대표이사 배우자에게 지급한 급여, 출퇴근기록이 없으면 모두 가공인건비일까요?

오늘은 대표이사 배우자에게 지급한 급여가 출퇴근기록이 없으면 모두 가공인건비로 처리 되어 경비 인정이 안되는지에 대해서 알아보겠습니다.

“배우자가 회사 일을 실제로 도와주고 있습니다. 출퇴근부나 고정 자리가 없는데도 급여를 비용으로 인정받을 수 있을까요?”

1. 실무 사례

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다.

A법인은 산업용 부품을 납품하는 중소기업입니다. 매출 규모가 크지는 않지만 거래처별 정산, 은행 대출서류, 급여자료, 세금계산서 확인처럼 대표자가 직접 챙기기에는 손이 많이 가는 업무가 꾸준히 발생했습니다. 몇 해 사이 직원이 7명에서 3명으로 줄고 중도퇴사도 반복되자 대표이사 김 대표는 사내이사로 등기되어 있던 배우자 B에게 자금·정산 업무와 거래처 서류 관리를 맡겼습니다.

B는 매일 정해진 시간에 출근하는 상근 직원은 아니었습니다. 주 2~3회 정도 회사에 들르거나 집에서 자료를 정리했고, 은행 담당자와 대출서류를 주고받거나 월말 정산표를 확인하는 일을 맡았습니다. 회사는 B에게 2022년부터 2025년까지 매년 2,700만원, 4년간 합계 1억 800만원의 급여를 지급하고 원천징수와 급여 신고도 했습니다.

2026년 법인세 통합조사에서 문제가 생겼습니다. 조사팀이 현장을 방문했을 때 B의 고정 좌석이 없었고 출퇴근기록도 따로 작성되어 있지 않았습니다. 업무분장표도 오래된 상태였고, 일부 직원은 “B가 매일 출근하는 것은 아니다”라고 진술했습니다. 과세관청은 B가 대표이사의 배우자라는 점까지 들어 급여 전액을 실제 근무 없는 가공인건비로 보아 손금에서 제외하려고 했습니다.

A법인은 이에 대해 B가 비상근 이사로 실제 업무를 수행했다고 설명했습니다. 퇴사자들의 업무가 누구에게 넘어갔는지, B가 은행·거래처와 주고받은 전자우편, 월별 정산파일의 작성·수정 이력, 결재기록, 계좌 이체내역을 모아 제출했습니다. 같은 기간 비슷한 업무를 맡은 직원의 보수와 비교해 B의 급여가 높지 않다는 자료도 함께 제시했습니다.

이 사례에서 중요한 것은 “가족이니까 비용이 된다, 안 된다”가 아닙니다. 실제 업무가 있었는지와 급여가 그 업무의 대가로 설명되는지를 따로 확인해야합니다.

2. 쟁점

첫 번째 쟁점은 B에게 지급한 돈이 실제 직무 수행의 대가인지입니다.

법인의 인건비는 원칙적으로 손비에 포함되지만, 실제 근무가 없는 사람에게 형식상 급여만 지급했다면 사업 관련 비용이라고 보기 어렵습니다. 급여대장과 계좌이체는 지급 사실을 보여줄 뿐, 그 지급이 실제 업무의 대가였다는 점까지 자동으로 증명하지는 않습니다.

두 번째 쟁점은 비상근 임원이라는 이유만으로 비용을 부인할 수 있는지입니다.

현행 법인세법 시행령은 상근이 아닌 임원에게 지급한 보수도 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인에 해당하는 경우를 제외하고 손금에 산입한다고 규정합니다. 따라서 고정 좌석이나 일반 직원과 같은 근태기록이 없다는 사정은 중요한 증빙상 약점일 수 있지만, 그것만으로 결론을 낼 수는 없습니다.

세 번째 쟁점은 보수의 수준입니다.

실제 업무가 확인되더라도 대표이사 배우자처럼 특수관계에 있는 임원에게 직무와 책임에 비해 현저히 높은 보수를 지급했다면 과다한 부분은 별도의 손금불산입 문제가 생길 수 있습니다. 이때는 직함의 명칭보다 실제로 어떤 권한과 책임을 행사했는지, 회사 내부의 비교 가능한 임직원과 보수가 어떻게 다른지 살펴보아야 합니다.

3. 법조문

가. 법인세법 제19조 제1항·제2항 (손금의 범위)

• ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.
• ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

비용으로 처리하려면 단순히 돈이 나갔다는 사실만으로는 부족하고, 법인의 사업과 관련된 통상적인 지출이거나 수익과 직접 관련된 지출이어야 합니다.

나. 법인세법 시행령 제19조 각 호 외의 부분 및 제3호(손비의 범위)

법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및

이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

3. 인건비

인건비 자체는 법인의 대표적인 손비 항목입니다. 다만 실제 업무의 대가인지와 별도의 손금불산입 규정이 적용되는지는 다시 확인해야 합니다.

다. 법인세법 제26조 각 호 외의 부분 및 제1호(과다경비 등의 손금불산입)

다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

실제 인건비라고 하더라도 과다하거나 부당한 부분은 그대로 비용으로 인정되는 것이 아닙니다.

라. 법인세법 시행령 제43조 제3항·제4항(임원 보수)

• ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.
• ④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

비상근이라는 이유만으로 보수가 손금에서 제외되는 구조는 아닙니다. 다만 특수관계인에게 과도한 보수를 지급했는지와 부당행위계산 부인 여부는 별도로 판단합니다.

마. 법인세법 제52조 제1항·제2항(부당행위계산의 부인)

• ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
• ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

배우자라는 특수관계 자체가 과세의 결론은 아닙니다. 정상적인 거래와 비교하여 법인의 조세부담을 부당하게 줄인 것으로 볼 수 있는지가 기준입니다.

4. 판례

가. 조세심판원 조심2026부1724, 2026. 8. 12. [ 배우자인 비상근 등기이사 급여]

최근 조세심판원 결정은 이 글의 쟁점과 가장 가깝습니다. 청구법인은 대표이사의 배우자이면서 주주·등기 사내이사인 A에게 2021사업연도부터 2024사업연도까지 급여를 지급했습니다. 세무조사에서는 A의 고정 근무공간과 출퇴근기록, 업무서류가 충분히 확인되지 않았고, 같은 사무실에서 근무한 다른 회사 직원의 진술도 과세관청에 유리한 내용이었습니다. 처분청은 이를 근거로 해당 급여를 가공인건비로 보았습니다.

그런데 심판원은 회사의 전체 운영상황을 함께 보았습니다. 중소기업인 청구법인의 직원 수와 근로소득 지급액이 2021~2024년 사이 전반적으로 줄고 중도퇴사자가 많았던 점, A가 비상근 임원으로 업무를 수행할 여지가 있었던 점, A의 연간 보수가 공개 결정요지상 약 2,400만원에서 3,600만원 수준으로 다른 직원의 보수와 비교해 과다하다고 보기 어려웠던 점 등을 고려했습니다. 그 결과 2021~2024년 A에게 지급한 급여를 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하도록 결정했습니다.

이 결정에서 제가 중요하게 보는 부분은 “출퇴근부가 없어도 된다”는 결론이 아닙니다. 실제 회사 인력구조, 임원의 지위와 업무 가능성, 지급한 보수의 수준까지 여러 사정을 묶어 보았다는 점입니다. 반대로 이런 사정이 없고 조사 당시뿐 아니라 과거 기간 전체에서 업무 흔적이 없다면 결론은 달라질 수 있습니다.

나. 서울행정법원 2021. 3. 9. 선고 2020구합50973 판결 [특수관계 임원의 과다보수]

반대 방향의 기준도 함께 보아야 합니다. 이 사건에서는 지배주주 등인 미등기·비상근 임원에게 대표이사보다 더 많은 보수를 지급한 부분이 문제 되었습니다. 법원은 ‘동일직위’를 법인등기부상 명칭만으로 볼 것이 아니라 회사 내부에서 실제 수행한 직무를 기준으로 판단해야 한다고 보았고, 초과보수에 정당한 사유가 인정되지 않는다고 판단했습니다. 국가법령정보센터에는 이 판결이 ‘항소’로 표시되어 있으므로 여기에서는 하급심 판결의 판단기준으로만 소개합니다.

이 판결을 최근 심판결정과 함께 놓고 보면 기준이 더 선명해집니다. 가족에게 급여를 지급했다는 이유만으로 전액을 부인할 수는 없지만, 실제 직무에 비해 보수가 지나치게 크다면 ‘실제 근무했다’는 사실만으로 충분하지도 않습니다.

다. 대법원 2024. 9. 12. 선고 2021두35308 판결 [손금의 ‘통상성’을 판단하는 방법]

이 대법원 판결은 배우자 인건비 사건은 아니고 손해배상금의 손금 여부가 쟁점이었습니다. 다만 법인세법 제19조의 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’을 판단할 때 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합하여 객관적으로 보아야 한다는 법리를 확인했다는 점에서 의미가 있습니다.

가족 인건비도 같은 방식으로 접근할 필요가 있습니다. 급여라는 이름 하나가 아니라 왜 그 사람에게 업무를 맡겼는지, 어떤 일을 했는지, 얼마를 지급했는지, 회사 입장에서 그 지출이 합리적이었는지를 전체적으로 설명해야 합니다.

5. 판단

가상사례의 사실관계를 전제로 하면, 저는 B에게 지급한 급여를 처음부터 전액 가공인건비로 보는 것은 무리라고 판단합니다. B가 사내이사로서 단순히 명의만 올려둔 것이 아니라 실제 정산·자금·은행 업무를 수행했고, 직원 감소로 생긴 업무 공백과 B의 역할이 시간상 연결되며, 그 업무 자료가 해당 연도에 실제로 남아 있기 때문입니다.

다만 회사가 가장 먼저 보여주어야 할 것은 급여 송금내역이 아닙니다. “B가 어떤 일을 했는가”입니다. 예를 들어 2023년 6월 경리직원이 퇴사한 뒤 B가 월말 정산표 작성과 자금일보 확인을 맡기 시작했다면, 퇴사일·인수인계자료·B가 수정한 파일·은행이나 거래처와 주고받은 메일이 같은 시기에 이어져야 설명력이 생깁니다. 조사 뒤 작성한 확인서 한 장보다 당시의 작은 업무 흔적들이 서로 맞아떨어지는 편이 훨씬 강합니다.

비상근이라는 점도 나누어 보아야 합니다. 시행령 제43조 제4항은 비상근 임원 보수를 원칙적으로 손금에 산입하는 구조를 두고 있습니다. 그래서 상근 직원처럼 매일 찍힌 출퇴근기록이 없다는 사실만으로 급여 전체를 부인하는 것은 조문 구조와 맞지 않습니다. 그렇다고 비상근 임원은 아무 자료도 없어도 된다는 뜻은 아닙니다. 업무 특성에 맞는 자료가 필요합니다. 이사회·결재기록, 거래처나 금융기관 대응, 자금계획, 정산자료, 전자우편, 파일 작성 이력처럼 ‘임원으로서 한 일’을 보여주는 자료가 핵심입니다.

다음은 보수의 상당성입니다. 가상사례에서 연 2,700만원을 지급한 것이 적정한지는 숫자 자체만 보고 판단할 수 없습니다. B가 맡은 업무의 범위, 투입시간과 책임, 같은 회사에서 비슷한 업무를 하는 직원의 급여, 외부에 맡겼다면 발생했을 비용 등을 비교해야 합니다. 만약 B가 월 몇 차례 간단한 서류만 전달했는데 상근 관리자보다 훨씬 높은 보수를 받았다면 실제 업무가 일부 확인되더라도 초과 부분은 다시 문제가 될 수 있습니다.

특히 가족 인건비 사건에서는 ‘실제근무’와 ‘적정보수’를 별개의 질문으로 준비하는 것이 좋습니다. 실제근무를 입증했다고 해서 보수 전액이 자동으로 인정되는 것이 아니고, 급여가 평균적인 수준이라고 해서 실제 근무가 없었던 기간까지 비용이 되는 것도 아닙니다.

실무에서는 급여를 지급하기 전에 직무부터 정해 두는 것이 가장 안전합니다. 업무분장표와 임원보수 기준을 만들고, 급여가 바뀌면 업무량·책임 변화와 연결하여 결의나 내부 메모를 남기세요. 근태를 일반 직원처럼 관리하기 어려운 비상근 임원이라면 월별 수행업무와 결재·거래처·은행 대응자료를 정리해 두는 편이 좋습니다. 세무조사가 시작된 뒤 과거 업무를 기억에 의존해 재구성하면 자료의 신빙성까지 함께 다투게 됩니다.

따라서 가상사례에서는 B의 2022~2025년 업무자료와 당시 인력변동이 실제로 확인되고, 연 2,700만원의 보수가 그 직무에 비해 과도하지 않다는 비교자료까지 갖추어진다면 손금으로 인정하는 해석이 타당합니다. 반대로 자료가 급여대장·계좌이체뿐이고 실제 업무 흔적이 없거나, 직무에 비해 보수가 현저히 높다면 일부 또는 전부가 손금에서 제외될 가능성이 커집니다.