조정대상지역 일시적 2주택 3년→2년 단축, 상생임대 종료까지｜2026년 10월 부동산 세제 시행령 개정

오늘은 2026년 9월 29일 국무회의에서 의결된 부동산 세제 관련 시행령 개정 내용을 정리해보겠습니다.

이번 개정은 지난 2026년 세제개편안의 후속조치입니다.

특히 주택을 두 채 보유하고 있거나, 등록임대주택·상생임대주택·비수도권 미분양주택을 보유하고 계신 분들은 실제 양도시점에 따라 세금이 크게 달라질 수 있어 내용을 미리 확인해 두는 것이 좋습니다.

이번 시행령 개정안은 2026년 10월 1일 공포·시행될 예정입니다.

1. 조정대상지역 일시적 2주택, 기존 3년에서 2년으로 단축됩니다

가장 먼저 눈에 띄는 변화입니다.

기존에는 조정대상지역에서 기존 주택을 보유한 상태에서 새로운 주택을 취득해 일시적 2주택자가 된 경우, 일정 요건을 충족하면 3년 이내에 기존 주택을 양도하는 조건으로 양도소득세 1세대 1주택 비과세와 종합부동산세 1세대 1주택 특례를 적용할 수

이번 개정으로 조정대상지역 내 일시적 2주택자의 종전주택 처분기한이 3년에서 2년으로 줄어듭니다.

다만 모든 기존 일시적 2주택자에게 곧바로 2년이 적용되는 것은 아닙니다.

양도소득세의 경우 2026년 8월 4일 이후 신규주택을 취득하고, 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 새로운 2년 규정이 적용됩니다.

반대로 2026년 8월 3일까지 신규주택을 이미 취득했거나, 그 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전 규정을 적용할 수 있도록 경과규정을 두고 있습니다.

따라서 이미 일시적 2주택 상태인 분들은 단순히 “이제 무조건 2년”이라고 생각하지 마시고 신규주택 취득일과 계약일을 먼저 확인해야 합니다.

2. 조정대상지역 매입임대 아파트의 양도세 중과배제도 기한이 생깁니다

등록임대사업자에게 상당히 중요한 내용입니다.

그동안 일정 요건을 충족하는 매입임대주택이 등록말소된 이후에도 다주택자 양도소득세 중과배제와 법인의 주택 양도 시 추가 법인세 과세배제 특례가 계속 적용되는 구조가 있었습니다.

이번 개정에서는 조정대상지역 소재 매입임대 아파트에 대해 이러한 특례를 계속 무기한 인정하지 않고 원칙적인 적용기한을 두기로 했습니다.

기본적인 적용기한은 2027년 12월 31일까지입니다.

즉, 일정한 종전 등록임대 아파트라 하더라도 2027년 말까지 양도하지 않는다면 그 이후에는 기존 중과배제 특례를 계속 받을 수 있는지 다시 따져봐야 합니다.

다만 임대의무기간이 아직 끝나지 않았거나 재건축·재개발이 진행 중인 주택에 대해서는 예외를 두었습니다.

예를 들어 2027년 1월 1일 현재 의무임대기간이 종료되지 않았다면 의무임대기간이 끝나는 날부터 일정 기간 동안 기존 특례를 적용할 수 있도록 별도 유예기간을 둡니다.

재건축·재개발 절차 때문에 즉시 처분하기 어려운 경우에도 별도의 기산일을 두고 특례기간을 인정합니다.

따라서 등록임대주택을 보유하고 있다면 이제는 단순히 “자동말소됐으니 중과배제된다”고 판단해서는 안 됩니다.

등록유형, 등록일, 자동말소일, 의무임대 종료일, 조정대상지역 지정 여부와 실제 양도 예정일을 함께 검토해야 합니다.

3. 임대사업자의 ‘거주주택 비과세 특례’는 5년을 유지합니다

입법예고 당시에는 등록임대주택을 보유한 임대사업자의 거주주택 특례도 함께 축소될 가능성이 있었습니다.

하지만 최종 국무회의 의결안에서는 의견수렴 결과를 반영해 거주주택에 대한 1세대 1주택 특례는 현행과 같이 등록말소일부터 5년간 유지하기로 했습니다.

이는 임대사업자 입장에서는 중요한 부분입니다.

매입임대 아파트 자체를 양도할 때 적용되는 중과배제 특례와, 임대사업자가 본인이 거주하던 주택을 양도할 때 적용받는 거주주택 비과세 특례는 서로 다른 제도이기 때문입니다.

두 가지를 혼동하지 않는 것이 중요합니다.

4. 상생임대주택 특례는 2026년 말 종료됩니다

상생임대주택 특례도 이번에 큰 변화가 있습니다.

현재는 임대료를 직전 계약 대비 5% 이내로 인상하면서 일정기간 상생임대를 하면 조정대상지역 주택의 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제 적용 시 필요한 2년 거주요건을 면제해 주고 있습니다.

하지만 상생임대주택 특례 자체의 적용기한은 예정대로 2026년 12월 31일 종료됩니다.

다만 이미 상생임대차계약을 체결한 사람들에게 아무런 유예기간 없이 특례를 종료하는 것은 부담이 크기 때문에, 상생임대가 끝난 뒤 일정기간 이내에 주택을 양도하면 거주요건을 면제받을 수 있도록 경과규정을 두었습니다.

원칙적으로 상생임대 종료 후 1년 이내에 양도해야 하며, 특례 적용이 가능한 최종 시점은 2029년 12월 31일까지입니다.

특히 2026년 12월 31일 이전에 상생임대차계약에 따른 임대기간이 이미 종료된 경우에는 2027년 12월 31일까지 양도할 수 있도록 별도 규정이 있습니다.

따라서 상생임대주택을 보유하고 계신 분이라면 앞으로는 “상생임대 계약을 체결했는가”만 보는 것이 아니라 상생임대 종료일과 실제 주택 양도일을 함께 관리해야 합니다.

5. 비수도권 준공 후 미분양주택 세제지원은 1년 연장됩니다

반대로 세제지원이 연장되는 부분도 있습니다.

비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원은 기존 종료 예정일보다 1년 연장되어 2027년 12월 31일까지 적용됩니다.

대표적으로 일정 요건을 충족하는 비수도권 준공 후 미분양주택은 양도소득세와 종합부동산세를 계산할 때 주택 수에서 제외하는 특례를 받을 수 있습니다.

또 기업구조조정 부동산투자회사 등이 취득한 비수도권 준공 후 미분양주택에 대해서도 종합부동산세 합산배제와 법인세 추가과세 배제 등의 특례기간이 연장됩니다.

따라서 지방의 준공 후 미분양주택을 매입하려는 경우에는 2027년 말까지의 취득·보유·처분 계획까지 함께 검토할 필요가 있습니다.

6. 한미전략투자기금 출연금은 증여세가 비과세됩니다

상속세 및 증여세법 시행령도 함께 개정됩니다.

한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금을 증여세 비과세 단체에 추가하여 해당 기금에 출연하는 금액에는 증여세를 부과하지 않도록 했습니다.

다만 일반 개인의 증여세 신고와 직접 관련되는 내용이라기보다는 해당 기금에 출연하는 경우에 적용되는 제도입니다.

7. 이번 개정에서 실제 주택 보유자가 가장 먼저 확인해야 할 것은?

이번 시행령 개정은 내용 자체보다 적용시기를 확인하는 것이 더 중요합니다.

특히 다음 네 가지 유형은 다시 한 번 점검해 보는 것이 좋습니다.

첫째, 최근 조정대상지역에서 새로운 주택을 취득해 일시적 2주택 상태가 된 경우입니다.

신규주택 취득일과 종전주택 처분 예정일을 확인해야 합니다.

둘째, 조정대상지역에 자동말소된 등록임대 아파트가 있는 경우입니다.

2027년 12월 31일이라는 기본기한과 별도의 유예기간 적용 여부를 확인해야 합니다.

셋째, 상생임대주택 특례를 적용받으려고 임대료를 5% 이내로 관리해 온 경우입니다.

상생임대 종료일과 실제 양도 예정일을 기준으로 특례 적용 가능기간을 다시 계산해야 합니다.

넷째, 비수도권 준공 후 미분양주택을 취득하거나 취득을 검토하고 있는 경우입니다.

세제지원 기간이 2027년 말까지 연장됐으므로 취득시기와 주택 수 특례 요건을 함께 확인하는 것이 좋습니다.

8. 시행일만 보고 판단하면 안 됩니다

이번 개정안은 2026년 10월 1일 공포·시행될 예정이지만 모든 규정이 그날 이후 거래에 일률적으로 적용되는 것은 아닙니다.

각 규정마다 신규주택 취득일, 계약일, 임대의무 종료일, 등록말소일, 상생임대 종료일, 양도일 등을 기준으로 별도의 경과규정이 있습니다.

따라서 부동산을 처분할 계획이라면 “2026년 10월부터 법이 바뀐다” 정도로만 알고 양도시기를 결정하기보다는 본인이 어떤 경과규정에 해당하는지 먼저 확인하는 것이 중요합니다.

마무리

이번 시행령 개정은 신규 세금을 만드는 내용이라기보다 기존에 적용되던 부동산 세제 특례의 기간과 범위를 조정하는 내용이 많습니다.

그만큼 같은 주택이라도 언제 취득했고, 언제 임대사업자 등록을 했고, 언제 말소됐으며, 언제 양도하느냐에 따라 결과가 크게 달라질 수 있습니다.

특히 일시적 2주택, 등록임대주택, 상생임대주택을 보유하고 계신 분이라면 2026년부터 2029년 사이 양도계획을 한 번 다시 점검해 보시는 것이 좋겠습니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소