자사몰 세금 신고, PG 정산금·사입비·재고는 어떻게 맞출까요?

쇼핑몰 전문 최영환 세무사입니다.

자사몰에서 상품을 사입해 판매한다면, PG 정산금과 매출, 사입액과 매출원가를 각각 구분해야 합니다. 매출은 상품 공급과 대가를 기준으로, 매출원가는 판매된 상품의 취득원가를 기준으로 계산합니다. 아래에서는 국내에서 과세상품을 판매하는 일반과세 쇼핑몰을 중심으로, 매월 어떤 자료를 맞춰야 하는지 설명드리겠습니다.

1. PG 정산금과 매출은 다른 숫자입니다

PG사는 고객의 결제대금에서 수수료 등을 차감해 정산합니다. 따라서 매출을 계산할 때는 통장 입금액에 수수료만 기계적으로 더하는 것이 아니라, 결제·취소·환불·정산보류 내역을 주문별로 맞춰야 합니다.

예를 들어 상품 공급이 완료된 거래에서 고객이 110만원을 결제했고, PG 수수료 3만3,000원을 차감한 106만7,000원이 입금됐다고 가정해 보겠습니다. 수수료에는 부가세가 포함되어 있고, 해당 수수료의 세금계산서를 정상 수취한 사례입니다.

이 사례의 상품 매출은 부가세를 제외한 100만원입니다. 입금액 106만7,000원을 그대로 공급가액으로 신고하지 않습니다. PG 수수료는 별도 비용으로 처리하고, 그 수수료의 매입세액은 공제요건을 충족할 때 공제합니다.

홈택스 조회자료와 PG 자료를 합칠 때도 주의해야 합니다. 국세청은 카드매출, 현금영수증, 판매·결제대행자료를 서로 다른 항목으로 제공합니다. 같은 주문이 여러 자료에 나타날 수 있으므로, 조회된 합계를 전부 더하거나 ‘기타 매출만 추가하면 된다’고 정해 놓지 마세요. 주문번호·승인번호·금액을 기준으로 이미 반영된 매출과 별도로 반영할 매출을 구분하는 방식이 필요합니다.

자사몰 계좌로 직접 받은 돈, PG를 거치지 않은 결제, 취소된 주문도 함께 대조하세요. 결제일·배송일·반품일·정산일이 서로 다르면 어느 과세기간에 반영할지도 구분해야 합니다. 전표가 조회된 날짜나 입금된 날짜만으로 거래 시기를 정하지 않습니다.

2. 사입 증빙은 부가세와 소득세를 나누어 봅니다

세금계산서를 받아야 하는 거래라면 공급자의 사업자등록번호, 공급시기, 공급가액과 부가세가 실제 거래와 일치하는지 확인하세요. 세금계산서를 받았더라도 사적 구입이거나 면세사업 관련 지출 등 불공제 사유에 해당하면 매입세액을 공제받을 수 없습니다. 간이과세자는 일반과세자와 계산방식도 다릅니다.

반대로 세금계산서가 없다는 이유만으로 실제 사입원가가 모두 사라지는 것도 아닙니다. 실제 물건을 사업용으로 매입했다는 사실과 금액이 확인되면 소득세상 필요경비 판단을 받을 수 있습니다. 다만 적격증빙 수취의무를 위반했다면 비용 인정과 별개로 증명서류 수취 불성실 가산세가 문제 됩니다.

소득세법 제81조의6은 일정한 예외를 제외하고, 적격증빙 없이 필요경비로 인정되는 금액에 2%의 가산세를 정하고 있습니다. 즉 ‘비용 인정 여부’와 ‘증빙 가산세’는 별개의 판단입니다.

도매처 장부 영수증만 있다면 주문서, 거래명세서, 계좌이체 내역, 입고기록을 함께 보관하고 정상 증빙의 발급 가능 여부를 확인하세요. 다른 업체 명의의 세금계산서로 대체해서는 실제 공급자와 증빙이 맞지 않는 문제가 생깁니다.

3. 쿠폰·적립금은 누가 부담하는지가 중요합니다

판매자가 자기 부담으로 가격을 직접 할인한 금액과, 플랫폼이 판매자에게 보전해 주는 금액은 구분해야 합니다. 특히 마일리지 결제는 자기적립 여부와 제3자 보전액에 따라 공급가액 계산이 달라집니다.

가상으로 부가세 포함 3만3,000원짜리 상품에 판매자 부담 할인쿠폰 3,300원을 적용하고, 다른 곳에서 보전받는 금액이 없다고 가정하겠습니다. 고객 결제액은 2만9,700원이고, 이 거래의 공급가액은 2만7,000원, 부가세는 2,700원입니다.

반면 고객이 덜 낸 포인트 사용분을 판매자가 플랫폼에서 보전받는 거래라면 그 보전액까지 포함할 수 있습니다. 고객이 미리 돈을 내고 충전한 금액도 무료로 적립해 준 포인트와 구분해야 합니다. ‘쿠폰’이나 ‘적립금’이라는 항목명만 보고 일괄 차감하지 않는 이유입니다.

대법원 2016.8.26. 선고 2015두58959 전원합의체 판결은 구법이 적용되는 거래에서 앞선 구매로 적립한 포인트를 후속 구매에 사용해 차감한 금액을 에누리로 인정했습니다. 다만 현재 신고에서는 그 판결의 표현만 적용하지 말고, 이후 마련된 부가가치세법 시행령 제61조의 자기적립·제3자 보전 기준을 함께 적용해야 합니다.

따라서 정산자료에는 판매자 부담 할인, 플랫폼 부담 할인, 자기적립금 사용, 제3자 보전액을 구분해 두세요. PG 자료에 할인 후 금액이 이미 반영됐다면 같은 할인액을 다시 빼지 않습니다.

4. 올해 사입한 상품 중 남은 재고는 다음으로 넘어갑니다

상품 매출원가는 기본적으로 다음과 같이 계산합니다.

매출원가 = 기초재고 + 당기매입액 − 기말재고

가상으로 기초재고가 없고, 올해 상품을 5,000만원 매입했으며 연말 재고의 취득원가가 1,200만원이라면 매출원가는 3,800만원입니다. 모두 공제 가능한 부가세를 제외한 금액이고, 별도의 폐기손실이나 다른 원가 조정은 없다고 가정한 계산입니다.

재고는 판매 예정가격이 아니라 적용하는 평가방법에 따른 취득원가 등을 기준으로 정리합니다. 단순히 유행이 지났거나 판매가 부진하다는 이유만으로 임의로 재고를 없애지 말고, 수량·원가·상태를 구분하세요. 파손·폐기된 상품은 사진, 품목·수량, 처리일, 폐기자료를 남겨 손실 반영 요건을 별도로 판단해야 합니다.

여기서 부가세와 소득세의 시점도 구분해야 합니다. 일반과세자가 과세사업용 상품을 매입하고 공제요건을 갖췄다면, 그 상품이 아직 재고로 남아 있다는 이유만으로 매입세액 공제를 판매 시점까지 미루지는 않습니다.

5. 신용카드 발행세액공제도 대상과 한도를 확인합니다

소비자를 상대하는 개인 쇼핑몰은 신용카드매출전표 등 발행세액공제 대상인지 확인할 필요가 있습니다. 법인사업자는 이 공제 대상이 아니며, 개인사업자도 업종·직전 연도 공급가액·결제수단 요건을 충족해야 합니다. 직전 연도 공급가액 기준은 사업장별 10억원 초과 여부를 확인합니다.

2026년 12월 31일까지 적용되는 공제율은 대상 발급·결제금액의 1.3%, 연간 한도는 1,000만원입니다. 다만 공제 전 납부할 세액을 초과하는 부분까지 환급해 주는 제도는 아닙니다. ‘간편결제’라는 이름만으로 모든 결제금액을 공제대상에 넣지 말고 카드전표·현금영수증·법정 전자적 결제수단 해당 여부를 확인하세요.

매월 전달할 자료를 한 번에 정해 두세요

쇼핑몰 세금 신고를 준비할 때는 주문·배송·취소 자료, PG 결제·정산자료, 직접 입금 내역, 매입증빙, 할인 부담 내역, 재고 수불자료를 함께 정리하세요. 같은 주문이 매출자료에 두 번 들어갔는지, 사입한 상품 중 얼마가 판매됐는지를 설명할 수 있어야 합니다.

쇼핑몰 기장 상담을 준비하신다면 운영 중인 판매채널, 사업자 과세유형, 최근 한 달의 주문·정산자료와 매입증빙부터 모아 주세요. 이 자료가 있어야 현재 신고자료에서 누락이나 중복이 발생하는 지점을 구체적으로 확인할 수 있습니다.

작성 기준일: 2026년 9월 28일. 일반적인 국내 과세상품 사입·판매를 중심으로 설명했으며, 구매대행·위탁판매·해외판매와 간이과세자는 거래형태와 적용규정을 별도로 확인합니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소