류만으로 공제 여부가 끝나지는 않습니다. 회사가 실제로 자기 사업을 위해 수입한 것인지, 아니면 다른 회사의 물품을 명의만 빌려 통관한 것인지까지 연결해서 보아야 합니다.

오늘은 대법원 2026두30644의 공개 요지에서 확인되는 쟁점과, 현재 부가가치세법상 공제요건을 나누어 설명드리겠습니다.

1. 실무사례 : 통관 명의와 실제 거래 주체가 달랐습니다

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다. 국내 A사는 관계회사 B사의 요청으로 물품을 자기 명의로 통관했습니다. 해외 공급자와의 거래조건은 B사가 협의했고, 반입된 물품은 B사의 사업에 사용되었습니다. 수입세금계산서에는 A사의 이름이 적혀 있어, A사 담당자는 이를 자사의 매입세액으로 신고할 수 있는지 문의했습니다. 이는 아래 대법원 사건의 사실관계를 재현한 것이 아니라, 명의와 실질을 구분하기 위한 가상사례입니다.

이 경우에는 A사가 어떤 업무를 맡았는지부터 확인해야 합니다. 단순히 서류상 명의만 제공했는지, 자기 책임으로 물품을 수입한 뒤 B사에 공급한 것인지에 따라 검토의 출발점이 달라집니다.

대금을 누가 먼저 보냈다는 사정 하나로도 결론을 내리기 어렵습니다. 대납 후 정산하는 거래도 있을 수 있으므로 계약상 의무, 실제 정산, 물품의 사용과 판매 내역을 함께 보아야 합니다.

2. 쟁점 : 수입세금계산서의 이름과 수입의 실질이 일치하나요?

공개 요지에서 확인되는 질문은 두 가지입니다. 사업과 관련 없는 지출의 매입세액을 공제할 수 있는지, 그리고 형식적인 수입신고 명의자에게 발급된 수입세금계산서로 공제받을 수 있는지입니다.

따라서 공제 검토에서는 “누구의 수입인가”와 “그 사업자의 사업에 쓰이는가”를 구분해서 확인해야 합니다. 실제 수입자에 해당하더라도 면세사업 관련 매입 등 별도의 불공제 사유가 있으면 공제가 제한될 수 있습니다.

3. 법조문 : 자기 사업을 위한 수입이어야 합니다

부가가치세법 제38조 제1항 제2호 “사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액”

공제의 대상은 사업자가 자기 사업을 위해 수입하는 재화의 부가가치세액입니다. 통관업무를 처리했다는 사실과 해당 물품을 자기 사업을 위해 수입했다는 사실을 동일하게 볼 수는 없습니다.

부가가치세법 제35조 제1항 중 발췌 “… 수입하는 자에게 발급하여야 한다.”

수입세금계산서는 세관장이 수입하는 자에게 발급하는 서류입니다. 공제를 신청하는 회사와 실질적인 수입자가 다른 구조라면, 단순히 세금계산서가 있다는 설명을 넘어 거래의 귀속을 입증해야 합니다.

부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 필요적 기재사항이 사실과 다른 수입세금계산서의 매입세액을 원칙적으로 불공제하며, 대통령령에서 정한 예외를 두고 있습니다. 같은 항 제4호는 사업과 직접 관련 없는 지출의 매입세액을 별도로 불공제합니다.

따라서 단순한 기재 착오인지, 실제 거래 주체 자체가 다른지에 따라 확인할 내용도 달라집니다. 정정 가능성과 정정 후 공제요건 충족 여부를 각각 살펴야 합니다.

4. 판례 : 명의만 빌린 수입자는 공제할 수 없다고 보았습니다

공식 공개 요지에서 확인한 범위

이 법리는 “수입대행이면 모두 공제받지 못한다”는 뜻이 아닙니다. 어떤 계약 아래 누가 수입의 효과를 부담하는지가 중요합니다. 또한 명의자의 공제가 부인되었다는 사실만으로 다른 회사가 그 세액을 자동으로 공제받는 것도 아닙니다.

다른 회사의 공제 가능성은 그 회사에 대한 적법한 수입세금계산서, 사업 관련성, 귀속시기 등 필요한 요건을 별도로 확인해야 합니다. 이 부분은 공개 요지를 거래에 적용할 때의 실무 해설입니다.

5. 판단 : 계약부터 물품의 사용까지 한 흐름으로 확인하세요

예를 들어 A사 장부에는 재고도 매출도 없고 B사에 대한 통관 수수료만 있다면, A사가 어떤 지위로 수입신고를 했는지 계약과 정산자료를 먼저 읽어야 합니다. 반대로 A사가 자기 책임으로 수입하여 B사에 판매했다면 그 공급관계를 뒷받침할 자료가 중요합니다.

신고 전에는 함께 드린 ‘수입거래 사실확인표’에 거래 주체와 자료 위치를 정리해 두시면 됩니다. 세금계산서에 오류가 있다면 수정 절차를 확인하되, 수정 서류를 받는 것과 실질적인 공제요건을 충족하는 것은 나누어 판단해야 합니다.

매입세액공제가 제한되는 경우의 회계처리나 법인세상 비용 인정 여부도 이번 거래 귀속 판단만으로 함께 정해지는 것은 아닙니다. 실제 수입·사용 관계를 정리한 뒤 해당 세목의 요건에 맞춰 이어서 검토하게 됩니다.

6. 마무리 : 통관서류와 실제 거래가 같은 회사를 가리켜야 합니다

수입부가세를 검토할 때는 세금계산서 한 장보다 그 앞뒤의 거래가 중요합니다. 계약, 대금, 물품, 매출이 어느 회사로 연결되는지 확인하면 공제의 근거와 추가로 준비할 증빙을 구체적으로 정리할 수 있습니다.

수입대행이나 관계회사 간 거래가 있다면 수입세금계산서와 함께 계약서·정산자료·재고내역을 준비해 보세요. 호원세무회계사무소는 자료에 나타난 실제 거래구조를 기준으로 공제요건과 신고 시 확인할 사항을 안내합니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소