개인사업자 법인전환, 포괄양수도만 하면 양도세도 미룰 수 있을까요?

사업용 부동산을 함께 넘기는 대표자가 궁금해할 질문을 먼저 제시하고, 포괄양수도와 양도소득세 이월과세의 관계를 본문에서 설명합니다.

“개인사업을 법인으로 바꾸려고 합니다. 지금 사업에 쓰는 건물도 함께 넘길 생각인데,

포괄양수도 계약을 하면 양도세는 내지 않아도 되나요?”

법인전환을 고민하실 때는 개인사업자로 낼 소득세와 법인이 낼 법인세를 먼저 비교하게 됩니다. 그런데 개인 명의의 사업용 부동산이 있다면, 전환 후의 세금 못지않게 중요한 문제가 있습니다. 그 부동산을 새 법인에 넘기는 과정에서 발생하는 세금입니다.

대표님이 설립한 법인에 사업 전체를 넘기더라도, 부가세를 내지 않는 문제와 양도소득세를 미루는 문제는 서로 다릅니다. 법인이 부동산을 취득하면서 내는 취득세도 별도로 계산해야 합니다. 그래서 법인전환을 준비할 때는 “포괄양수도로 하면 된다”는 설명에서 한 걸음 더 들어가, 각각의 세금에 어떤 요건이 붙는지 살펴보아야 합니다.

아래 사례를 통해 사업용 건물을 넘길 때 무엇부터 정해야 하는지, 자본금과 영업권은 어떻게 연결되는지 순서대로 설명드리겠습니다.

1. 실무 사례

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다.

A 대표는 개인사업자로 제조업을 운영해 왔습니다. 사업 규모가 커지고 설비투자도 늘어나면서, 앞으로는 법인을 설립해 사업을 이어가기로 했습니다. 현재 사업에 사용하는 토지와 건물의 시가는 8억원이고, 재고와 기계 등 함께 넘길 다른 자산은 2억원입니다. 새 법인이 인수할 사업 관련 채무는 3억원입니다.

A 대표는 우선 자본금 5억원으로 법인을 설립한 뒤, 토지·건물과 설비, 거래처 관계를 함께 넘기는 포괄양수도 계약을 체결하려고 했습니다. 사업을 나누어 파는 것이 아니라 그대로 이어가는 것이므로, 부가세뿐 아니라 건물에 대한 양도세도 당장 내지 않아도 될 것으로 생각했습니다.

다만 오랫동안 거래해 온 고객과 축적된 기술이 있어 영업권을 별도로 평가할 필요가 있는지는 아직 정하지 못했습니다. 어떤 자산과 채무를 얼마로 넘길지도 최종 계약서에 확정되지 않은 상태였습니다.

그런데 제시된 금액만으로 계산해도 새 법인에 넘기는 순자산은 7억원입니다. 자산 10억원에서 승계할 채무 3억원을 뺀 금액이지요. 예정한 자본금 5억원보다 2억원이 많습니다. 영업권 등 다른 조정항목이 없다는 전제에서도 이 차이가 생기므로, 법인을 먼저 설립하기보다는 출자금과 자본금부터 다시 검토해야 하는 상황입니다.[4] · [5]

2. 쟁점

이 사례에서 먼저 답해야 할 질문은 “사업을 포괄적으로 넘기는 거래라면, 사업용 부동산의 양도세도 미룰 수 있는가”입니다. 결론부터 말씀드리면, 부가세상 사업양도에 해당하더라도 양도소득세 이월과세 요건은 별도로 갖춰야 합니다.

같은 사업양수도 계약이라도 세금마다 살펴보는 내용이 다릅니다. 아래처럼 나누어 보면 어떤 자료와 절차가 필요한지 한결 분명해집니다.

포괄양수도라는 계약 이름 하나로 이 판단들이 모두 끝나는 것은 아닙니다. 특히 A 대표처럼 부동산이 있는 경우에는 실제 이전할 재산과 채무를 확정하는 일이 출자금과 자본금을 정하는 출발점이 됩니다.

3. 법조문

부가가치세법 제10조 제9항 각 호 외의 부분 및 제2호 ⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다. 2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다. [1]

사업 전체를 넘기는 거래가 법에서 정한 요건을 갖추면 부가세를 계산하는 재화의 공급으로 보지 않습니다. 다만 이 규정은 부가세에 관한 것이므로, 건물을 넘긴 개인의 양도소득세와 취득한 법인의 취득세는 따로 판단합니다.

조세특례제한법 제32조 제1항부터 제3항 ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다. 다만, 해당 사업용고정자산이 주택 또는 주택을 취득할 수 있는 권리인 경우는 제외한다. ② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다. ③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. [3]

이월과세를 받으려면 이전할 자산과 업종, 법인전환 방법, 자본금 및 신청요건을 갖춰야 합니다. 주택이나 주택을 취득할 수 있는 권리는 이 특례에서 제외됩니다.

조세특례제한법 시행령 제29조 제2항 ②법 제32조제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. [4]

사업양수도 방식으로 이월과세를 받는 경우에는 기존 사업자가 일정 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 설립일부터 3개월 이내에 사업을 넘겨야 합니다. 자본금과 양수도 일정을 설립 전에 함께 정해야 하는 이유입니다.

지방세특례제한법 제57조의2 제4항 ④ 「조세특례제한법」 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도ㆍ양수에 따라 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산(「통계법」 제22조에 따라 국가데이터처장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른 부동산 임대 및 공급업에 대해서는 제외한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 취득일부터 5년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다) 또는 주식을 처분하는 경우에는 경감받은 취득세를 추징한다. [6]

요건에 맞는 법인전환으로 사업용 고정자산을 취득하면 취득세를 50% 경감받을 수 있습니다. 적용기한과 제외업종, 이후 추징 사유는 양도소득세 이월과세와 별도로 확인해야 합니다.

4. 판례

어느 순자산가액과 출자금을 비교해야 할까요?

대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결은 이 문제를 이해하는 데 도움이 됩니다. 개인사업의 일부 자산과 부채를 제외하고 법인에 넘겼을 때, 원래 개인사업장의 순자산과 실제 넘긴 순자산 중 어느 금액을 출자금과 비교해야 하는지가 다투어졌습니다.

이 사건에서 개인사업장 전체의 순자산가액은 약 3,630만원이었습니다. 개인사업자가 법인에 출자한 금액은 168,000,000원이었으니, 전체 순자산만 놓고 보면 출자금은 충분해 보였습니다. 그러나 일부 자산과 부채를 이전대상에서 제외하고 나니, 실제로 법인에 넘기는 순자산가액은 173,287,826원으로 달라졌습니다. 이 금액과 비교하면 출자금이 부족했습니다.

대법원은 실제 사업양수도 대상에 포함된 순자산가액을 기준으로 보아야 한다고 판단했습니다. 그리고 개인사업장 전체의 순자산을 기준으로 감면을 인정한 원심판결을 파기하고 사건을 돌려보냈습니다.

이 판결을 A 대표의 상황에 연결해 보겠습니다. 장부에 적힌 순자산을 확인하는 것만으로는 충분하지 않습니다. 어떤 재산을 법인에 넘기고 어떤 채무는 개인이 남겨서 부담할지에 따라, 법인에 실제로 이전하는 순자산이 달라지기 때문입니다. 따라서 출자금을 정할 때는 사업양수도 계약서의 이전 범위와 순자산가액 계산에 사용한 항목이 일치해야 합니다.

다만 위 판결은 당시의 취득세·등록세 면제 규정을 다룬 사건입니다. 여기서는 실제 이전대상을 기준으로 순자산을 계산한다는 법리를 참고하고, 현재 거래의 취득세 감면율과 요건은 현행 지방세특례제한법에 따라 별도로 판단해야 합니다.

순자산이 음수인 경우에는 출자요건도 달리 살펴봅니다

행정안전부 지방세운영과-1325(2013. 7. 1.)는 개인기업의 순자산가액이 음수인 경우의 출자요건을 해석한 회신입니다. 이 회신은 순자산 부족액을 추가로 메워야 한다는 별도의 규정 없이 “순자산가액 이상 출자”라는 요건을 판단해야 한다는 취지입니다.

따라서 법인전환에는 언제나 일정한 큰 금액의 자본금이 필요하다고 말하기도 어렵습니다. 중요한 것은 그 사업에서 실제 이전되는 순자산이 얼마인지입니다. 이 회신 역시 당시 지방세 제도에 관한 해석이므로, 채무를 얼마까지 인정할지나 현재의 감면요건까지 한꺼번에 해결해 주는 근거로 보아서는 안 됩니다.

5. 판단

① 법인세율이 낮아도 대표님의 전체 세금은 따로 계산해야 합니다

먼저 법인으로 바꾼 뒤의 세금부터 짚어보겠습니다. 2026년 1월 1일 이후 시작하는 사업연도의 일반 법인세율은 10%·20%·22%·25%입니다. 일반 법인은 과세표준 2억원 이하 구간에 10%, 2억원 초과 200억원 이하 구간에 20%를 적용합니다. 지방소득세는 여기에 포함하지 않은 수치입니다.

다만 법인세법 제60조의2 제1항 제1호에 해당하는 특정 내국법인은 별도의 세율표가 적용됩니다. 따라서 모든 법인이 10% 세율부터 적용받는다고 전제해서도 안 됩니다.

그보다 먼저 구분할 것은 회사에 남길 돈과 대표님이 가져갈 돈입니다. 회사에 이익을 남겨 설비투자나 운영자금으로 사용하려는 경우와, 대부분을 생활비로 가져가야 하는 경우는 비교 결과가 다를 수 있습니다. 대표이사 급여에는 대표 개인의 근로소득세가, 배당에는 주주의 배당소득세가 연결됩니다. 배당은 급여처럼 회사의 인건비로 처리하는 항목도 아닙니다.

배우자에게 배당할 계획이라면 실제 주주인지, 그 지분을 어떻게 취득했는지도 함께 살펴야 합니다. 그래서 법인전환의 유불리는 법인세만 비교하지 않고, 회사와 대표자·주주의 세금, 사회보험 부담, 전환에 드는 비용을 함께 계산해야 합니다. 이 사례에서는 급여와 배당액, 보험 자격을 정하지 않았으므로 전체 절감액을 제시하지 않았습니다.

② 사업을 넘기는 방법과 적용받을 세제혜택을 함께 정합니다

개인사업의 자산을 법인으로 옮기는 방법은 하나가 아닙니다. 자산별로 매매할 수도 있고, 사업을 양도하는 계약을 맺을 수도 있습니다. 현금 대신 재산을 출자하고 주식을 받는 현물출자 방식도 있습니다. 어느 방법을 택하든 그 거래에 부가세상 사업양도나 양도세 이월과세가 적용되는지는 다시 확인해야 합니다.

부가세 규정에는 미수금·미지급금 등 일정한 항목을 제외하고 넘겨도 사업을 포괄적으로 승계한 것으로 보는 내용이 있습니다. 그렇다고 제외하는 항목이 다른 세금에도 영향을 주지 않는 것은 아닙니다. 앞서 본 판결처럼, 어느 채무를 남겨 두느냐에 따라 출자금과 비교할 순자산가액이 달라질 수 있습니다.

③ 자본금은 넘길 재산과 채무를 확인한 다음 정합니다

이제 A 대표의 계획을 계산해 보겠습니다. 순자산가액은 단순히 건물 시가만을 말하는 것이 아닙니다. 법인에 넘길 자산을 시가로 평가한 금액에서, 계산에 포함할 수 있는 부채를 차감한 금액입니다. 자산과 부채 모두 실제 이전 범위에 맞춰 확인해야 합니다.

위 계산은 자산의 시가와 채무의 적격성이 모두 인정되고, 영업권·충당금 등 다른 조정항목은 없다고 가정한 것입니다. 납부할 세금을 계산한 표가 아니라, 출자금과 자본금을 검토하기 위한 표입니다.

이 전제라면 A 대표는 자본금 5억원으로 설립하는 계획을 그대로 진행하기 어렵습니다. 사업양수도 방식으로 이월과세를 받으려면 본인의 출자금과 신설법인의 자본금이 각각 관련 요건을 갖추도록 준비해야 합니다. 법인설립일부터 3개월 이내에 사업을 포괄적으로 넘기는 일정도 맞춰야 합니다.

실무적으로는 건물의 장부가액과 시가가 같은지, 대출금 중 사업과 무관하게 사용한 금액은 없는지, 법인이 실제로 인수할 채무가 무엇인지를 확인하게 됩니다. 영업권을 평가해 이전대상에 포함한다면 그 금액도 반영해 순자산을 다시 계산해야 합니다.

이 과정을 설립 전에 마치는 것이 중요합니다. 법인 설립과 양수도를 끝낸 뒤 자본금이 부족했다는 사실을 알게 되면, 나중에 증자하는 것만으로 당초 요건을 갖춘 것으로 처리된다고 기대하기 어렵습니다. 계약서에 넣을 재산·채무 목록과 평가자료를 먼저 정리한 뒤, 출자금과 거래일정을 정하는 순서가 필요합니다.

④ 영업권은 무엇을 넘기는지에 따라 개인의 세금도 달라집니다

영업권은 건물이나 기계 외에 그 사업이 가진 거래처 관계, 영업상의 신용, 축적된 기술 등에서 생기는 경제적 가치를 생각하시면 됩니다. 다만 오래 운영했다거나 이익이 났다는 이유만으로 일정한 영업권 가액이 자동으로 정해지는 것은 아닙니다. 새 법인이 실제로 무엇을 이어받는지와 그 대가를 뒷받침할 수익자료가 있어야 합니다.

영업권에서는 평가금액만큼이나 소득의 종류가 중요합니다. 사업에 사용하던 토지·건물 또는 관련 부동산 권리와 함께 양도하는 영업권은 소득세법 제94조의 양도소득에 해당할 수 있습니다. 이 규정에 해당하지 않는 영업권 양도대가는 소득세법 제21조의 기타소득 등으로 판단합니다. 부동산을 함께 넘기는지에 따라 개인의 신고방식부터 달라지는 것입니다.

따라서 A 대표처럼 사업용 부동산과 영업권을 함께 이전하려는 경우에는 두 대가를 구분하고, 각각 어떤 소득으로 신고할지와 이월과세를 어디까지 적용할 수 있는지를 확인해야 합니다. 부동산의 양도세를 미룰 수 있다는 결론만으로 영업권 대가까지 같은 처리가 된다고 보아서는 안 됩니다.

평가보고서는 그 판단을 뒷받침하는 자료입니다. 보고서가 있다는 사실만으로 가격이나 세금 처리가 모두 확정되는 것은 아니므로, 계약서에 적힌 이전 범위와 실제 수익자료, 거래처·기술의 승계 내용이 서로 맞는지 함께 살펴야 합니다.

⑤ 전환 후 건물을 팔거나 주식을 증여할 계획도 미리 살펴야 합니다

이월과세는 양도소득세를 없애 주는 제도가 아니라 뒤로 미루는 제도입니다. 따라서 법인전환 당시 요건을 갖췄는지뿐 아니라, 이후 사업을 유지하고 자산과 주식을 어떻게 보유하는지도 중요합니다. 취득세를 감면받는 경우에는 그 사후관리 요건도 따로 확인해야 합니다.

양도소득세의 사후관리 사유가 발생하면, 이월과세를 적용받았던 개인은 원칙적으로 그 사유가 발생한 달의 말일부터 2개월 이내에 해당 세액을 납부해야 합니다. 다만 법인이 이미 납부한 세액은 제외합니다. 사업 폐지 여부도 폐업신고만으로 판단하지 않습니다. 승계한 사업용 고정자산의 절반 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않는 경우 등 시행령에서 정한 사유를 함께 봅니다.

취득세는 같은 5년이라도 기간을 세기 시작하는 날과 추징 사유가 다릅니다. 따라서 “주식을 50% 미만만 넘기면 괜찮겠지”라고 국세 기준만으로 결론을 내리기 어렵습니다. 건물을 다른 사람에게 임대하거나 자녀에게 주식을 넘길 계획이 있다면, 그 거래가 양도세 이월과세와 취득세 감면에 각각 어떤 영향을 주는지 확인한 뒤 실행해야 합니다.

⑥ 법인 설립 전에 정리할 자료가 분명해집니다

여기까지 살펴보면 준비 순서도 정리됩니다. 먼저 법인에 넘길 재산과 채무를 같은 기준일로 정리하고, 부동산 등기사항과 취득자료, 차입금 잔액과 사용처를 대조합니다. 그 다음 영업권을 포함해 이전가액을 확정하고, 대표님의 출자금 조달계획과 법인 설립·사업양수도·이월과세 신청일정을 연결하면 됩니다.

전환 후 신고의무도 함께 살펴야 합니다. 성실신고확인대상 개인사업자가 일정한 방법으로 법인으로 전환한 경우에는 사업연도 종료일 현재 전환 후 3년 이내인 법인에 성실신고확인 의무가 이어질 수 있습니다. 개인사업 때 적용받던 공제·감면 역시 각 제도의 승계요건을 확인해야 합니다. 법인으로 바꾸었다고 기존 의무가 모두 없어지거나 새로운 창업 혜택이 시작되는 것은 아닙니다.

A 대표에게도 우선 필요한 것은 설립등기를 서둘러 마치는 일이 아니라, 법인에 실제로 넘길 순자산을 확정하는 일입니다. 이 사례의 전제가 유지된다면 순자산 7억원에 맞춰 출자금과 자본금 계획을 다시 세워야 합니다. 그 다음 부가세상 사업양도, 양도세 이월과세, 취득세 감면을 각각 적용할 수 있는지 확인하면 됩니다.

법인전환을 검토하고 계시다면 최근 결산자료와 이전할 부동산·차입금 내역, 전환 후 급여·배당·투자계획을 함께 준비해 주세요. 사업을 옮기는 과정의 세금과 법인으로 운영한 뒤의 부담을 함께 비교해야, 대표님 상황에 맞는 전환방법을 정할 수 있습니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소