재개발·재건축 주택, 철거 전부터 입주 후까지 양도세는 어떻게 달라질까요?

“재건축을 앞둔 집이 있습니다. 철거 전에 팔 때와 입주권 상태로 팔 때, 새 아파트가 완공된 뒤 팔 때의 세금은 어떻게 다른가요?”

재개발·재건축 주택을 매도하려고 하면 “지금 입주권으로 파는 것이 나을지, 새 아파트가 완공된 뒤 파는 것이 나을지”부터 고민하게 됩니다. 같은 부동산에서 이어진 권리인 만큼 보유기간도 그대로 인정될 것 같지만, 언제 취득했고 어느 단계에서 파는지에 따라 적용되는 세율과 공제가 달라집니다.

이 글에서는 종전주택을 보유하다가 입주권을 받은 분을 ‘원조합원’, 이미 입주권으로 바뀐 권리를 다른 조합원에게서 매수한 분을 ‘승계조합원’으로 구분하겠습니다. 두 경우를 나누어 보면 철거 전, 입주권 상태, 준공 후에 세금이 달라지는 이유를 이해하기 수월합니다.

1. 실무 사례

본 내용을 설명하기 위해 다음과 같은 사례를 가정합니다.

갑은 2014년 3월 주택 한 채를 취득해 거주하였습니다. 이후 재개발사업이 진행되면서 2020년 6월 관리처분계획이 인가되었고, 갑은 기존 주택 대신 새 아파트를 분양받게 되었습니다. 기존 건물은 인가 후에도 한동안 남아 있다가 2021년 3월 철거되었습니다. 갑은 조합에 추가분담금을 납부하고, 2025년 6월 사용승인을 받은 신축 아파트에 입주하였습니다.

갑은 공사가 진행되는 동안 몇 차례 매도를 고려하였습니다. 건물이 남아 있을 때는 일반 주택을 파는 것이라고 생각했고, 철거된 뒤에는 입주권 보유기간을 새로 계산해야 하는지 궁금해졌습니다. 새 아파트에 입주한 후에는 종전주택을 취득한 때부터 10년 넘게 지났으니 장기보유특별공제를 충분히 받을 수 있을 것으로 예상하였습니다.

같은 단지의 을은 취득 경위가 달랐습니다. 을은 관리처분계획이 인가된 뒤인 2021년에 다른 조합원의 입주권을 매수하였습니다. 종전 조합원에게 매매대금과 프리미엄을 지급하고 남은 분담금을 납부한 을도 2025년 6월 신축 아파트를 취득하였습니다. 을은 입주권을 산 뒤 수년이 지났으므로 준공 후 얼마 지나지 않아 팔더라도 단기양도세율은 적용되지 않을 것으로 생각하였습니다.

2026년 매각을 앞두고 두 사람은 같은 질문을 하게 됩니다. “같은 시기에 완공된 아파트인데, 언제부터 보유한 것으로 보고 공제는 얼마나 받을 수 있을까요?” 갑은 종전주택과 추가분담금에 해당하는 양도차익을 나누어야 하고, 을은 입주권을 산 날과 신축주택을 취득한 날을 구분해야 합니다.

이 차이를 법조문과 판례에 따라 살펴보겠습니다.

2. 쟁점

첫 번째 쟁점은 언제부터 주택이 아닌 조합원입주권을 양도하는 것으로 보느냐입니다.

철거일과 관리처분계획인가일은 서로 다를 수 있습니다. 따라서 건물이 남아 있는지만 볼 것이 아니라, 양도할 때 이미 입주권으로 전환되어 있었는지를 확인해야 합니다.

두 번째는 보유기간을 어디까지 인정받을 수 있느냐입니다.

단기세율을 정할 때의 보유기간과 비과세·장기보유특별공제에 필요한 기간은 각각 따로 계산합니다. 한 규정에서 종전주택의 보유기간을 인정받았다고 해서 다른 공제에도 같은 기간이 적용되는 것은 아닙니다.

세 번째는 장기보유특별공제를 어떤 이익에 적용하느냐입니다.

원조합원의 입주권은 관리처분계획인가 전후의 차익을 나누고, 추가분담금을 낸 원조합원의 신축주택은 종전 부동산과 추가분담금에 해당하는 차익을 구분합니다. 반면 다른 조합원에게서 매수한 입주권에는 입주권 자체의 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다.

3. 법조문

먼저 판단의 근거가 되는 법조문을 보겠습니다. 이 글에 필요한 부분만 원문대로 발췌하였으며, 생략된 내용과 공제율표는 각 조문의 원문 링크에서 확인할 수 있습니다. 구체적인 적용과 계산은 ‘5. 판단’에서 설명드리겠습니다.

가. 소득세법 제88조 제9호. 조합원입주권의 정의 중 핵심 부분

“조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다.

도시정비법에 따른 일반적인 재개발·재건축은 관리처분계획인가를 기준으로 입주권 전환을 판단합니다. 소규모주택정비사업에 해당한다면 그 사업에 적용되는 사업시행계획인가를 확인해야 합니다.

나. 소득세법 제95조 제2항 — 공제대상에 관한 발췌

조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)

다른 조합원에게서 매수한 입주권은 장기보유특별공제 대상이 아닙니다. 원조합원이 받은 입주권도 인가 전 토지·건물분의 양도차익에 한하여 공제를 적용합니다.

다. 소득세법 제104조 제1항 제2호·제3호 중 주택·입주권 세율 부분

제2호: 주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60

제3호: 주택, 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 70

제2호는 1년 이상 2년 미만, 제3호는 1년 미만 보유한 경우의 세율입니다. 2년 이상 보유한 입주권과 일반 분양권에는 서로 다른 세율이 적용됩니다.

라. 소득세법 시행령 제166조 제5항 — 장기보유특별공제 보유기간

1. 관리처분계획등인가전양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

입주권으로 팔 때에는 종전 부동산 취득일부터 인가일까지의 기간을 봅니다. 신축주택으로 팔 때에는 기존건물분은 종전 취득일부터, 청산금납부분은 인가일부터 양도일까지 계산합니다.

마. 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호

거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ무너짐ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

종전주택과 재건축한 주택의 보유·거주기간을 합산하는 근거입니다. 다만 승계취득한 입주권이나 추가분담금에 해당하는 차익에는 각각의 규정을 따로 적용해야 합니다.

바. 소득세법 제89조 제1항 제4호 가목·나목

가. 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 아니할 것

나. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우(분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)로서 해당 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 해당 조합원입주권을 양도할 것(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)

이 두 요건은 같은 호 본문에서 정한 원조합원과 기존주택에 관한 요건을 충족한 뒤에 확인합니다. 양도일에 다른 집이 없다는 사실만으로 입주권 비과세가 결정되지는 않습니다.

4. 판례

가. 입주권을 오래 보유했어도 신축주택의 보유기간은 달라질 수 있습니다

대법원 2012. 12. 13. 선고 2010두12033 판결

이 사건의 납세자는 다른 조합원에게서 새 주택을 분양받을 권리를 매수한 뒤, 완공된 신축주택을 취득하여 양도하였습니다. 쟁점은 양도세율을 정할 때 입주권을 매수한 날부터 보유기간을 계산할 수 있는지였습니다.

대법원은 실제 양도한 자산이 완공된 신축주택이라는 점을 기준으로 판단하였습니다. 특별한 사정이 없는 한 그 주택을 취득한 날부터 양도일까지를 보유기간으로 보아야 한다는 것입니다.

따라서 승계조합원은 “입주권을 산 지 몇 년이 지났는가”와 함께 “완공된 주택을 취득한 뒤 얼마나 지났는가”를 확인해야 합니다. 이 판결은 과거 법령을 적용한 사건이므로, 보유기간에 관한 판단은 참고하되 세율은 실제 양도일에 적용되는 현행 규정으로 계산합니다.

나. 원조합원 입주권은 인가 전 양도차익에 공제를 적용합니다

대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결

이 사건에서는 1세대 1주택으로 보아 공제율 특례를 적용하는 고가 조합원입주권이 문제 되었습니다. 납세자는 높은 공제율을 적용할 수 있다면 입주권의 전체 양도차익도 공제대상이 되어야 한다고 다투었습니다.

대법원은 공제율과 공제대상 금액을 구분하였습니다. 1세대 1주택에 관한 공제율을 적용하더라도, 입주권의 장기보유특별공제는 관리처분계획인가 전 토지·건물분의 양도차익에 한정된다고 판단하였습니다.

실제 계산에서도 먼저 공제할 수 있는 차익이 얼마인지 정한 다음 그 금액에 공제율을 적용해야 합니다. 이 판결 당시 고가주택 기준은 9억원이었지만, 아래의 2026년 계산 사례에는 현행 기준인 12억원을 적용하였습니다.

다. 추가분담금에 해당하는 차익은 새 아파트에서의 거주기간을 봅니다

대법원 2026. 1. 8. 선고 2025두34147 판결

종전주택에서 오래 거주한 원조합원이라면 특히 살펴볼 판결입니다. 이 사건에서는 추가 청산금을 납부해 취득한 신축주택을 양도하면서, 청산금납부분에도 종전주택의 거주기간을 합산하여 1세대 1주택 공제율을 적용할 수 있는지가 다투어졌습니다.

대법원은 기존건물분과 청산금납부분을 나누어 보았습니다. 기존건물분은 종전주택과 신축주택의 거주기간을 합산하지만, 청산금납부분의 2년 거주요건은 신축주택에서 실제로 거주한 기간만으로 판단해야 한다고 보았습니다.

새 아파트에서 거주한 기간이 2년에 미치지 못하면 청산금납부분에는 1세대 1주택 공제율인 표 2 대신 일반 공제율인 표 1을 적용한다는 원심 판단이 유지되었습니다. 이 사건은 구 시행령 제159조의3 등을 적용한 판결이므로, 현재 거래를 계산할 때에는 현행 제159조의4와 보유·거주기간별 공제율을 함께 확인해야 합니다.

라. 주택이 없더라도 입주권을 여러 개 보유했다면 비과세를 따로 판단합니다

대법원 2011. 11. 24. 선고 2010두13807 판결

이 사건의 납세자는 여러 조합원입주권을 보유한 상태에서 그중 하나를 양도하였습니다. 당시 실물주택이 없다는 이유로 입주권 비과세를 적용할 수 있는지가 문제 되었습니다.

대법원은 주택이 없다는 사정만으로 특례를 확대할 수는 없다고 판단하였습니다. 현재도 먼저 ‘1조합원입주권’에 대한 특례요건을 확인해야 합니다. 과거 판결의 세부 요건을 그대로 적용하기보다, 양도일에 적용되는 소득세법 제89조 제1항 제4호에 따라 보유현황을 살펴야 합니다.

마. 국세청 해석에서도 원조합원과 승계조합원의 보유기간을 구분합니다

아래 출처에는 두 행정해석의 공개 재수록본을 연결했습니다. 문서번호·회신일과 재수록된 회신 내용을 대조한 자료이며, 국세청 상세 원문 화면을 직접 열람한 자료와는 구분하여 보실 필요가 있습니다.

5. 판단

가. 철거 여부보다 먼저, 언제 어떤 권리를 취득했는지 확인합니다

재개발·재건축 부동산의 양도세를 검토할 때 제가 먼저 확인하는 것은 취득계약서와 관리처분계획인가일입니다. 종전주택을 보유한 상태에서 입주권을 받은 것인지, 이미 입주권이 된 권리를 매수한 것인지에 따라 계산이 달라지기 때문입니다.

여기에 양도 당시 건물이 완공되었는지를 더해 보면 거래를 다음과 같이 나눌 수 있습니다. 아래 표는 도시정비법에 따른 일반적인 재개발·재건축을 기준으로 정리한 것입니다.

여기서 원조합원은 반드시 조합 설립 때부터 참여한 사람만을 뜻하지는 않습니다. 관리처분계획인가 전에 종전 부동산을 매수하여 보유하다가 자신의 권리로 입주권을 취득했다면, 이 글에서 말하는 원조합원에 해당할 수 있습니다. 인가 후에 다른 조합원의 입주권을 매수한 경우와 구분하는 이유입니다.

인가 전에 먼저 건물이 철거되었거나, 인가 후에도 실제 거주가 이어진 거래는 철거·사용 내역을 함께 확인해야 합니다. 과거 사업시행인가를 기준으로 판단하는 경과규정이 적용되는 사업도 있습니다.

특히 인가 후 실제로 거주한 기간을 비과세 판단에서 어떻게 볼 것인지와 입주권 장기보유특별공제의 기간을 어디까지 계산할 것인지는 별개의 문제입니다. 이런 거래는 건물대장뿐 아니라 실제 거주자료와 해당 사업의 인가 이력을 함께 보아야 합니다.

나. 건물이 남아 있다면 관리처분계획인가 전인지부터 살펴보세요

관리처분계획인가 전에 기존 주택을 양도한다면 일반적인 주택 양도와 같은 순서로 검토합니다. 취득일부터 얼마나 보유했는지, 거주요건이 있는 주택인지, 세대에 다른 주택·입주권·분양권이 있는지를 확인합니다. 건물 일부가 상가이거나 겸용주택이라면 실제 용도에 따라 구분합니다.

반면 관리처분계획이 인가된 뒤라면 아직 건물이 남아 있어도 입주권으로 전환되었는지를 먼저 보아야 합니다. 매매계약서에 ‘아파트’라고 적혀 있거나 건물 등기가 남아 있다는 이유만으로 일반 주택의 계산방법을 그대로 적용하지는 않습니다.

계약일과 잔금일 사이에 인가가 난 경우도 같은 이유로 주의가 필요합니다. 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날을 기준으로 하고, 그 전에 소유권이전등기를 마쳤다면 등기접수일 등 법에서 정한 예외를 적용합니다. 따라서 계약할 때는 주택이었더라도 실제 양도일에는 입주권에 관한 규정을 적용해야 할 수 있습니다.

다. 같은 2년 보유라도 입주권과 일반 분양권의 세율은 다릅니다

위 표는 거주 개인에게 적용되는 기본 세율입니다. 실제 세금은 비과세 여부를 먼저 확인하고, 다주택 중과·비사업용토지·미등기양도 등에 해당하는지도 반영해 계산합니다. 개인지방소득세는 별도입니다.

두 가지 이상의 세율 규정에 해당한다면 법에서 정한 방식으로 산출세액을 비교합니다. 표에서 말하는 ‘2년’ 역시 단순히 처음 돈을 지급한 날부터가 아니라, 현재 양도하는 자산의 세법상 취득일부터 계산해야 합니다.

원조합원이 오래 보유한 주택을 입주권으로 전환한 뒤 곧바로 팔더라도, 전환된 지 1년이 안 되었다는 이유만으로 70%를 적용하지는 않습니다. 종전 토지·건물 취득일부터 입주권 양도일까지의 기간을 보기 때문입니다. 반대로 다른 조합원의 입주권을 매수한 분은 본인이 취득한 날부터 계산하며, 이전 소유자의 보유기간을 이어받지 않습니다.

새 아파트가 완공되어 주택을 취득한 뒤에는 일반 분양권 세율을 계속 적용하는 것이 아닙니다. 이때는 실제로 언제 주택을 취득했는지가 중요합니다. 사용승인일과 임시사용승인일, 실제 사용일, 잔금 지급일의 선후관계를 확인해 취득일을 정합니다.

라. 원조합원이 입주권을 팔 때는 인가 전 차익부터 나눕니다

원조합원이 입주권을 양도할 때에는 전체 이익에 장기보유특별공제율을 한 번에 곱하지 않습니다. 종전 부동산에서 발생한 인가 전 차익과 그 이후의 차익을 나누고, 공제는 인가 전 차익에 적용합니다.

예를 들어 전체 차익이 8억원이어도 그중 인가 전 차익이 2억원이라면, 장기보유특별공제를 계산할 금액은 원칙적으로 그 2억원입니다. 보유기간이 길더라도 공제대상 금액이 제한되는 이유가 여기에 있습니다.

계산식을 보기 전에 금액의 의미부터 정리하겠습니다. P는 관리처분계획 등에 따라 정해진 종전 부동산 평가액, C는 종전 부동산의 취득가액, A는 양도자가 실제 납부한 청산금입니다.

보통 추가분담금이라고 부르는 돈도 정산내역을 보고 법령상 청산금납부분에 해당하는지 확인해야 합니다. P에는 현재의 호가나 입주권 매수인이 지급한 프리미엄을 넣는 것이 아니라, 해당 계산에 적용되는 조합의 평가액을 사용합니다.

인가 전 차익 U = P − C − 인가 전 관련 필요경비 인가 후 차익 V = 입주권 양도가액 − (P + A) − 인가 후 관련 필요경비 총 양도차익 = U + V 장기보유특별공제액 = 공제대상인 U × 해당 공제율

공제율을 정하는 보유기간도 종전 부동산 취득일부터 관리처분계획인가일까지입니다. 따라서 인가 후 입주권을 더 오래 보유하더라도 그 기간만큼 인가 전 차익에 적용할 공제율이 계속 올라가는 것은 아닙니다. 앞서 세율을 정할 때에는 양도일까지 계산한다고 설명드렸지만, 장기보유특별공제는 종료 시점이 다르다는 점을 기억하시면 됩니다.

일반 공제율은 법 제95조의 표 1, 1세대 1주택에 대한 보유·거주기간별 공제율은 표 2에 정해져 있습니다. 원조합원의 고가 입주권도 관련 특례와 보유·거주요건을 충족하면 표 2의 적용 여부를 살펴볼 수 있습니다.

다만 어느 공제율을 적용하든 입주권 상태에서의 공제대상은 인가 전 차익으로 한정됩니다. ‘공제율이 몇 퍼센트인가’와 ‘그 공제율을 얼마에 곱하는가’를 나누어 보셔야 정확한 계산이 됩니다.

계산 예시 ①. 전체 차익 8억원 중 2억원만 공제대상인 경우

원조합원이 2026년에 입주권을 양도한다고 가정하겠습니다. 종전주택 취득가액은 4억원, 관리처분계획상 평가액은 6억원, 실제 납부한 청산금은 1억원이고 입주권은 13억원에 양도합니다. 종전 취득일부터 인가일까지는 만 6년이 지났습니다.

이 사례에서는 다른 주택을 보유한 사정 등으로 입주권 비과세와 표 2 공제를 적용하지 않는 것으로 가정합니다. 계산방법을 보여드리기 위해 필요경비는 0원으로 두고, 다른 양도손실이나 별도 조정사항도 없는 것으로 계산하겠습니다.

여기서 7억 7,600만원은 납부할 세금이 아니라 장기보유특별공제를 차감한 양도소득금액입니다. 이후 기본공제와 세율 등을 적용해야 실제 세액이 나옵니다.

이 사례에서 보실 부분은 공제율 12%를 전체 차익 8억원이 아닌 인가 전 차익 2억원에만 적용했다는 점입니다. 입주권 비과세 특례를 충족하는 고가 입주권이라면 계산이 달라지며, 12억원을 차익에서 바로 빼는 것이 아니라 비과세되는 부분과 과세되는 부분을 안분해야 합니다.

마. 입주권 비과세는 인가 당시와 양도 당시의 요건을 나누어 봅니다

입주권을 팔 때 비과세를 받으려면 양도일에 다른 집이 없는지만 확인해서는 부족합니다. 먼저 관리처분계획인가일 등 법에서 정한 시점에 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 소유하고 있었는지 살펴야 합니다. 인가 전에 주택이 철거되었다면 철거일을 기준으로 확인하는 규정도 있습니다.

이 단계에서는 기존주택의 보유기간과 필요한 거주기간, 당시 세대의 주택 보유현황을 확인합니다. 일반적으로 2년 보유 여부를 보고, 거주요건이 적용되는 주택이라면 2년 거주 여부도 함께 검토합니다.

그다음에는 입주권을 양도하는 날의 보유현황을 확인합니다. 1조합원입주권 외에 다른 주택이나 분양권이 없는 경우인지, 또는 분양권 없이 1주택을 추가로 보유하면서 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도하는 경우인지 살펴봅니다. 인가 당시의 요건과 양도 당시의 요건을 각각 충족해야 하는 구조입니다.

비과세 요건을 갖춘 입주권이라도 양도가액이 12억원을 넘으면 초과분에 해당하는 차익은 과세됩니다. 기본적인 계산은 양도차익과 공제액에 ‘(양도가액 − 12억원) ÷ 양도가액’의 비율을 반영하는 방식입니다. 12억원은 양도차익에서 직접 빼는 공제액이 아니라, 고가 입주권의 과세 부분을 나누는 기준입니다.

다른 조합원에게서 입주권을 매수한 승계조합원은 매도인이 갖고 있던 입주권 비과세 요건을 그대로 이어받지는 않습니다. 다만 이후 완공된 신축주택을 취득하여 보유·거주요건을 갖추면, 그 주택을 양도할 때의 1세대 1주택 비과세를 별도로 검토할 수 있습니다.

입주권이 둘 이상이거나 1+1 방식으로 주택을 배정받는 경우, 상속이나 공동지분이 함께 있는 경우에는 보유현황부터 다시 정리해야 합니다. 각각의 권리와 주택 수에 적용되는 특례가 다를 수 있기 때문입니다.

바. 새 아파트를 팔 때에는 종전주택과 추가분담금에 해당하는 차익을 나눕니다

원조합원이 공사를 마친 새 아파트를 양도하면 입주권으로 팔 때와 공제방법이 달라집니다. 추가 청산금을 납부한 경우에는 신축주택의 양도차익을 ‘기존건물분’과 ‘청산금납부분’으로 나누어 계산합니다.

여기서 기존건물분은 옛 건물만 따로 양도한다는 뜻이 아닙니다. 종전 건물과 부수토지를 제공한 부분에 대응하는 차익을 말합니다. 청산금납부분은 추가로 납부한 금액에 대응하는 차익이며, 아래 산식으로 두 부분을 구분합니다.

그 전에 세율과 공제기간을 구분할 필요가 있습니다. 원조합원이 종전주택을 조합에 제공하고 그 권리에 따라 신축주택을 취득했다면, 준공 후 1년이 지나지 않았다는 이유만으로 전체에 70%의 단기세율을 적용하지는 않습니다.

아래에서 추가분담금에 해당하는 차익의 공제기간을 따로 계산하는 것은 장기보유특별공제에 관한 규정입니다. 그 구분만으로 신축주택 전체의 단기세율 보유기간이 새로 시작되는 것은 아닙니다. 다만 증가한 부수토지나 별도로 취득한 지분은 종전부터 보유한 부분과 구별해 확인해야 합니다.

기호 U·V·P·A는 앞의 의미와 같되, 양도가액은 신축주택 양도가액입니다. 청산금납부분 차익 = V × A ÷ (P + A) 기존건물분 차익 = U + V × P ÷ (P + A) 기존건물분 장기보유특별공제 보유기간: 종전 부동산 취득일 → 신축주택 양도일 청산금납부분 장기보유특별공제 보유기간: 관리처분계획 등 인가일 → 신축주택 양도일

기존건물분은 종전 부동산을 취득한 날부터, 청산금납부분은 관리처분계획인가일부터 양도일까지의 기간으로 공제율을 정합니다. 청산금을 여러 차례 나누어 냈더라도 납부일마다 보유기간을 따로 계산하는 방식은 아닙니다. 또한 청산금납부분의 공제기간을 준공일부터 세는 것도 아닙니다.

보유기간과 거주기간도 나누어 보겠습니다. 원조합원의 기존 권리에서 이어지는 보유기간에는 공사기간이 반영될 수 있지만, 거주기간에는 실제로 살지 않은 공사기간을 넣을 수 없습니다. 1세대 1주택 공제율을 적용할 때에는 다음과 같이 두 부분의 거주요건을 따로 확인합니다.

앞서 살펴본 대법원 2025두34147 판결이 바로 이 구분을 다룬 사건입니다. 종전주택에서 오래 거주했더라도 새 아파트에서 2년을 채우지 못했다면 청산금납부분에 같은 공제율을 적용하기 어렵습니다. 그렇다고 그 부분의 공제가 모두 없어지는 것은 아니며, 일반 공제율인 표 1에 따라 받을 수 있는 공제를 계산합니다.

계산 예시 ②. 18억원에 양도하는 신축주택의 공제액과 세금

이번에는 갑이 새 아파트를 양도하는 경우를 계산해 보겠습니다. 종전주택 취득일은 2014. 3. 1., 관리처분계획인가일은 2020. 6. 30., 신축주택 취득일은 2025. 6. 30., 양도일은 2026. 9. 27.로 가정합니다.

갑은 종전주택에서 4년을 거주했고, 신축주택에서는 1년 이상 2년 미만 거주했습니다. 두 주택에서 실제 거주한 기간을 합하면 만 5년입니다. 일반적인 1세대 1주택 고가주택 계산에 해당하고, 다주택 중과·용도변경·상생임대 등 별도 규정은 적용되지 않는 것으로 가정하겠습니다.

종전 취득가액 C는 4억원, 종전 평가액 P는 6억원, 실제 납부 청산금 A는 2억원, 신축주택 양도가액은 18억원입니다. 취득세와 중개보수 등 필요경비는 계산방법을 보여드리기 위해 0원으로 두었습니다. 실제 신고할 때에는 인정되는 비용과 증빙을 확인해 반영합니다.

기존건물분은 종전 취득일부터 12년 이상 보유했으므로 보유기간에 따른 공제율은 최대 40%입니다. 실제 거주기간을 합한 만 5년에 대해서는 20%가 적용되어, 이 부분의 공제율은 총 60%가 됩니다.

청산금납부분은 계산이 다릅니다. 인가일부터 양도일까지는 6년 이상이지만 새 아파트에서의 거주기간이 2년에 못 미칩니다. 따라서 이 부분에는 일반 공제율인 표 1에 따른 12%를 적용합니다.

위 계산은 해당 연도의 기본공제 250만원을 아직 사용하지 않았고, 다른 양도소득·감면·세액공제도 없다는 가정입니다. 안분금액은 중간에 반올림하지 않고 계산했으며, 지방소득세는 국세의 10%로 단순 환산하였습니다.

이 사례는 종전주택을 오래 보유했더라도 추가분담금에 해당하는 차익의 공제율은 다를 수 있다는 점을 보여줍니다. 실제 세액은 취득·거주 이력, 조합 정산금액과 필요경비를 반영해 다시 계산해야 합니다.

사. 승계조합원은 입주권 매수일과 신축주택 취득일을 구분해야 합니다

입주권을 매수한 뒤 완공 전에 다시 양도한다면, 본인이 지급한 매수대금과 프리미엄, 추가로 납부한 금액을 기준으로 취득가액 등을 확인합니다. 이전 조합원이 집을 얼마에 샀는지, 얼마나 보유했는지를 그대로 가져오는 것이 아닙니다. 이 단계에서 승계취득 입주권 자체에는 장기보유특별공제가 적용되지 않습니다.

신축주택이 완공된 뒤 그 주택을 양도할 때에는 주택의 취득일을 새로 확인해야 합니다. 특별한 사정이 없다면 신축주택 취득일부터의 기간을 기준으로 단기세율, 주택 비과세와 장기보유특별공제를 검토합니다.

사용승인 전에 실제로 사용했거나 임시사용승인을 받은 경우, 완공일과 잔금 지급일의 선후가 다른 경우에는 취득시기가 달라질 수 있습니다. 따라서 준공일 하나만 확인하기보다 승인·사용·대금 지급자료를 함께 살펴보는 것이 필요합니다.

가령 을이 2021년에 입주권을 매수하고 2025년 6월 신축주택을 취득한 뒤, 2026년 9월에 양도한다고 하겠습니다. 입주권을 보유한 기간은 수년이지만 신축주택을 취득한 뒤에는 1년 이상 2년 미만이 지난 상태입니다.

이처럼 통상적인 신축주택 취득에 해당한다면 주택의 단기세율 60%를 검토해야 하고, 주택 보유기간도 3년에 이르지 못해 장기보유특별공제를 받기 어렵습니다. 다주택 중과에 해당한다면 관련 산출세액 비교도 별도로 필요합니다.

취득세 신고 때 토지와 신축 건물을 나누어 처리했더라도 양도소득세의 주택 보유기간이 같은 방식으로 정해지는 것은 아닙니다. 별도로 양도하는 토지나 증가한 부수토지, 추가 취득한 지분은 따로 검토하되, 그 사정만으로 입주권 보유기간 전체를 신축주택에 더하지는 않습니다.

아. 청산금을 받았다면 남은 입주권의 차익도 달라집니다

추가분담금을 납부하는 대신 조합에서 청산금을 지급받는 경우도 있습니다. 이때는 청산금으로 정산받은 부분과 계속 보유하는 입주권 부분을 나누어 계산합니다. 지급받은 청산금을 R이라고 하면, 이후 입주권 양도차익의 기본 산식은 다음과 같습니다.

청산금 수령 후 입주권 양도차익의 기본 구조 인가 후 부분 = 양도가액 − (P − R) − 해당 필요경비 인가 전 계속 보유 부분 = (P − C − 해당 필요경비) × (P − R) ÷ P

조합에서 청산금을 받은 거래와 그 후 남은 입주권이나 신축주택을 양도하는 거래는 구분해야 합니다. 앞서 청산받은 부분을 뒤의 거래에서 다시 계산하지 않도록 각 정산내역을 연결해 두는 것이 중요합니다.

새 주택을 받지 않고 전부 현금청산하는 경우도 일반적인 입주권 전매와는 다릅니다. 권리이전과 대금청산, 이전고시 등의 절차를 확인한 뒤 해당 거래의 양도시기와 신고방법을 판단해야 합니다.

필요경비도 납부내역과 증빙을 함께 보아야 합니다. 종전 취득세와 중개보수 등 취득부대비용, 인정되는 자본적 지출, 양도에 직접 든 비용, 조합에 납부한 금액 중 세법상 인정되는 항목을 확인합니다.

특히 조합 정산서에 포함된 금액을 취득가액과 필요경비에 중복 반영하지 않도록 살펴야 합니다. 앞으로 매수인이 납부할 미납분담금도 매도인이 이미 지출한 비용과 구분해 계약서와 정산내역을 맞추어야 합니다.

조합 자료에 나오는 종전자산 평가액, 권리가액, 비례율, 조합원 분양가와 실제 납부 청산금은 이름이 비슷해도 용도가 다릅니다. 관리처분계획이 변경되었다면 언제 변경되었고 이번 양도차익 계산에는 어느 평가액을 적용해야 하는지도 확인해야 합니다. 계산에 사용할 금액은 유리한 금액을 임의로 고르는 것이 아니라 관련 계획과 정산자료에 따라 정합니다.

자. 입주권을 팔 때와 다른 주택을 팔 때의 중과 여부는 다릅니다

입주권을 보유한 분들이 많이 궁금해하시는 부분이 다주택 중과입니다. 여기서는 무엇을 파는지를 먼저 구분해야 합니다. 입주권 자체를 양도하는 경우와 입주권을 보유하면서 다른 주택을 양도하는 경우는 적용 규정이 다릅니다.

소득세법 제104조 제7항의 20%포인트 또는 30%포인트 가산은 요건에 해당하는 조정대상지역의 주택을 양도할 때 적용합니다. 따라서 입주권을 갖고 있다는 이유만으로 입주권 자체의 양도에도 그 가산세율을 곧바로 적용하는 것은 아닙니다.

다만 입주권 보유가 다른 주택의 비과세나 중과 판단에 영향을 줄 수는 있습니다. 입주권이 신축주택으로 완성된 뒤 그 주택을 양도할 때에도 양도일의 주택 수, 조정대상지역 여부와 중과 제외사유를 확인해야 합니다. 중과대상 주택이면 장기보유특별공제가 배제되는지도 함께 살펴봅니다.

2026년 9월의 거래라면 중과 유예기간도 현재 기준으로 확인해야 합니다. 종전의 일반적인 중과배제 기간인 2026년 5월 9일은 이미 지났지만, 그 전에 토지거래허가를 신청했거나 매매계약·계약금 요건을 갖춘 주택 등에 관한 경과규정이 있습니다.

해당 여부를 판단하려면 허가 신청일과 계약일, 계약금 지급내역뿐 아니라 4개월 또는 6개월의 후속 양도기한과 지역별 최종기한도 확인해야 합니다. 유예가 끝났다는 사실만으로 모든 거래를 중과하거나, 예전 안내를 보고 유예가 계속된다고 판단하지 않도록 계약자료를 함께 보아야 합니다.

잔금일을 정하기 전에는 현재 거래가 어느 경과규정에 해당하는지 먼저 확인하는 것이 좋습니다. 이 글의 기본세율 계산 사례는 중과가 적용되지 않는 경우를 가정한 것이므로, 다주택자는 같은 숫자를 그대로 적용하기 어렵습니다. 앞으로 양도할 계획이라면 실제 양도일에 적용되는 법령도 다시 확인해야 합니다.

차. 공사기간에 살던 대체주택은 별도 비과세 요건을 봅니다

재건축 공사기간에 거주할 집을 샀거나, 기존 집을 가진 상태에서 다른 입주권을 매수했다면 어느 자산을 먼저 팔 것인지에 따라 비과세 요건이 달라집니다. 입주권 자체를 파는 문제와 기존주택·대체주택을 파는 문제를 나누어 보면 다음과 같습니다.

표에 적힌 처분기한 외에도 기존주택의 비과세 요건, 세대의 이사·거주요건과 그 예외, 사후요건을 충족하지 못했을 때의 신고를 함께 확인해야 합니다. 특히 자신의 종전주택이 정비사업에 들어가 취득한 대체주택과, 다른 사람의 입주권을 매수하면서 마련한 주택을 같은 것으로 보지는 않습니다.

카. 계약 전에 취득·인가·분담금·거주자료를 함께 준비하세요

자료가 준비되면 양도대상이 주택인지 입주권인지부터 정하고, 본인의 취득 경위와 취득·양도일을 확인합니다. 이어 비과세와 중과 여부를 판단한 뒤, 차익을 나누고 각 부분의 보유·거주기간에 맞는 공제를 적용합니다. 마지막으로 기본공제와 세율, 지방소득세를 반영하면 됩니다.

신고대상 부동산이나 권리를 양도했다면 원칙적으로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 예정신고를 합니다. 같은 해에 여러 자산을 양도했다면 합산 계산과 확정신고가 필요한지도 함께 확인해야 합니다.

처음의 갑과 을에게 돌아가 보겠습니다. 갑이 입주권으로 양도한다면 인가 전 차익에 대한 공제부터 계산하고, 새 아파트를 양도한다면 기존건물분과 추가분담금에 해당하는 차익을 나누어 보아야 합니다. 을은 입주권을 매수한 날과 완공된 주택을 취득한 날을 구분하는 것이 먼저입니다.

결국 매도 시점을 비교할 때에는 “철거 전이냐, 후냐”뿐 아니라 내가 어떤 권리를 언제 취득했는지, 새 아파트에서 얼마나 거주했는지를 함께 살펴야 합니다. 같은 단지의 아파트라도 이 이력이 다르면 세율과 공제 결과가 달라질 수 있습니다.

재개발·재건축 부동산의 매각을 계획하고 계시다면 취득계약서, 관리처분계획, 조합 분담금·정산자료와 거주이력을 함께 준비해 주세요. 호원세무회계사무소에서는 이러한 자료를 바탕으로 지금 입주권으로 양도하는 경우와 신축주택을 취득한 뒤 양도하는 경우의 세무상 차이를 검토해 드립니다.

세무사 최영환 | 호원세무회계사무소