법인 주택 취득세 12%, 예외를 적용받아도 종부세는 따로 계산합니다

“법인으로 작은 아파트 한 채만 사려고 합니다. 취득세 중과가 빠지는 집을 고르면 종부세도 없지 않을까요?”

주택을 법인으로 취득할 때 가장 자주 혼동하는 부분입니다. 취득세에서 중과 예외를 인정받더라도 그 주택을 종부세에서 자동으로 제외해 주는 것은 아닙니다. 법인의 주택 취득세는 개인의 주택 수 중과 규정과도 다릅니다. 한 채라는 이유만으로 일반세율을 적용하거나, 매입 후 임대사업자등록만 하면 보유세가 없어질 것으로 계산해서는 안 됩니다.

1. 실무 사례 : 매입할 때의 예외와 보유할 때의 과세

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다. E법인은 일반적인 영리법인으로, 공익법인 등에 적용되는 종부세 특례 대상은 아닙니다. E법인은 주택 한 채를 매입하여 임대하려고 하며, 저가주택이나 직원에게 제공할 주택도 비교하고 있습니다. 대표는 취득세가 낮은 주택이면 매년 종부세 부담도 작을 것이라고 생각합니다.

하지만 취득세는 취득 원인·취득 당시의 주택 요건을 보고, 종부세는 매년 과세기준일의 보유현황과 공시가격·합산배제 요건을 봅니다. 두 세금을 따로 계산한 뒤 합쳐야 실제 자금계획이 나옵니다. 아래 취득세와 종부세의 수치 사례도 서로 다른 가정으로 제시하겠습니다.

2. 쟁점 : 법인 주택은 먼저 12% 원칙과 법정 예외를 확인합니다

지방세법 제13조의2 제1항 제1호는 법인의 주택 유상취득에 별도의 중과세율을 적용합니다. 주택의 공유지분이나 부속토지만 취득하는 경우도 포함될 수 있습니다. 이 규정의 원칙적인 본세율은 4%에 8%포인트를 더한 12%입니다. 법인 설립 후 5년 경과, 본점의 대도시 밖 소재, 첫 번째 주택이라는 사실만으로 제외되지는 않습니다.

다만 이 글의 12%는 주택의 유상취득에 관한 설명입니다. 신축에 의한 원시취득, 증여 등 무상취득, 합병·분할이나 기타 취득 원인은 적용 규정과 특례를 따로 확인해야 합니다. “법인의 주거용 부동산은 모든 취득이 12%”라고 넓혀 설명할 수는 없습니다.

3. 법조문 : 중과 예외와 보유세 과세표준을 따로 읽습니다

지방세법 제13조의2 제1항 제1호 중 세율 문구 제11조제1항제7호나목의 세율을 표준세율로 하여 해당 세율에 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율

법인의 주택 유상취득에 적용하는 본세율 산식입니다. 법정 예외에 해당하는 주택은 시행령 제28조의2를 별도로 확인합니다.

지방세법 시행령 제28조의2 각 호 외의 부분 중 [10] 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 중과세 대상으로 보지 않는다.

열거된 주택의 자격과 실제 용도, 취득 후 유지 조건을 충족해야 합니다. 개인의 다른 주택 수를 셀 때 제외하는 규정과 혼동하지 않아야 합니다.

지방세법 시행령 제28조의2 제1호 나목 [10] 수도권 외의 지역에 소재하는 경우: 시가표준액이 2억원 이하인 주택

수도권의 기준은 1억원 이하입니다. 취득가격이 아니라 시가표준액을 보고, 정비구역 등 같은 호 단서의 제외 조건도 확인합니다.

종합부동산세법 제8조 제1항 제2호 [12] 제9조제2항제3호 각 목의 세율이 적용되는 법인 또는 법인으로 보는 단체: 0원

일반 법인에 개인의 기본공제액을 그대로 적용할 수 없다는 규정입니다. 공익 목적 등 특례 대상 법인과는 구분합니다.

4. 판례·행정해석 — 같은 주택도 “운영”과 “투자”를 구분합니다

이 편에서는 적용되는 개별 예외의 취지를 설명하는 행정해석을 중심으로 보겠습니다. 행정안전부 부동산세제과-442(2021. 2. 9.)는 노인복지주택을 운영하기 위해 취득하는 경우와 일반 수분양자의 취득을 구분했습니다. 법령이 예정한 노인복지주택 운영자가 아니라 일반적인 투자 목적으로 취득하는 법인에게 예외가 당연히 적용되는 것은 아니라는 내용입니다.

이 회신은 법원 판결이 아니며, 현재는 회신 당시 법령과 현행 시행령을 함께 대조해야 합니다. 실무적으로 중요한 점은 건물의 명칭만 보는 것이 아니라 누가 어떤 목적으로 취득하고 실제로 그 용도로 사용하는지를 확인한다는 것입니다. 직원용 주택이나 공공지원 임대주택도 마찬가지로 법에서 정한 대상과 사용 조건을 확인해야 합니다.

5. 판단 : 취득세 예외를 먼저 확인하고 종부세를 다시 계산합니다

가. 2026년 현재 확인할 주요 중과 예외

다음은 현행 시행령 제28조의2 중 실무에서 먼저 비교할 항목입니다. 전체 예외를 모두 열거한 표는 아니며, 실제 취득일에 적용되는 본문·부칙과 각 호의 전체 요건을 확인해야 합니다. “주택 수에서 제외된다”는 다른 규정을 법인의 취득세 면제 규정으로 바꾸어 적용해서는 안 됩니다.

특히 철거 예정 주택은 “나중에 철거한다”는 계획만으로 예외가 되지 않습니다. 시행령 제28조의2 제8호는 사업자의 유형을 나누고 있습니다. 적격 주택신축판매업자의 1년·3년·5년 요건과, 그 외 일부 주택건설사업자의 3년 멸실·7년 신축 요건, 공공지원민간임대 개발사업자의 2년·6년 요건을 서로 바꾸어 적용하지 않아야 합니다. 기한 위반에 관한 정당한 사유도 실제 사실을 바탕으로 판단합니다.

또 하나 주의할 점은 제13조의2의 주택 중과 예외가 다른 중과까지 모두 없애 주지는 않는다는 것입니다. 예를 들어 저가주택이라도 대도시 설립·지점 설치·전입에 따른 제13조 제2항의 독립된 중과 사유가 있다면 그 규정을 별도로 대조해야 합니다.

나. 10억원 주택의 취득세 계산 예시

일반 법인이 과세표준 10억원의 주택을 유상취득하고 12% 중과대상이며, 농어촌특별세도 과세된다고 가정하겠습니다. 다른 중과·감면은 없습니다.

농어촌특별세 비과세 대상이라면 해당 세액은 달라집니다. 표의 13.4%를 모든 법인 주택 취득에 적용하는 것은 아니며, 국민주택채권·등기수수료·중개보수 등은 포함하지 않았습니다. 매입 전에는 법인 주택 중과, 예외, 농어촌특별세 적용을 각각 확인해야 합니다.

다. 종부세에서는 법인 공제와 세율을 처음부터 다시 봅니다

대출을 받아 샀다고 공시가격에서 차입금을 빼 주는 구조는 아닙니다. “한 채이고 가격도 크지 않다”는 개인의 감각으로 계산하기보다, 법인에 기본공제가 적용되는지부터 확인해야 합니다. 다만 공익법인 등 법에서 따로 정한 특례 대상 법인까지 모두 같은 방식으로 설명해서는 안 됩니다.

라. 공시가격 합계가 같아도 주택 수에 따라 달라지는 부분

취득세 사례와 별개인 종부세 계산 가정입니다. 일반 법인이 6월 1일 보유한 과세대상 주택의 공시가격 합계가 6억원이고 합산배제 대상이 없다고 하겠습니다. 한 채인 경우와 세 채인 경우를 비교하되, 재산세액 공제 전 단계까지만 계산합니다.

972만원과 1,800만원은 최종 고지세액이 아닙니다. 각각에서 법정 재산세액 공제 등을 반영해야 하고, 산출된 납부 종부세액에 농어촌특별세를 더해야 합니다. 다른 조정이 없다는 단순 가정에서 1주택의 재산세액 공제액을 D만원이라고 놓으면, 종부세와 농어촌특별세 합계는 (972 − D) × 1.2만원입니다. 별도로 납부하는 재산세 자체는 이 합계에 포함하지 않았습니다.

마. 취득세 예외와 종부세 합산배제의 자료를 따로 준비합니다

취득세에서 사원용 주택이나 등록임대주택에 관한 예외를 적용받았더라도 종부세에서는 별도의 사원용 주택·임대주택 등의 합산배제 요건을 확인해야 합니다. 취득일, 등록 유형, 임대·사용기간, 실제 사용자 등이 각각의 규정에 맞아야 합니다. 종부세 합산배제 신고기간인 9월 16~30일도 따로 관리해야 합니다.

비주택이라고 종부세가 완전히 무관한 것도 아닙니다. 상가·사무실 건물 자체와 토지는 다르게 보며, 토지는 종합합산·별도합산 등의 구분과 5억원·80억원의 해당 공제 기준을 별도로 검토합니다. 일반 법인의 주택 공제가 0원이라는 설명을 토지분까지 넓혀 적용해서는 안 됩니다.

주택을 매입하기 전에는 취득세 예상액, 매년의 재산세·종부세, 임대수익과 이자, 향후 처분에 따른 법인세를 한 표에 놓고 결정하시는 것이 좋습니다. 이 글에서는 취득세와 종부세에 집중했지만, 취득세 예외 하나만으로 법인 보유가 유리하다고 단정하기는 어렵습니다. 취득 예정 주택의 공시자료와 용도·임대계획을 함께 준비해 상담을 요청해 주세요.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소