사업을 싸게 인수해 생긴 염가매수차익, 법인세도 과세될까요?

특수관계가 없는 법인으로부터 사업을 인수하면서 회계상 염가매수차익이 생겼다면, 그 금액을 그대로 인수 연도의 법인세 소득에 더하는 것은 아닙니다. 이번 국세청 회신은 취득자산을 실제 매입가액과 부대비용으로 계산하고, 해당 염가매수차익은 익금에 넣지 않는다고 설명했어요.

■ 어떤 거래에 대한 답변인가요?

질의 법인은 2025년 2월 특수관계가 없는 다른 법인의 제조업 사업을 양수했습니다. 현금흐름을 기초로 정한 인수가액이 회계상 순자산가액보다 작아 염가매수차익이 발생한 사안이에요. 염가매수차익은 인수한 순자산의 회계상 가치보다 지급한 대가가 작을 때 나타나는 회계상 이익을 말합니다.

질문은 이 이익에 합병 관련 규정을 적용해 여러 해에 나누어 과세하는지였어요. 국세청은 이 거래의 취득자산 가액을 법인세법 제41조와 시행령 제72조에 따라 판단했고, 사업양수도로 생긴 해당 차익을 익금에 산입하지 않는다고 회신했습니다.

■ 세무상 취득가액을 함께 맞춰야 합니다

핵심은 회계상 이익 하나만 지우는 데 있지 않습니다. 매입으로 취득한 자산은 세법상 매입가액에 부대비용을 더해 취득가액을 계산해요. 회계에 기록한 자산가액과 세무상 취득가액에 차이가 있다면 자산별로 구분해 관리해야 합니다.

따라서 염가매수차익을 법인세 소득에 넣지 않는다고 해서 회계상 평가금액 전부를 향후 감가상각비나 처분원가로 그대로 인정받는다는 뜻은 아닙니다. 인수가액의 자산별 배분, 부대비용, 기존 세무조정 내역을 같이 맞춰 보세요.

■ 합병·증여·특수관계인 거래에는 그대로 적용하지 않습니다

이번 답변의 전제는 특수관계가 없는 법인 사이의 사업양수도입니다. 합병·분할·현물출자, 무상취득, 주식 인수는 거래 구조와 적용 조문이 달라요. 단순히 가격이 싸다는 이유로 모든 거래의 차액이 과세되지 않는다고 확대하면 안 됩니다.

특수관계인과의 거래라면 관계와 가격의 적정성을 따로 살펴야 합니다. 사업양수도의 부가가치세 문제나 부동산 취득세도 이 법인세 회신만으로 결론을 낼 수 없습니다.

■ 계약서와 자산별 명세를 같이 준비하세요

사업양수도 계약서와 실제 대금 지급내역, 인수가격 산정자료, 승계 자산·부채 명세, 특수관계 여부를 확인할 자료, 인수일 회계전표와 세무조정계산서를 모아 보세요. 각 자산의 회계금액·세무금액·차이 사유를 한 표로 정리하면 이후 결산에서도 이어서 관리할 수 있어요.

2026년 10월 6일 확인한 현행 법인세법 제41조와 시행령 제72조에서도 매입자산의 취득가액 원칙은 유지됩니다. 다만 이 회신은 질의에 제시된 사업양수도 사실관계에 대한 답변이며, 다른 구조의 인수 거래까지 일괄 판단한 것은 아닙니다.

최영환 세무사

호원세무회계사무소 대표

現 국세심사위원·정보공개심사위원

現 영세납세자지원단

現 분당지역세무사회 간사

前 성남시 예산결산검사위원

前 한국세무사고시회 상임이사

前 중부지방세무사회 조세제도연구위원·감리위원

든든한 세무 파트너, 호원세무회계사무소

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